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- PDB-6jpw: Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 1C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jpw
タイトルCrystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound 1C
要素
  • NS3 protease
  • SER-C0F-GLY-LYS-ARG-LYS
  • Serine protease subunit NS2B
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral protease / Protease inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell nucleus / GTP binding / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C ...Thrombin, subunit H - #120 / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / : / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Trypsin-like serine proteases / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.951 Å
データ登録者Quek, J.P.
資金援助 シンガポール, 3件
組織認可番号国
Other governmentStart up grant シンガポール
Other governmentCBRG15May045 シンガポール
Other governmentNRF2016NRF-CRP001-063 シンガポール
引用ジャーナル: Org.Lett. / 年: 2019
タイトル: Biocompatible Macrocyclization between Cysteine and 2-Cyanopyridine Generates Stable Peptide Inhibitors.
著者: Nitsche, C. / Onagi, H. / Quek, J.P. / Otting, G. / Luo, D. / Huber, T.
履歴
登録2019年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease subunit NS2B
B: NS3 protease
C: Serine protease subunit NS2B
D: NS3 protease
E: Serine protease subunit NS2B
F: NS3 protease
G: Serine protease subunit NS2B
H: NS3 protease
J: SER-C0F-GLY-LYS-ARG-LYS
K: SER-C0F-GLY-LYS-ARG-LYS
L: SER-C0F-GLY-LYS-ARG-LYS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,17411
ポリマ－102,17411
非ポリマー00
水5,459303
1
A: Serine protease subunit NS2B
B: NS3 protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9032
ポリマ－24,9032
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area9080 Å2
手法PISA
2
C: Serine protease subunit NS2B
D: NS3 protease
J: SER-C0F-GLY-LYS-ARG-LYS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7573
ポリマ－25,7573
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10190 Å2
手法PISA
3
E: Serine protease subunit NS2B
F: NS3 protease
K: SER-C0F-GLY-LYS-ARG-LYS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7573
ポリマ－25,7573
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area9020 Å2
手法PISA
4
G: Serine protease subunit NS2B
H: NS3 protease
L: SER-C0F-GLY-LYS-ARG-LYS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7573
ポリマ－25,7573
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area9190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.107, 60.473, 215.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Serine protease subunit NS2B / NS2B cofactor


分子量: 5865.384 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q32ZE1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質
NS3 protease


分子量: 19037.592 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zika virus (strain Mr 766) (ジカ熱ウイルス)
株: Mr 766 / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72, UniProt: Q32ZE1*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド SER-C0F-GLY-LYS-ARG-LYS


分子量: 854.013 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.43 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate Trihydrate pH 4.6, 25% Peg 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.951→46.261 Å / Num. obs: 57894 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 15.69
反射 シェル解像度: 1.951→2.02 Å / Num. unique obs: 5412

