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万見
- PDB-6jnf: Cryo-EM structure of the translocator of the outer mitochondrial ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jnf
タイトルCryo-EM structure of the translocator of the outer mitochondrial membrane
要素(Mitochondrial import receptor subunit ...) x 5
キーワードTRANSLOCASE / alpha/beta translocator / membrane protein complex / Protein import / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transport / protein targeting to mitochondrion / porin activity / pore complex / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport ...mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transport / protein targeting to mitochondrion / porin activity / pore complex / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import receptor subunit Tom6 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom6, fungal / Mitochondrial import receptor subunit Tom40, fungi / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family ...Mitochondrial import receptor subunit Tom6 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom6, fungal / Mitochondrial import receptor subunit Tom40, fungi / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-46E / Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 / Mitochondrial import receptor subunit TOM22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit TOM5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.81 Å
データ登録者Araiso, Y. / Tsutsumi, A. / Suzuki, J. / Yunoki, K. / Kawano, S. / Kikkawa, M. / Endo, T.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science15H05705 日本
Japan Society for the Promotion of Science2222703 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR12M1 日本
Japan Society for the Promotion of Science15J07687 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am01011115 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of the mitochondrial import gate reveals distinct preprotein paths.
著者: Yuhei Araiso / Akihisa Tsutsumi / Jian Qiu / Kenichiro Imai / Takuya Shiota / Jiyao Song / Caroline Lindau / Lena-Sophie Wenz / Haruka Sakaue / Kaori Yunoki / Shin Kawano / Junko Suzuki / ...著者: Yuhei Araiso / Akihisa Tsutsumi / Jian Qiu / Kenichiro Imai / Takuya Shiota / Jiyao Song / Caroline Lindau / Lena-Sophie Wenz / Haruka Sakaue / Kaori Yunoki / Shin Kawano / Junko Suzuki / Marilena Wischnewski / Conny Schütze / Hirotaka Ariyama / Toshio Ando / Thomas Becker / Trevor Lithgow / Nils Wiedemann / Nikolaus Pfanner / Masahide Kikkawa / Toshiya Endo /
要旨: The translocase of the outer mitochondrial membrane (TOM) is the main entry gate for proteins. Here we use cryo-electron microscopy to report the structure of the yeast TOM core complex at 3.8-Å ...The translocase of the outer mitochondrial membrane (TOM) is the main entry gate for proteins. Here we use cryo-electron microscopy to report the structure of the yeast TOM core complex at 3.8-Å resolution. The structure reveals the high-resolution architecture of the translocator consisting of two Tom40 β-barrel channels and α-helical transmembrane subunits, providing insight into critical features that are conserved in all eukaryotes. Each Tom40 β-barrel is surrounded by small TOM subunits, and tethered by two Tom22 subunits and one phospholipid. The N-terminal extension of Tom40 forms a helix inside the channel; mutational analysis reveals its dual role in early and late steps in the biogenesis of intermembrane-space proteins in cooperation with Tom5. Each Tom40 channel possesses two precursor exit sites. Tom22, Tom40 and Tom7 guide presequence-containing preproteins to the exit in the middle of the dimer, whereas Tom5 and the Tom40 N extension guide preproteins lacking a presequence to the exit at the periphery of the dimer.
履歴
登録2019年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9851
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
B: Mitochondrial import receptor subunit TOM7
C: Mitochondrial import receptor subunit TOM22
D: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
E: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
F: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
G: Mitochondrial import receptor subunit TOM7
H: Mitochondrial import receptor subunit TOM22
I: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
J: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,30311
ポリマ－159,66710
非ポリマー6361
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area17240 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area55990 Å2

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要素

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Mitochondrial import receptor subunit ... , 5種, 10分子 AFBGCHDIEJ

#1: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM40


分子量: 42071.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: TOM40 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): D273-10B yeast / 参照: UniProt: P23644
#2: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM7


分子量: 6876.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: TOM7 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): D273-10B yeast / 参照: UniProt: P53507
#3: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM22


分子量: 18481.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: TOM22 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): D273-10B yeast / 参照: UniProt: P49334
#4: タンパク質・ペプチド Mitochondrial import receptor subunit TOM5


分子量: 5993.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: TOM5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): D273-10B yeast / 参照: UniProt: P80967
#5: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM6


分子量: 6410.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: TOM6 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): D273-10B yeast / 参照: UniProt: P33448

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非ポリマー , 1種, 1分子

#6: 化合物 ChemComp-46E / (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl tetradecanoate / DMPE


分子量: 635.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H66NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TOM complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 5.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1.13CTF補正
5RELION3CTF補正
11RELION3初期オイラー角割当
12RELION3最終オイラー角割当
14RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 124653 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00847422
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.145510053
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06311141
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00741272
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.32574361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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