PDB-6jni: Crystal structure of the transcriptional regulator CadR from P. p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jni

タイトル

Crystal structure of the transcriptional regulator CadR from P. putida in complex with Zinc(II) and DNA

要素

(DNA (25-MER)) x 2
CadR

キーワード

TRANSCRIPTION/DNA / CadR / MerR family / cadmium regulator / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Liu, X.C. / Gan, J.H. / Chen, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Selective cadmium regulation mediated by a cooperative binding mechanism in CadR.
著者: Liu, X. / Hu, Q. / Yang, J. / Huang, S. / Wei, T. / Chen, W. / He, Y. / Wang, D. / Liu, Z. / Wang, K. / Gan, J. / Chen, H.

履歴

登録	2019年3月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jni.cif.gz	332.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jni.ent.gz	258.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jni.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jni_validation.pdf.gz	521.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jni_full_validation.pdf.gz	532.1 KB	表示
XML形式データ	6jni_validation.xml.gz	39.8 KB	表示
CIF形式データ	6jni_validation.cif.gz	56.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/6jni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/6jni	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
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トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
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インテイン (Inteins)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CadR

B: CadR

C: CadR

D: CadR

E: CadR

F: CadR

G: CadR

H: CadR

I: DNA (25-MER)

J: DNA (25-MER)

K: DNA (25-MER)

L: DNA (25-MER)

M: DNA (25-MER)

N: DNA (25-MER)

O: DNA (25-MER)

P: DNA (25-MER)

ヘテロ分子

196 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CadR

B: CadR

I: DNA (25-MER)

J: DNA (25-MER)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CadR

D: CadR

K: DNA (25-MER)

L: DNA (25-MER)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: CadR

F: CadR

M: DNA (25-MER)

N: DNA (25-MER)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: CadR

H: CadR

O: DNA (25-MER)

