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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jpa | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Rabbit Cav1.1-Verapamil Complex | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Membrane protein complex modulated by FDA approved drug. | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / calcium ion import across plasma membrane / cellular response to caffeine / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol ...positive regulation of muscle contraction / high voltage-gated calcium channel activity / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / calcium ion import across plasma membrane / cellular response to caffeine / calcium channel regulator activity / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / voltage-gated calcium channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / muscle contraction / T-tubule / calcium ion transmembrane transport / sarcolemma / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhao, Y. / Huang, G. / Wu, J. / Yan, N. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 6件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Molecular Basis for Ligand Modulation of a Mammalian Voltage-Gated Ca Channel. 著者: Yanyu Zhao / Gaoxingyu Huang / Jianping Wu / Qiurong Wu / Shuai Gao / Zhen Yan / Jianlin Lei / Nieng Yan / 要旨: The L-type voltage-gated Ca (Ca) channels are modulated by various compounds exemplified by 1,4-dihydropyridines (DHP), benzothiazepines (BTZ), and phenylalkylamines (PAA), many of which have been ...The L-type voltage-gated Ca (Ca) channels are modulated by various compounds exemplified by 1,4-dihydropyridines (DHP), benzothiazepines (BTZ), and phenylalkylamines (PAA), many of which have been used for characterizing channel properties and for treatment of hypertension and other disorders. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of Ca1.1 in complex with archetypal antagonistic drugs, nifedipine, diltiazem, and verapamil, at resolutions of 2.9 Å, 3.0 Å, and 2.7 Å, respectively, and with a DHP agonist Bay K 8644 at 2.8 Å. Diltiazem and verapamil traverse the central cavity of the pore domain, directly blocking ion permeation. Although nifedipine and Bay K 8644 occupy the same fenestration site at the interface of repeats III and IV, the coordination details support previous functional observations that Bay K 8644 is less favored in the inactivated state. These structures elucidate the modes of action of different Ca ligands and establish a framework for structure-guided drug discovery. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jpa.cif.gz | 533.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jpa.ent.gz | 409.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jpa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6jpa_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6jpa_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6jpa_validation.xml.gz | 99.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6jpa_validation.cif.gz | 144 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/6jpa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/6jpa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 172146.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P07293 |
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-Voltage-dependent calcium channel ... , 2種, 2分子 EF
#2: タンパク質 | 分子量: 25082.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P19518 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 118641.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P13806 |
-Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta- ... , 2種, 2分子 BC
#3: タンパク質 | 分子量: 49642.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: CACNB1, CACNLB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19517 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 57898.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P19517 |
-糖 , 4種, 15分子
#6: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 多糖 | #8: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #9: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 6種, 17分子
#10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-3PE / #12: 化合物 | #13: 化合物 | ChemComp-9Z9 / ( | #14: 化合物 | #15: 化合物 | ChemComp-ETA / | |
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-詳細
配列の詳細 | As for the unusual connection between Y619-S621 of Chain F, the original amino acid for S620 is ...As for the unusual connection between Y619-S621 of Chain F, the original amino acid for S620 is Y620 and the density for this large side chain is missing from reconstruction. Authors suspect this to be a result of alternative splicing. The density in this beta strand, Y619 and S621, is very clear and allows accurate side chain assignment for this area and surrounding areas. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO | ||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 433477 / 対称性のタイプ: POINT |