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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jtt | ||||||
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タイトル | MHETase in complex with BHET | ||||||
要素 | Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mono(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / : / xenobiotic catabolic process / cell outer membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ideonella sakaiensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å | ||||||
データ登録者 | Sagong, H.-Y. / Seo, H. / Kim, K.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020 タイトル: Decomposition of PET film by MHETase using Exo-PETase function 著者: Sagong, H.-Y. / Seo, H. / Kim, T. / Son, H. / Joo, S. / Lee, S. / Kim, S. / Woo, J.-S. / Hwang, S. / Kim, K.-J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jtt.cif.gz | 321.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jtt.ent.gz | 268 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jtt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/6jtt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/6jtt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65249.172 Da / 分子数: 3 / 断片: feruloyl esterase domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (バクテリア) 株: 201-F6 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0K8P8E7, mono(ethylene terephthalate) hydrolase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-C8X / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | C9C has a betahydroxy-covalent intermediate state with Serine225. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG3350, HEPES, Tacsimate pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月12日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→33.21 Å / Num. obs: 114235 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 15.75 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Num. unique obs: 5710 / CC1/2: 0.867 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.51→33.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 6.264 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.201 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.38 Å2 / Biso mean: 26.538 Å2 / Biso min: 9.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.51→33.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.507→2.572 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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