P: DNA (25-MER)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.090, 71.329, 98.797
Angle α, β, γ (deg.)	81.03, 83.52, 73.85
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 131	1 - 131
2	1	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 131	1 - 131
1	2	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 133	1 - 133
2	2	MET	MET	VAL	VAL	C	C	1 - 133	1 - 133
1	3	MET	MET	HIS	HIS	A	A	1 - 145	1 - 145
2	3	MET	MET	HIS	HIS	D	D	1 - 145	1 - 145
1	4	MET	MET	HIS	HIS	A	A	1 - 145	1 - 145
2	4	MET	MET	HIS	HIS	E	E	1 - 145	1 - 145
1	5	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 133	1 - 133
2	5	MET	MET	VAL	VAL	F	F	1 - 133	1 - 133
1	6	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 134	1 - 134
2	6	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 134	1 - 134
1	7	MET	MET	HIS	HIS	A	A	1 - 145	1 - 145
2	7	MET	MET	HIS	HIS	H	H	1 - 145	1 - 145
1	8	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 131	1 - 131
2	8	MET	MET	VAL	VAL	C	C	1 - 131	1 - 131
1	9	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 131	1 - 131
2	9	MET	MET	VAL	VAL	D	D	1 - 131	1 - 131
1	10	MET	MET	SER	SER	B	B	1 - 132	1 - 132
2	10	MET	MET	SER	SER	E	E	1 - 132	1 - 132
1	11	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 131	1 - 131
2	11	MET	MET	VAL	VAL	F	F	1 - 131	1 - 131
1	12	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 131	1 - 131
2	12	MET	MET	VAL	VAL	G	G	1 - 131	1 - 131
1	13	MET	MET	SER	SER	B	B	1 - 132	1 - 132
2	13	MET	MET	SER	SER	H	H	1 - 132	1 - 132
1	14	MET	MET	VAL	VAL	C	C	1 - 133	1 - 133
2	14	MET	MET	VAL	VAL	D	D	1 - 133	1 - 133
1	15	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 134	1 - 134
2	15	MET	MET	SER	SER	E	E	1 - 139	1 - 139
1	16	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 134	1 - 134
2	16	MET	MET	PRO	PRO	F	F	1 - 134	1 - 134
1	17	MET	MET	VAL	VAL	C	C	1 - 133	1 - 133
2	17	MET	MET	VAL	VAL	G	G	1 - 133	1 - 133
1	18	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 134	1 - 134
2	18	MET	MET	HIS	HIS	H	H	1 - 140	1 - 140
1	19	MET	MET	HIS	HIS	D	D	1 - 145	1 - 145
2	19	MET	MET	HIS	HIS	E	E	1 - 145	1 - 145
1	20	MET	MET	VAL	VAL	D	D	1 - 133	1 - 133
2	20	MET	MET	VAL	VAL	F	F	1 - 133	1 - 133
1	21	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 134	1 - 134
2	21	MET	MET	PRO	PRO	G	G	1 - 134	1 - 134
1	22	MET	MET	HIS	HIS	D	D	1 - 145	1 - 145
2	22	MET	MET	HIS	HIS	H	H	1 - 145	1 - 145
1	23	MET	MET	SER	SER	E	E	1 - 139	1 - 139
2	23	MET	MET	PRO	PRO	F	F	1 - 134	1 - 134
1	24	MET	MET	HIS	HIS	E	E	1 - 140	1 - 140
2	24	MET	MET	GLU	GLU	G	G	1 - 135	1 - 135
1	25	MET	MET	HIS	HIS	E	E	1 - 145	1 - 145
2	25	MET	MET	HIS	HIS	H	H	1 - 145	1 - 145
1	26	MET	MET	VAL	VAL	F	F	1 - 133	1 - 133
2	26	MET	MET	VAL	VAL	G	G	1 - 133	1 - 133
1	27	MET	MET	PRO	PRO	F	F	1 - 134	1 - 134
2	27	MET	MET	HIS	HIS	H	H	1 - 140	1 - 140
1	28	MET	MET	GLU	GLU	G	G	1 - 135	1 - 135
2	28	MET	MET	VAL	VAL	H	H	1 - 141	1 - 141
1	29	DT	DT	DT	DT	I	I	1 - 25	1 - 25
2	29	DT	DT	DT	DT	K	K	1 - 25	1 - 25
1	30	DT	DT	DT	DT	I	I	1 - 25	1 - 25
2	30	DT	DT	DT	DT	M	M	1 - 25	1 - 25
1	31	DT	DT	DT	DT	I	I	1 - 25	1 - 25
2	31	DT	DT	DT	DT	O	O	1 - 25	1 - 25
1	32	DA	DA	DA	DA	J	J	1 - 25	1 - 25
2	32	DA	DA	DA	DA	L	L	1 - 25	1 - 25
1	33	DA	DA	DA	DA	J	J	1 - 25	1 - 25
2	33	DA	DA	DA	DA	N	N	1 - 25	1 - 25
1	34	DC	DC	DC	DC	J	J	2 - 24	2 - 24
2	34	DC	DC	DC	DC	P	P	2 - 24	2 - 24
1	35	DT	DT	DT	DT	K	K	1 - 25	1 - 25
2	35	DT	DT	DT	DT	M	M	1 - 25	1 - 25
1	36	DT	DT	DT	DT	K	K	1 - 25	1 - 25
2	36	DT	DT	DT	DT	O	O	1 - 25	1 - 25
1	37	DA	DA	DA	DA	L	L	1 - 25	1 - 25
2	37	DA	DA	DA	DA	N	N	1 - 25	1 - 25
1	38	DC	DC	DC	DC	L	L	2 - 24	2 - 24
2	38	DC	DC	DC	DC	P	P	2 - 24	2 - 24
1	39	DT	DT	DT	DT	M	M	1 - 25	1 - 25
2	39	DT	DT	DT	DT	O	O	1 - 25	1 - 25
1	40	DC	DC	DC	DC	N	N	2 - 24	2 - 24
2	40	DC	DC	DC	DC	P	P	2 - 24	2 - 24

