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- PDB-6ju1: p-Hydroxybenzoate hydroxylase Y385F mutant complexed with 3,4-dih... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ju1
タイトルp-Hydroxybenzoate hydroxylase Y385F mutant complexed with 3,4-dihydroxybenzoate
要素4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aromatic compound hydroxylase / flavin / FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


benzoate catabolic process / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NADPH) activity / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase activity / benzoate catabolic process via hydroxylation / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / p-hydroxybenzoate hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Yato, M. / Arakawa, T. / Yamada, C. / Fushinobu, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Understanding the Molecular Mechanism Underlying the High Catalytic Activity ofp-Hydroxybenzoate Hydroxylase Mutants for Producing Gallic Acid.
著者: Moriwaki, Y. / Yato, M. / Terada, T. / Saito, S. / Nukui, N. / Iwasaki, T. / Nishi, T. / Kawaguchi, Y. / Okamoto, K. / Arakawa, T. / Yamada, C. / Fushinobu, S. / Shimizu, K.
履歴
登録2019年4月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,52611
ポリマ－46,5381
非ポリマー1,98810
水7,170398
1
A: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,05322
ポリマ－93,0762
非ポリマー3,97720
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area9330 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area30410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.866, 145.901, 86.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-407-

PG4

21A-408-

P33

31A-801-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase


分子量: 46537.914 Da / 分子数: 1 / 変異: Y385F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pobA, DT376_03235 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL
参照: UniProt: A0A367MFY2, UniProt: P20586*PLUS, 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase

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非ポリマー , 7種, 408分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-DHB / 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / プロトカテク酸


分子量: 154.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.15 M KBr, 30% PEG 2000 monomethyl ether

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1.29 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月14日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.29 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 59096 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.914 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.751 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1IUV

1iuv


解像度: 1.6→40.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.814 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18594 2941 5 %RANDOM
Rwork0.15803 ---
obs0.15945 56131 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.047 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→40.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3116 0 125 398 3639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133304
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7591.6544461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4831.5887140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6345392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.80319.738191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.68515542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2741538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9522.121571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9272.1191570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6463.1741962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6513.1761963
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1842.5131733
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1842.5131733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8093.612500
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.44326.5123822
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.31525.7913732
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 215 -
Rwork0.311 3845 -
obs--94.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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