[日本語] English
万見
- PDB-6jqv: Crystal structure of Arabidopsis thaliana NRP2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jqv
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana NRP2
要素NAP1-related protein 2
キーワードCHAPERONE / Nucleosome assembly protein NRP2 NAP NRP
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic cell DNA recombination / double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / chromatin / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleosome assembly protein / Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP) / Arylsulfatase, C-terminal domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NAP1-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Kumar, A. / Vasudevan, D.
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2019
タイトル: Structural Characterization ofArabidopsis thalianaNAP1-Related Protein 2 (AtNRP2) and Comparison with its Homolog AtNRP1.
著者: Kumar, A. / Kumar Singh, A. / Chandrakant Bobde, R. / Vasudevan, D.
履歴
登録2019年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NAP1-related protein 2
B: NAP1-related protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4172
ポリマ－49,4172
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.450, 123.450, 228.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質 NAP1-related protein 2 / Nucleosome/chromatin assembly factor group A5 / Protein SET homolog 2


分子量: 24708.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NRP2, NFA5, At1g18800, F6A14.10 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LC68

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M potassium fluoride, 2.2M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.42→42.04 Å / Num. obs: 9304 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1281 / Rpim(I) all: 0.03955 / Rrim(I) all: 0.1342 / Net I/σ(I): 17.37
反射 シェル解像度: 3.422→3.544 Å / 冗長度: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique obs: 914 / CC1/2: 0.722 / Rpim(I) all: 0.3697 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DAY

5day


解像度: 3.42→42.04 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3202 461 4.96 %
Rwork0.2722 --
obs0.2746 9286 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.42→42.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2347 0 0 0 2347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6153252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.6291424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005415
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4199-3.91470.38041600.29952867X-RAY DIFFRACTION99
3.9147-4.93150.34881430.26312932X-RAY DIFFRACTION100
4.9315-52.05860.28811580.26953026X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る