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万見
- PDB-6jrl: Crystal structure of Drosophila alpha methyldopa-resistant protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jrl
タイトルCrystal structure of Drosophila alpha methyldopa-resistant protein/3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase
要素3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase / structural constituent of cuticle / 3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase activity / chitin-based cuticle development / cuticle development / aromatic-L-amino-acid decarboxylase activity / catecholamine metabolic process / carboxylic acid metabolic process / carboxy-lyase activity / amino acid metabolic process ...3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase / structural constituent of cuticle / 3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase activity / chitin-based cuticle development / cuticle development / aromatic-L-amino-acid decarboxylase activity / catecholamine metabolic process / carboxylic acid metabolic process / carboxy-lyase activity / amino acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wei, S. / Vavrick, C.J. / Guan, H. / Liao, C. / Robinson, H. / Liang, J. / Wang, D. / Han, Q. / Li, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31860702 中国
National Natural Science Foundation of China31472186 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for the bifunctional mechanism of Drosophila alpha methyldopa-resistant protein/3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase
著者: Wei, S. / Vavricka, C.J. / Guan, H. / Liao, C. / Robinson, H. / Liang, J. / Wang, D. / Han, Q. / Li, J.
履歴
登録2019年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3201
ポリマ－57,3201
非ポリマー00
水2,522140
1
A: 3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase

A: 3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,6402
ポリマ－114,6402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area11190 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area30960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.469, 117.307, 139.801
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 3,4-dihydroxyphenylacetaldehyde synthase / DHPAA synthase / isoform A / Alpha-methyldopa hypersensitive protein


分子量: 57319.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: alpha methyldopa-resistant gene
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P18486, EC: 1.13.12.15
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.16M MgCl, 0.085M NaCl, pH 6.5, 25.5% w/v PEG 8000, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 30527 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 32.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.577 / Num. unique obs: 3001

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K40

3k40


解像度: 2.2→37.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.217 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26708 1543 5 %RANDOM
Rwork0.21778 ---
obs0.22028 29057 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.753 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→37.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3668 0 0 141 3809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223750
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3061.965084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9855463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.89723.75176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.23515628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3891528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.8871.52312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.24623710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.46131438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.3944.51374
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.198→2.255 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 101 -
Rwork0.286 2131 -
obs--98.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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