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GPI

5gpi


解像度: 1.951→46.261 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2055 1997 3.45 %
Rwork0.1688 --
obs0.1701 57870 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.951→46.261 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5684 0 177 303 6164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076020
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9528194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7053444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064922
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061055
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.951-1.99970.27181300.23853616X-RAY DIFFRACTION92
1.9997-2.05380.2381400.18783931X-RAY DIFFRACTION100
2.0538-2.11430.2461440.1763967X-RAY DIFFRACTION100
2.1143-2.18250.22171390.1743961X-RAY DIFFRACTION100
2.1825-2.26050.23291450.16533942X-RAY DIFFRACTION100
2.2605-2.3510.24081450.17313987X-RAY DIFFRACTION100
2.351-2.4580.23681400.17183975X-RAY DIFFRACTION100
2.458-2.58760.22711440.17343999X-RAY DIFFRACTION100
2.5876-2.74970.18341430.16744030X-RAY DIFFRACTION100
2.7497-2.96190.19761440.16273966X-RAY DIFFRACTION100
2.9619-3.25990.17641370.16074033X-RAY DIFFRACTION100
3.2599-3.73150.18321450.15574088X-RAY DIFFRACTION100
3.7315-4.70060.18361440.14624098X-RAY DIFFRACTION100
4.7006-46.27420.21911570.19414280X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0575-0.89861.94498.7609-8.2549.59720.09670.380.58440.5364-0.1542-1.2813-0.65071.4280.12910.2457-0.05860.10630.4631-0.15620.51610.368724.7941-11.3535
29.78433.6257-5.5236.9671-2.46835.0898-0.2746-1.0815-0.41560.40880.2664-0.13340.41030.34740.02440.27760.0849-0.05970.33720.03040.244-0.207511.59910.8326
36.6933-0.03511.84491.3404-0.85437.2528-1.7535-1.16651.07531.80031.0648-0.6714-0.83792.03580.63690.54760.0469-0.07980.6195-0.08670.3695-12.277518.57616.0745
49.579-3.29147.8595.3047-1.50167.0397-0.0396-0.41-0.10770.4193-0.22540.3890.2192-1.26180.22310.20790.05960.02380.3824-0.08990.387-23.5120.3873-4.8275
57.658-0.9347-3.72267.50123.59595.13690.34960.90810.3352-0.6398-0.33350.0117-0.4521-0.86820.00530.35030.1371-0.00830.3989-0.00570.2048-18.570225.5274-19.5491
65.61572.20360.38236.9114-0.84135.3688-0.14860.02440.2886-0.00150.3195-0.7691-0.1240.7144-0.120.1491-0.02970.01390.2873-0.06860.25266.671522.0914-9.2048
76.3386-2.5882-0.70644.10660.81244.65150.15840.30490.2498-0.32910.0826-0.3883-0.19270.3727-0.15240.1902-0.00240.04040.2215-0.04220.18262.472619.1205-19.0999
89.1073-0.6103-7.28581.9112-0.40126.4506-0.38740.2385-0.7557-0.0416-0.05380.3020.4944-0.2720.44370.23460.002-0.03690.2259-0.05910.3397-8.82659.009-11.624
99.60156.6265-1.93454.6233-1.16331.76470.2492-0.11950.15580.7860.10160.08560.05230.0418-0.33050.18690.035-0.01080.2579-0.04580.2288-1.959320.39350.4122
109.2579-3.92264.66914.9408-3.29798.13620.1784-0.2122-0.1568-0.0665-0.03120.29430.3527-0.2296-0.06910.09990.02050.02480.1525-0.03650.1906-15.404617.258-3.9743
114.838-0.41510.1814.9289-0.16594.33120.05580.17-0.0413-0.1215-0.08630.1677-0.0172-0.30710.01430.1191-0.00730.02520.2144-0.04570.1668-11.429918.9532-8.8844
126.5147-1.88691.16435.0137-1.38963.40310.17910.1627-0.7930.37040.3278-0.39450.67840.7126-0.61230.27750.162-0.21750.5679-0.22380.638615.015537.278713.791
137.1904-5.04441.40517.3898-1.90270.7940.1430.05770.6672-0.7792-0.0316-0.6602-0.11770.2956-0.15090.2881-0.08570.10040.38920.01070.26695.312149.2861-0.7146
145.37116.2492-5.25647.2387-6.11155.1809-0.13170.2708-0.847-0.1543-0.3913-0.1798-0.05420.13960.51660.22140.0293-0.01260.4723-0.06010.3144-12.649740.5076-1.2929
153.5387-0.46364.97457.4116-0.00957.15880.2763-1.1429-0.20950.8221-0.0610.32780.3944-1.1921-0.11970.3255-0.08750.06030.4315-0.03890.2348-14.086534.862818.1749
169.90267.7845.74296.11214.54863.9274-0.40110.7946-2.15570.59220.0088-0.99671.55860.28080.44520.5849-0.05430.05130.4875-0.08330.792318.067857.638810.4835
175.3798-2.2272-0.72087.7128-3.17396.1925-0.03690.0572-0.74270.2836-0.0847-1.09550.70461.00680.16340.28670.1126-0.11080.4696-0.11130.509913.749634.437410.7438
185.4582.83561.62583.38144.67099.17020.00180.01640.0866-0.1403-0.0613-0.1157-0.37620.5461-0.02390.1455-0.0236-0.03870.2746-0.03240.18337.469545.195711.4787
196.7871.66310.79183.3669-0.62832.1349-0.038-0.2463-0.4720.78090.2713-0.80180.52530.8821-0.08670.28510.0432-0.15060.3797-0.10340.29458.128940.463717.8443
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325.24911.143-0.978.1901-0.0293.4777-0.03510.00330.12270.82880.0214-0.2805-0.34470.09480.00550.46950.0474-0.1370.2271-0.0540.20983.372752.651245.1595
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352.5401-0.62691.73922.65532.35524.3169-0.18670.46890.5439-1.04650.25-0.5649-1.01580.5944-0.11320.516-0.18030.03010.4225-0.02170.3654-21.929227.384735.2498
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392.39760.3217-2.03676.05284.80427.8414-0.03830.00690.07720.1595-0.0280.2370.1886-0.35440.09560.1799-0.0114-0.07080.22650.02160.2023-34.719115.900239.9235
406.9984-5.6357-5.47444.62884.87846.0061-0.3169-0.7043-0.3771.02680.2614-0.22850.34060.17940.06270.402-0.0483-0.07660.2906-0.00640.3178-24.78928.164252.7184
414.11661.1437-1.83062.7114-2.88053.6344-0.0323-0.00670.26740.22660.03440.0304-0.1892-0.06820.02210.4656-0.0555-0.03140.3188-0.06560.2032-28.120522.142551.1113
427.4739-1.1645-0.34587.08212.92493.01040.08330.12840.4703-0.11410.0811-0.2829-0.13390.2193-0.08440.2914-0.0944-0.04370.2485-0.01320.2293-24.550919.647545.2073
436.96263.5324-0.63746.9872-0.52164.04530.04840.0391-0.01950.22070.10040.0208-0.02360.0757-0.14010.288-0.0063-0.05410.2219-0.05480.159-28.877118.569545.7464
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 50 through 54 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 64 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 69 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 70 through 74 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 75 through 87 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 17 through 42 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 43 through 79 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 80 through 94 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 95 through 106 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 107 through 118 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 119 through 170 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 50 through 54 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 55 through 64 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 65 through 74 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 75 through 87 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 12 through 20 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 21 through 34 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 35 through 44 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 45 through 62 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 63 through 79 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 80 through 94 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 95 through 106 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 107 through 118 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 119 through 155 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 156 through 170 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 50 through 54 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 55 through 69 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 70 through 87 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 17 through 42 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 43 through 79 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 80 through 117 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 118 through 170 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 50 through 54 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 55 through 74 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 75 through 87 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 17 through 28 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 29 through 53 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 54 through 71 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 72 through 94 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 95 through 106 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 107 through 118 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 119 through 137 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 138 through 170 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る