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- PDB-6jnn: REF6 ZnF2-4-NAC004-mC1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jnn
タイトルREF6 ZnF2-4-NAC004-mC1 complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*(5CM)P*TP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
  • Lysine-specific demethylase REF6
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / REF6 / zinc finger / 5mC / DNA complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ethylene-activated signaling pathway / abscisic acid catabolic process / release of seed from dormancy / positive regulation of lateral root development / response to diterpene / heat acclimation / protein localization to heterochromatin / sugar mediated signaling pathway / unidimensional cell growth / vegetative to reproductive phase transition of meristem ...regulation of ethylene-activated signaling pathway / abscisic acid catabolic process / release of seed from dormancy / positive regulation of lateral root development / response to diterpene / heat acclimation / protein localization to heterochromatin / sugar mediated signaling pathway / unidimensional cell growth / vegetative to reproductive phase transition of meristem / regulation of photoperiodism, flowering / systemic acquired resistance / response to brassinosteroid / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / ethylene-activated signaling pathway / leaf development / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / response to abscisic acid / Ino80 complex / abscisic acid-activated signaling pathway / response to mechanical stimulus / epigenetic regulation of gene expression / protein homooligomerization / response to heat / sequence-specific DNA binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
JmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / jmjN domain / JmjC domain, hydroxylase / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...JmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / jmjN domain / JmjC domain, hydroxylase / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Lysine-specific demethylase REF6
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yao, Q.Q. / Wu, B.X. / Ma, J.B.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: DNA methylation repels targeting of Arabidopsis REF6.
著者: Qiu, Q. / Mei, H. / Deng, X. / He, K. / Wu, B. / Yao, Q. / Zhang, J. / Lu, F. / Ma, J. / Cao, X.
履歴
登録2019年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase REF6
D: DNA (5'-D(*TP*TP*(5CM)P*TP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*A)-3')
B: Lysine-specific demethylase REF6
F: DNA (5'-D(*TP*TP*(5CM)P*TP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*A)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*TP*(5CM)P*TP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*A)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*TP*(5CM)P*TP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*A)-3')
N: Lysine-specific demethylase REF6
G: Lysine-specific demethylase REF6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,23724
ポリマ－77,45212
非ポリマー78512
水00
1
A: Lysine-specific demethylase REF6
D: DNA (5'-D(*TP*TP*(5CM)P*TP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5596
ポリマ－19,3633
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area8860 Å2
手法PISA
2
B: Lysine-specific demethylase REF6
F: DNA (5'-D(*TP*TP*(5CM)P*TP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5596
ポリマ－19,3633
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area9040 Å2
手法PISA
3
I: DNA (5'-D(*TP*TP*(5CM)P*TP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*A)-3')
N: Lysine-specific demethylase REF6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5596
ポリマ－19,3633
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area8920 Å2
手法PISA
4
L: DNA (5'-D(*TP*TP*(5CM)P*TP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*A)-3')
G: Lysine-specific demethylase REF6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5596
ポリマ－19,3633
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area8810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.969, 70.969, 141.076
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22N
13A
23G
14D
24F
15D
25I
16D
26L
17C
27E
18C
28H
19C
29K
110B
210N
111B
211G
112F
212I
113F
213L
114E
214H
115E
215K
116I
216L
117H
217K
118N
218G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1265 - 1353
2010B1265 - 1353
1020A1265 - 1353
2020N1265 - 1353
1030A1265 - 1353
2030G1265 - 1353
1040D1 - 12
2040F1 - 12
1050D1 - 12
2050I1 - 12
1060D1 - 12
2060L1 - 12
1070C1 - 12
2070E1 - 12
1080C1 - 12
2080H1 - 12
1090C1 - 12
2090K1 - 12
10100B1265 - 1353
20100N1265 - 1353
10110B1265 - 1353
20110G1265 - 1353
10120F1 - 12
20120I1 - 12
10130F1 - 12
20130L1 - 12
10140E1 - 12
20140H1 - 12
10150E1 - 12
20150K1 - 12
10160I1 - 12
20160L1 - 12
10170H1 - 12
20170K1 - 12
10180N1265 - 1353
20180G1265 - 1353

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18

-
要素

#1: タンパク質
Lysine-specific demethylase REF6 / Jumonji domain-containing protein 12 / Lysine-specific histone demethylase REF6 / Protein RELATIVE ...Jumonji domain-containing protein 12 / Lysine-specific histone demethylase REF6 / Protein RELATIVE OF EARLY FLOWERING 6


分子量: 12026.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: REF6, JMJ12, PKDM9A, At3g48430, T29H11_50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9STM3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9STM3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*TP*(5CM)P*TP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*G)-3')


分子量: 3639.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*A)-3')


分子量: 3697.472 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 3,350, 0.15 M malic acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.537
11K, H, -L20.463
反射解像度: 2.58→30 Å / Num. obs: 24572 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 13.69
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.74 / Num. unique obs: 2448

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JNL

6jnl


解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 12.834 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.082
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1027 5.2 %RANDOM
Rwork0.251 ---
obs0.251 18614 85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.19 Å20 Å20 Å2
2---2.19 Å20 Å2
3---4.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2940 1948 12 0 4900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0165222
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5591.5937438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6335352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.76420.596151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.51515521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8191535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2615.6871420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.8328.5051768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9895.3273802
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.39697.12521655
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A55860.13
12B55860.13
21A49920.21
22N49920.21
31A49760.21
32G49760.21
41D20500.02
42F20500.02
51D17580.19
52I17580.19
61D19660.1
62L19660.1
71C23060.03
72E23060.03
81C22300.11
82H22300.11
91C22200.1
92K22200.1
101B49880.21
102N49880.21
111B50780.21
112G50780.21
121F17720.19
122I17720.19
131F19800.1
132L19800.1
141E22140.12
142H22140.12
151E22060.11
152K22060.11
161I17920.17
162L17920.17
171H22800.06
172K22800.06
181N52120.19
182G52120.19
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.65 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 11 -
Rwork0.386 550 -
obs--30.31 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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