PDB-6jrf: Crystal structure of ZmMoc1-Holliday junction Complex in the pres...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jrf

タイトル

Crystal structure of ZmMoc1-Holliday junction Complex in the presence of Calcium

要素

(DNA (33-MER)) x 2
Monokaryotic chloroplast 1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / Holliday junction resolvase-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

Holliday junction resolvase MOC1-like / crossover junction DNA endonuclease activity / metal ion binding / DNA / DNA (> 10) / Holliday junction resolvase MOC1, chloroplastic

機能・相同性情報

生物種

Zea mays (トウモロコシ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.047 Å

データ登録者

Lin, Z. / Lin, H. / Zhang, D. / Yuan, C.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of sequence-specific Holliday junction cleavage by MOC1.
著者: Lin, H. / Zhang, D. / Zuo, K. / Yuan, C. / Li, J. / Huang, M. / Lin, Z.

履歴

登録	2019年4月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6jrf.ent.gz	171.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6jrf_validation.pdf.gz	467 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jrf_full_validation.pdf.gz	470 KB	表示
XML形式データ	6jrf_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	6jrf_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/6jrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/6jrf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Monokaryotic chloroplast 1

B: Monokaryotic chloroplast 1

C: DNA (33-MER)

D: DNA (33-MER)

ヘテロ分子

58.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.850, 78.164, 64.033
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.390, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Monokaryotic chloroplast 1 分子量: 18712.346 Da / 分子数: 2 / 断片: RuvC domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: Moc1, 100192759, ZEAMMB73_Zm00001d040409 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4FCI7

#1: タンパク質

Monokaryotic chloroplast 1

分子量: 18712.346 Da / 分子数: 2 / 断片: RuvC domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: Moc1, 100192759, ZEAMMB73_Zm00001d040409 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4FCI7

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖	DNA (33-MER) 分子量: 10121.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (33-MER) 分子量: 10152.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 21分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: 50mM CaCl2, 10mM MES pH 5.5, 40% PEG 200

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.047→63.501 Å / Num. obs: 31763 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 12.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.05-2.16	7.1	0.69	4663	0.906	0.281	0.746	99.8
6.47-63.5	6.4	0.057	1029	0.997	0.024	0.062	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.2	データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IS9

6is9

解像度: 2.047→63.501 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2649	1546	4.89 %
R_work	0.2085	-	-
obs	0.2112	31637	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 200.86 Å² / B_iso mean: 77.9031 Å² / B_iso min: 28.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.047→63.501 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2468	1245	20	16	3749
B_iso mean	-	-	75.9	55.66	-
残基数	-	-	-	-	387

