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- PDB-6jov: Crystal structure of a hypothetical Fe Superoxide dismutase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jov
タイトルCrystal structure of a hypothetical Fe Superoxide dismutase
要素Fe-Superoxide dismutase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Superoxide dismutase / Fe / metalloenzyme / Reactive oxygen species / antioxidant
機能・相同性: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.941 Å
データ登録者Bose, S. / Purushothaman, S.S. / Subramanian, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (India) インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a hypothetical Fe Superoxide dismutase
著者: Ashok, A. / Bose, S. / Jain, C. / Purushothaman, S.S. / Subramanian, R.
履歴
登録2019年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fe-Superoxide dismutase
B: Fe-Superoxide dismutase
C: Fe-Superoxide dismutase
D: Fe-Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,24642
ポリマ－98,1504
非ポリマー4,09638
水6,323351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.018, 55.088, 74.623
Angle α, β, γ (deg.)82.28, 89.61, 68.49
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Fe-Superoxide dismutase


分子量: 24537.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: superoxide dismutase

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非ポリマー , 7種, 389分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris 8.0 and 20% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→45.33 Å / Num. obs: 58082 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.08 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Num. unique obs: 3866 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.19 / Rrim(I) all: 0.37 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MY6

1my6


解像度: 1.941→44.895 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 2892 5.01 %
Rwork0.1814 --
obs0.1837 57721 96.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.941→44.895 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6227 0 260 351 6838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066653
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8378977
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9724135
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049955
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9409-1.97270.26221330.20772533X-RAY DIFFRACTION93
1.9727-2.00670.25481350.20092546X-RAY DIFFRACTION96
2.0067-2.04320.24811380.19392630X-RAY DIFFRACTION97
2.0432-2.08250.25191330.20232539X-RAY DIFFRACTION95
2.0825-2.1250.23311400.18142650X-RAY DIFFRACTION97
2.125-2.17120.22661360.17922571X-RAY DIFFRACTION97
2.1712-2.22170.25851390.17932653X-RAY DIFFRACTION97
2.2217-2.27730.25161350.19232534X-RAY DIFFRACTION94
2.2773-2.33880.24241380.18172630X-RAY DIFFRACTION97
2.3388-2.40760.24281390.18352646X-RAY DIFFRACTION97
2.4076-2.48530.24511380.1852612X-RAY DIFFRACTION98
2.4853-2.57420.25361380.18432621X-RAY DIFFRACTION97
2.5742-2.67720.22651380.18122613X-RAY DIFFRACTION97
2.6772-2.7990.21871400.17722669X-RAY DIFFRACTION98
2.799-2.94660.22061390.17452626X-RAY DIFFRACTION98
2.9466-3.13120.21921390.18352634X-RAY DIFFRACTION98
3.1312-3.37280.2361390.18112631X-RAY DIFFRACTION98
3.3728-3.71210.20521380.17112616X-RAY DIFFRACTION97
3.7121-4.24890.21441390.16612625X-RAY DIFFRACTION97
4.2489-5.35180.191390.17362633X-RAY DIFFRACTION98
5.3518-44.90720.23081390.19842617X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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