PDB-6jui: The atypical Myb-like protein Cdc5 contains two distinct nucleic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jui

タイトル

The atypical Myb-like protein Cdc5 contains two distinct nucleic acid-binding surfaces

要素

Pre-mRNA-splicing factor CEF1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / crystal / DNA binding domain / Myb domain / rice blast fungus / RNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleolar peripheral inclusion body / post-mRNA release spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / Prp19 complex / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Magnaporthe oryzae (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.402 Å

データ登録者

Wang, C. / Li, G. / Li, M. / Yang, J. / Liu, J.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019
タイトル: Two distinct nucleic acid binding surfaces of Cdc5 regulate development.
著者: Wang, C. / Li, M. / Li, G. / Liu, X. / Zhao, W. / Yu, B. / Liu, J. / Yang, J. / Peng, Y.L.

履歴

登録	2019年4月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jui.cif.gz	56.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jui.ent.gz	40.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jui.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/6jui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/6jui	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ny1-d 5vdf-5 5vdf-6 1j9h-d 2gfa-2 1ptq-1 6d08-d 2bwf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Pre-mRNA-splicing factor CEF1

13.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.780, 76.277, 54.409
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / MoCdc5 DNA Binding Domain 分子量: 13507.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnaporthe oryzae (菌類) / 遺伝子: CEF1, MGG_01426 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q52G60
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 40% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.402→38.14 Å / Num. obs: 11354 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 2.402→2.488 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.402→38.139 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 34.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2705	1097	9.66 %
R_work	0.2342	-	-
obs	0.2378	11354	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.402→38.139 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	836	0	0	2	838

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	854
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.883	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.708	522
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	126
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	144

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.402-2.5113	0.3856	137	0.2342	1280	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5113-2.6437	0.2464	137	0.3312	1263	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6437-2.8093	0.3862	143	0.277	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8093-3.0261	0.3361	132	0.2805	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0261-3.3305	0.3444	148	0.2594	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3305-3.812	0.2815	130	0.2292	1293	X-RAY DIFFRACTION	100
3.812-4.8013	0.1958	135	0.2048	1303	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8013-38.139	0.2662	135	0.2074	1264	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7059	-1.5379	4.4051	7.7574	-2.2273	4.3277	0.1411	-0.6384	-0.5236	0.267	0.4772	0.4726	-0.7874	0.2726	-0.905	0.4514	-0.0194	0.0101	0.8355	-0.1338	0.6081	-8.5699	-20.6131	4.7077
2	6.6799	1.5964	-0.9555	6.9935	0.5627	2.7275	0.0749	0.5256	-1.0555	-0.2258	-0.2898	0.2965	0.8413	0.2602	-0.3455	0.6529	0.0168	-0.1133	0.7459	-0.074	0.7983	-4.2931	-27.0862	2.5886
3	6.9323	3.8316	-3.6599	6.175	-2.0031	2.642	0.6778	-0.0627	1.0609	1.0641	-0.2586	0.4567	-0.9739	-0.3018	-0.2279	0.6799	-0.0626	-0.0047	0.7117	-0.1051	0.7511	3.4701	-10.6123	-1.4828
4	7.7522	-3.7421	1.6172	2.5649	0.8564	3.0709	0.7407	0.5609	1.9254	-1.3536	-0.6136	-1.0581	-1.2038	1.1307	-0.0981	0.6451	-0.2189	-0.05	0.8248	0.074	0.6871	17.126	-8.9799	-11.8132
5	5.0832	-1.3613	0.1461	1.9765	-2.5516	3.6454	0.1499	-2.089	-1.3116	0.5507	-0.4553	-0.4845	0.4308	1.4864	0.2111	0.6964	-0.0235	-0.1425	1.5019	0.0838	0.777	15.5543	-18.3865	-7.8769
6	4.7822	0.4769	2.0525	4.0056	0.1286	9.5801	0.1509	-0.1545	-0.098	0.4476	0.1712	0.5678	-0.6716	-0.3917	-0.2101	0.4819	-0.0684	-0.0085	0.578	-0.0732	0.5259	7.9634	-12.7696	-17.5335

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 24 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 50 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 62 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 63 through 75 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 76 through 90 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 91 through 108 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)