PDB-6jvu: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae CysE in complex with L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jvu

タイトル

Crystal structure of Klebsiella pneumoniae CysE in complex with L-cysteine

要素

Serine acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Serine acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Verma, D. / Gupta, V.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Allosteric inhibition and kinetic characterization of Klebsiella pneumoniae CysE: An emerging drug target.
著者: Verma, D. / Gupta, S. / Saxena, R. / Kaur, P. / R, R. / Srivastava, S. / Gupta, V.

履歴

登録	2019年4月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jvu.cif.gz	573.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jvu.ent.gz	477.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jvu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6jvu_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jvu_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6jvu_validation.xml.gz	53.8 KB	表示
CIF形式データ	6jvu_validation.cif.gz	72.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/6jvu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/6jvu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1t3dS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ssq-1 1ssm-d 4hzc-2 4hzc-1 1sst-1 1s80-d 3myr-6 4jki-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Serine acetyltransferase

B: Serine acetyltransferase

C: Serine acetyltransferase

D: Serine acetyltransferase

E: Serine acetyltransferase

F: Serine acetyltransferase

ヘテロ分子

183 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.770, 110.750, 101.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.620, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	6 - 258
2	1	B	6 - 258
1	2	A	7 - 256
2	2	C	7 - 256
1	3	A	6 - 258
2	3	D	6 - 258
1	4	A	6 - 257
2	4	E	6 - 257
1	5	A	6 - 258
2	5	F	6 - 258
1	6	B	7 - 256
2	6	C	7 - 256
1	7	B	5 - 259
2	7	D	5 - 259
1	8	B	6 - 257
2	8	E	6 - 257
1	9	B	5 - 259
2	9	F	5 - 259
1	10	C	7 - 256
2	10	D	7 - 256
1	11	C	7 - 256
2	11	E	7 - 256
1	12	C	7 - 256
2	12	F	7 - 256
1	13	D	6 - 257
2	13	E	6 - 257
1	14	D	5 - 259
2	14	F	5 - 259
1	15	E	6 - 257
2	15	F	6 - 257

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Serine acetyltransferase 分子量: 30327.709 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌) 株: MGH 78578 / 遺伝子: cysE / Variant: serotype K52 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q0ZB96, UniProt: A6TFK2*PLUS, serine O-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CYS / CYSTEINE / システインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.7 % / 解説: Cuboidal crystals
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% v/v ethylene glycol+ 3% w/v trimethylamine N-oxide dihydrate PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.9785 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月15日

放射

プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9785 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→110.75 Å / Num. obs: 37156 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 90.6 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.072 / R_sym value: 0.067 / Net I/av σ(I): 5.2 / Net I/σ(I): 16.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
2.8-2.95	7.8	0.964	0.8	5376	0.771	0.368	1.032	0.964	99
2.95-3.13	7.8	0.582	1.3	5119		0.222	0.623	0.582	99.1
3.13-3.35	7.8	0.303	2.5	4798		0.116	0.324	0.303	99.2
3.35-3.61	7.8	0.141	5.2	4491		0.054	0.151	0.141	99.3
3.61-3.96	7.8	0.081	8.4	4096		0.031	0.087	0.081	99.4
3.96-4.43	7.8	0.059	10.1	3748		0.023	0.063	0.059	99.6
4.43-5.11	7.8	0.051	9.6	3297		0.02	0.055	0.051	99.6
5.11-6.26	7.7	0.057	9.7	2836		0.022	0.061	0.057	99.7
6.26-8.85	7.7	0.048	10.4	2177		0.018	0.051	0.048	99.8
8.8-74.672	7.3	0.042	11.9	1218		0.018	0.046	0.042	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Packing: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM	7.2.1	データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1T3D

1t3d

解像度: 2.8→101.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 51.054 / SU ML: 0.438 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.412
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	1766	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2227	-	-	-
obs	0.2244	35368	99.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 244.32 Å² / B_iso mean: 119 Å² / B_iso min: 54.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.59 Å²	0 Å²	6.45 Å²
2-	-	-3.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→101.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10874	0	56	50	10980
B_iso mean	-	-	115.27	86.8	-
残基数	-	-	-	-	1517

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	11298
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	10807
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.789	1.959	15394
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.157	3	24782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.91	5	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.763	24.264	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.404	15	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.069	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	12948
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2371

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14656	0.05
1	2	B	14656	0.05
2	1	A	14540	0.05
2	2	C	14540	0.05
3	1	A	14702	0.04
3	2	D	14702	0.04
4	1	A	14592	0.06
4	2	E	14592	0.06
5	1	A	14536	0.05
5	2	F	14536	0.05
6	1	B	15620	0.05
6	2	C	15620	0.05
7	1	B	15994	0.04
7	2	D	15994	0.04
8	1	B	15884	0.01
8	2	E	15884	0.01
9	1	B	15842	0.04
9	2	F	15842	0.04
10	1	C	15748	0.04
10	2	D	15748	0.04
11	1	C	15586	0.05
11	2	E	15586	0.05
12	1	C	15688	0.04
12	2	F	15688	0.04
13	1	D	15828	0.04
13	2	E	15828	0.04
14	1	D	15964	0.04
14	2	F	15964	0.04
15	1	E	15716	0.04
15	2	F	15716	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.405	130	-
R_work	0.35	2596	-
all	-	2726	-
obs	-	-	98.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6132	0.8249	0.7809	2.4989	0.6963	4.8287	-0.6467	1.1683	0.8818	-1.2288	0.3174	0.2482	-1.917	-0.1751	0.3293	1.7808	-0.0373	-0.2578	0.9485	0.4144	0.3029	-35.513	-14.735	9.557
2	4.7986	1.2068	1.8753	3.0227	1.3163	4.8027	-0.2444	0.4336	0.0988	-0.7655	-0.0736	0.478	-0.2481	-1.6374	0.318	0.5429	0.009	-0.1888	1.1224	-0.0528	0.1008	-14.985	1.538	-0.012
3	3.1882	0.6412	0.8065	1.5821	1.424	5.3027	-0.013	1.1167	-0.5659	-0.7657	0.4534	-0.3514	0.1584	0.3631	-0.4403	0.8601	-0.1699	0.089	0.8227	-0.3146	0.1602	-12.487	-26.271	-1.481
4	3.2089	0.9433	0.8776	3.2914	1.373	4.2227	-0.0719	-0.6037	0.2765	0.2138	0.3739	-0.5566	-1.0516	0.8455	-0.3019	0.6753	-0.2198	-0.0838	0.6808	-0.278	0.2058	-54.088	-18.13	-32.715
5	3.513	1.7216	0.6054	4.4563	0.7602	4.3311	0.4701	-0.5425	-1.2894	0.919	0.4788	-1.3996	1.2296	1.2308	-0.9489	0.5943	0.3364	-0.5102	0.7556	-0.0909	0.7513	-29.406	-24.15	-43.971
6	2.1348	0.1547	0.6646	3.3675	1.6821	5.388	0.2232	-1.2148	-0.1713	1.1254	-0.3266	0.1478	0.8934	-1.0478	0.1033	0.754	-0.2123	0.0181	0.9605	0.0974	0.0272	-36.663	2.481	-40.041

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 259
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 257
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	7 - 257
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	5 - 259
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	7 - 257
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	6 - 256

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