[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6jqa: Crystal structure of phyllogen, a phyllody inducing effector prot... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6jqa | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of phyllogen, a phyllody inducing effector protein of phytoplasma. | ||||||||||||||||||
![]() | (Phytoplasmal effector causing phyllody 1) x 3 | ||||||||||||||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Phytoplasma / Phyllody / Phyllogen / PHYL1 / MADS-domain transcription factor | ||||||||||||||||||
Function / homology | Sequence-variable mosaic (SVM), signal sequence / SVM protein signal sequence / IODIDE ION / Phytoplasmal effector causing phyllody 1![]() | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Miyatake, H. / Maejima, K. | ||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
| ||||||||||||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of phyllogen, a phyllody-inducing effector protein of phytoplasma. Authors: Iwabuchi, N. / Maejima, K. / Kitazawa, Y. / Miyatake, H. / Nishikawa, M. / Tokuda, R. / Koinuma, H. / Miyazaki, A. / Nijo, T. / Oshima, K. / Yamaji, Y. / Namba, S. | ||||||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 213.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 185.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 483.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 520.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 26.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 11170.568 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The crystal was iodine labelled for I-SAD phasing by HYPER-VIL Source: (gene. exp.) ![]() Gene: PHYL1 / Plasmid: pGEX-4T-1 / Production host: ![]() ![]() | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Protein | Mass: 11422.362 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: PHYL1 / Plasmid: pGEX-4T-1 / Production host: ![]() ![]() #3: Protein | | Mass: 11044.673 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: PHYL1 / Plasmid: pGEX-4T-1 / Production host: ![]() ![]() #4: Chemical | ChemComp-IOD / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.93 Å3/Da / Density % sol: 36.41 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 100mM sodium citrate pH 5.0, 2.1M ammonium sulfate, 250mM MgCl2, 2.5% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 27, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.7 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.402→43.509 Å / Num. obs: 194152 / % possible obs: 85.56 % / Redundancy: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 44.03 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1374 / Rpim(I) all: 0.05178 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 8.21 |
Reflection shell | Resolution: 2.402→2.488 Å / Redundancy: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.9488 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 20164 / CC1/2: 0.713 / Rpim(I) all: 0.3528 / Rrim(I) all: 1.013 / % possible all: 52.53 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.402→43.509 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|