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0469-2.113	0.3956	142	0.3463	2720	2862	99
2.113-2.1885	0.336	137	0.309	2770	2907	100
2.1885-2.2761	0.306	158	0.2812	2729	2887	99
2.2761-2.3797	0.3171	133	0.2422	2730	2863	99
2.3797-2.5052	0.2863	143	0.2346	2648	2791	97
2.5052-2.6622	0.2715	128	0.2318	2738	2866	98
2.6622-2.8677	0.3089	163	0.2452	2719	2882	99
2.8677-3.1563	0.2785	139	0.2309	2756	2895	99
3.1563-3.613	0.3089	115	0.2127	2732	2847	98
3.613-4.5518	0.2287	147	0.1776	2762	2909	99
4.5518-63.5314	0.235	141	0.1821	2787	2928	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3409	-5.8276	-5.2071	6.1203	5.4077	4.7475	-0.1663	-0.3718	1.075	1.5575	0.0528	-0.8352	0.7207	-0.3279	-0.0513	0.5031	-0.0342	-0.0428	0.5232	-0.1075	0.6637	7.5746	-30.7366	26.857
2	5.0371	-5.6365	-5.1906	7.1265	6.2204	5.8226	0.2835	0.3283	0.6821	1.2499	-0.3666	-1.0781	0.613	-0.5351	-0.2632	0.2261	0.0358	0.0538	0.4852	-0.031	0.5804	14.9356	-35.9092	27.3043
3	8.9276	-5.2739	-0.7299	7.0249	5.1322	6.5776	-0.3101	-1.5968	0.0576	1.6205	0.641	0.5015	-0.817	-0.166	-0.3093	0.7815	0.0825	0.1216	0.6313	-0.05	0.7152	5.6743	-25.7138	35.7975
4	9.0607	-6.8459	-5.0298	7.3715	7.0304	8.2572	0.0821	0.0025	0.4667	2.1044	0.2659	-1.0407	1.5365	-0.1026	-0.4705	0.4835	0.0117	-0.1102	0.4089	-0.0102	0.4207	15.6373	-40.7417	31.0936
5	5.5275	0.7213	-1.6486	9.5373	5.5759	4.6686	-0.0436	0.3254	0.2573	1.2177	0.8347	-0.7789	3.1678	0.4398	-0.7231	0.9018	0.2164	-0.0969	0.5035	0.0915	0.5776	24.5297	-55.5549	22.7306
6	4.5364	-3.011	-4.9616	5.0207	5.2441	7.2197	0.8458	-0.3403	-1.0032	0.8484	-0.8665	-0.0987	2.1541	0.4098	0.1456	0.642	0.1328	-0.0341	0.6056	0.0673	0.5173	17.9155	-48.2668	24.2113
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49	9.6961	-1.3043	1.5188	4.3817	4.7183	5.801	0.2573	0.5891	-0.1041	-2.511	0.6192	-0.6078	-0.9821	1.2794	-1.1482	0.9026	0.0438	0.1779	0.7487	0.0885	0.4957	20.9332	-42.7455	-1.5285
50	7.9056	2.5028	-2.7075	1.1377	-2.3896	7.7721	0.8491	0.8264	2.496	-3.0278	-1.4786	0.1625	-2.4873	1.0571	0.4913	1.5022	0.1706	0.259	0.873	0.3628	1.4572	14.5578	-21.6328	5.93
51	2.8112	-4.4569	3.1103	6.9144	-4.8411	3.5077	0.5102	4.8044	-0.82	0.3564	-0.3697	-0.1875	0.7438	5.6687	-0.3875	1.3623	0.2021	-0.4378	2.1835	-0.1585	1.5702	17.6453	-20.4783	-3.8951
52	5.2428	-3.4487	3.402	3.9499	-0.026	5.0326	1.3325	1.0148	0.2843	0.3628	-1.863	-0.4923	-2.643	3.0758	0.7969	1.0646	-0.0258	0.1011	0.8675	0.1861	0.7806	24.4118	-25.5721	10.601
53	8.4639	-0.9414	-4.4476	4.6537	4.0559	5.1436	-0.6043	-0.3336	-0.4384	2.4621	0.3844	-0.497	0.5959	1.3082	0.3558	0.6542	0.2614	0.0219	0.8946	0.106	0.7534	27.9228	-42.5333	19.3254
54	4.0203	5.482	4.1501	9.7162	6.3483	4.9649	1.0938	-1.0716	-1.2985	1.3837	0.8245	-1.9218	1.1959	2.0315	-2.1173	1.4852	0.2991	-0.2254	1.859	0.0012	1.1626	40.2549	-43.3847	29.1909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 109:116)	A	109 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 117:124)	A	117 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 125:132)	A	125 - 132
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 133:139)	A	133 - 139
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 140:147)	A	140 - 147
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 148:153)	A	148 - 153
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 154:159)	A	154 - 159
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 160:171)	A	160 - 171
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 172:177)	A	172 - 177
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 178:184)	A	178 - 184
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 185:195)	A	185 - 195
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 196:205)	A	196 - 205
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 206:212)	A	206 - 212
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 213:221)	A	213 - 221
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 222:230)	A	222 - 230
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 231:236)	A	231 - 236
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 237:244)	A	237 - 244
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 245:254)	A	245 - 254
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 255:264)	A	255 - 264
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 265:271)	A	265 - 271
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 109:116)	B	109 - 116
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 117:124)	B	117 - 124
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 125:139)	B	125 - 139
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 140:145)	B	140 - 145
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 146:151)	B	146 - 151
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 152:157)	B	152 - 157
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 158:163)	B	158 - 163
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 164:170)	B	164 - 170
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 171:176)	B	171 - 176
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 177:187)	B	177 - 187
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 188:205)	B	188 - 205
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 206:212)	B	206 - 212
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 213:220)	B	213 - 220
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 221:230)	B	221 - 230
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 231:236)	B	231 - 236
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 237:242)	B	237 - 242
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 243:247)	B	243 - 247
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 248:252)	B	248 - 252
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 253:258)	B	253 - 258
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 259:271)	B	259 - 271
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain C and resid 1:4)	C	1 - 4
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain C and resid 5:8)	C	5 - 8
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain C and resid 9:14)	C	9 - 14
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain C and resid 18:21)	C	18 - 21
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain C and resid 22:25)	C	22 - 25
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain C and resid 26:29)	C	26 - 29
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain C and resid 30:33)	C	30 - 33
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain D and resid 1:5)	D	1 - 5
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain D and resid 6:11)	D	6 - 11
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain D and resid 12:15)	D	12 - 15
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain D and resid 18:21)	D	18 - 21
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain D and resid 22:25)	D	22 - 25
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain D and resid 26:29)	D	26 - 29
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain D and resid 30:33)	D	30 - 33

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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