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- PDB-6jv8: Crystal structure of Rat C5a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jv8
タイトルCrystal structure of Rat C5a
要素Complement C5
キーワードIMMUNE SYSTEM / Agonist / C5aR / Immune
機能・相同性
機能・相同性情報


C5a anaphylatoxin chemotactic receptor binding / Terminal pathway of complement / Activation of C3 and C5 / Regulation of Complement cascade / Peptide ligand-binding receptors / negative regulation of dopamine secretion / negative regulation of norepinephrine secretion / membrane attack complex / inflammatory response to wounding / leukocyte migration involved in inflammatory response ...C5a anaphylatoxin chemotactic receptor binding / Terminal pathway of complement / Activation of C3 and C5 / Regulation of Complement cascade / Peptide ligand-binding receptors / negative regulation of dopamine secretion / negative regulation of norepinephrine secretion / membrane attack complex / inflammatory response to wounding / leukocyte migration involved in inflammatory response / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of macrophage chemotaxis / glomerulus development / neutrophil homeostasis / complement activation, alternative pathway / G alpha (i) signalling events / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / kidney development / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / killing of cells of another organism / in utero embryonic development / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Anaphylotoxins (complement system) / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain ...Anaphylotoxins (complement system) / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C5 / Complement C5
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 1.582 Å
データ登録者Zuo, C.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21532004 中国
National Natural Science Foundation of China91753205 中国
National Natural Science Foundation of China81621002 中国
National Natural Science Foundation of China21621003 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Chimeric protein probes for C5a receptors through fusion of anaphylatoxin C5a core region with a small-molecule antagonist
著者: Zuo, C.
履歴
登録2019年4月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8871
ポリマ－8,8871
非ポリマー00
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5840 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)26.250, 36.870, 41.490
Angle α, β, γ (deg.)90.39, 105.09, 95.77
Int Tables number2
Space group name H-MP-1

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要素

#1: タンパク質 Complement C5 / anaphylatoxin C5a


分子量: 8887.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P08650, UniProt: A0A096P6L9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.02M CaCl2, 0.02M CdCl2, 0.02M CoCl2, 20% w/v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.582→50 Å / Num. obs: 13647 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 1.1 % / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.582→1.85 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.582→25.202 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 740 5.42 %
Rwork0.229 --
obs0.2314 13647 66.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.582→25.202 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数613 0 0 145 758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006626
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.204398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03788
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004108
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5816-1.70370.5583180.3498427X-RAY DIFFRACTION11
1.7037-1.87510.33581180.27691998X-RAY DIFFRACTION51
1.8751-2.14630.32171970.24043298X-RAY DIFFRACTION86
2.1463-2.70360.27412100.22783538X-RAY DIFFRACTION92
2.7036-25.20530.23921970.21543646X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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