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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jqv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Arabidopsis thaliana NRP2 | ||||||
![]() | NAP1-related protein 2 | ||||||
![]() | CHAPERONE / Nucleosome assembly protein NRP2 NAP NRP | ||||||
機能・相同性 | ![]() somatic cell DNA recombination / double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / chromatin / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumar, A. / Vasudevan, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Characterization ofArabidopsis thalianaNAP1-Related Protein 2 (AtNRP2) and Comparison with its Homolog AtNRP1. 著者: Kumar, A. / Kumar Singh, A. / Chandrakant Bobde, R. / Vasudevan, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5dayS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24708.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NRP2, NFA5, At1g18800, F6A14.10 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.27 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M potassium fluoride, 2.2M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.42→42.04 Å / Num. obs: 9304 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1281 / Rpim(I) all: 0.03955 / Rrim(I) all: 0.1342 / Net I/σ(I): 17.37 |
反射 シェル | 解像度: 3.422→3.544 Å / 冗長度: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique obs: 914 / CC1/2: 0.722 / Rpim(I) all: 0.3697 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5DAY 解像度: 3.42→42.04 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.1
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.42→42.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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