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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jv3 | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of 5-hydoxylmethylcytosine containing decamer dsDNA | |||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / 5-hydoxylmethylcytosine / duplex DNA | 機能・相同性 | DNA | ![]() 生物種 | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Zhang, L. / Wang, Y.X. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Thymine DNA glycosylase recognizes the geometry alteration of minor grooves induced by 5-formylcytosine and 5-carboxylcytosine. 著者: Fu, T. / Liu, L. / Yang, Q.L. / Wang, Y. / Xu, P. / Zhang, L. / Liu, S. / Dai, Q. / Ji, Q. / Xu, G.L. / He, C. / Luo, C. / Zhang, L. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 32 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 20.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 262.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 266 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3076.018 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.17 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.08M Sodium chloride,0.012M Potassium chloride, 0.02M Magnesium chloride hexahydrate 0.04M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.0 30% MPD, 0.012M Spermine tetrahydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 180 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 2611 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.95 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.851→26.604 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.15
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.851→26.604 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8511→26.6047 Å
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