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	CadR / Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator 分子量: 16671.707 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: cadR, BIW19_10095, BL240_26950 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93TP7
#2: DNA鎖	DNA (25-MER) 分子量: 7729.982 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas putida (バクテリア)
#3: DNA鎖	DNA (25-MER) 分子量: 7627.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas putida (バクテリア)
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MPEG 2000, magnesium chloride, potassium bromide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 38729 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.2 % / R_sym value: 0.12 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 3879 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6JGV

6jgv

解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 17.856 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.447 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25443	1939	5 %	RANDOM
R_work	0.21158	-	-	-
obs	0.21375	36785	95.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.845 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.13 Å²	0.62 Å²	0.79 Å²
2-	-	-2.84 Å²	-0.26 Å²
3-	-	-	5.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8553	4039	16	0	12608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.016	13167
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	10615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.491	1.674	18631
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.711	3	24458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.162	5	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.432	23.326	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.402	15	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.239	15	116
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	12185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	2986
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.93	5.562	4284
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.929	5.562	4283
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.455	8.34	5327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.455	8.34	5328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.495	6.599	8883
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.495	6.598	8884
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10	9.818	13305
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.908	52.645	15821
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	12.907	52.644	15822
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14612	0.08
1	2	B	14612	0.08
2	1	A	14792	0.08
2	2	C	14792	0.08
3	1	A	16652	0.07
3	2	D	16652	0.07
4	1	A	15852	0.07
4	2	E	15852	0.07
5	1	A	15006	0.05
5	2	F	15006	0.05
6	1	A	14916	0.08
6	2	G	14916	0.08
7	1	A	15992	0.05
7	2	H	15992	0.05
8	1	B	14792	0.06
8	2	C	14792	0.06
9	1	B	14648	0.08
9	2	D	14648	0.08
10	1	B	14386	0.08
10	2	E	14386	0.08
11	1	B	14722	0.07
11	2	F	14722	0.07
12	1	B	14706	0.08
12	2	G	14706	0.08
13	1	B	14594	0.08
13	2	H	14594	0.08
14	1	C	14856	0.08
14	2	D	14856	0.08
15	1	C	14334	0.09
15	2	E	14334	0.09
16	1	C	14992	0.07
16	2	F	14992	0.07
17	1	C	14880	0.08
17	2	G	14880	0.08
18	1	C	14580	0.08
18	2	H	14580	0.08
19	1	D	15828	0.08
19	2	E	15828	0.08
20	1	D	14954	0.07
20	2	F	14954	0.07
21	1	D	14976	0.08
21	2	G	14976	0.08
22	1	D	16130	0.05
22	2	H	16130	0.05
23	1	E	14578	0.07
23	2	F	14578	0.07
24	1	E	14470	0.08
24	2	G	14470	0.08
25	1	E	15888	0.06
25	2	H	15888	0.06
26	1	F	14950	0.07
26	2	G	14950	0.07
27	1	F	14720	0.06
27	2	H	14720	0.06
28	1	G	14710	0.07
28	2	H	14710	0.07
29	1	I	3894	0.05
29	2	K	3894	0.05
30	1	I	4062	0.01
30	2	M	4062	0.01
31	1	I	3940	0.08
31	2	O	3940	0.08
32	1	J	3954	0.06
32	2	L	3954	0.06
33	1	J	3904	0.1
33	2	N	3904	0.1
34	1	J	3676	0.06
34	2	P	3676	0.06
35	1	K	3890	0.05
35	2	M	3890	0.05
36	1	K	3794	0.1
36	2	O	3794	0.1
37	1	L	3928	0.09
37	2	N	3928	0.09
38	1	L	3696	0.06
38	2	P	3696	0.06
39	1	M	3936	0.08
39	2	O	3936	0.08
40	1	N	3662	0.07
40	2	P	3662	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.902→2.977 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	109	-
R_work	0.376	2200	-
obs	-	-	76 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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