PDB-6jmp: Crystal Structure of a Non-hemolytic Pneumolysin from Streptococc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jmp

タイトル

Crystal Structure of a Non-hemolytic Pneumolysin from Streptococcus pneumoniae strain ST306

要素

Thiol-activated cytolysin

キーワード

TOXIN / Cholesterol Dependent Cytolysin / Pneumolysin / Non-pore forming / Non-hemolytic / Membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

hemolysis in another organism / cholesterol binding / : / toxin activity / membrane => GO:0016020 / host cell plasma membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Badgujar, D.C. / Bhaumik, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into loss of function of a pore forming toxin and its role in pneumococcal adaptation to an intracellular lifestyle.
著者: Badgujar, D.C. / Anil, A. / Green, A.E. / Surve, M.V. / Madhavan, S. / Beckett, A. / Prior, I.A. / Godsora, B.K. / Patil, S.B. / More, P.K. / Sarkar, S.G. / Mitchell, A. / Banerjee, R. / ...

履歴

登録	2019年3月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author
改定 1.2	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jmp.cif.gz	209.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jmp.ent.gz	169.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jmp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jmp_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jmp_full_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示
XML形式データ	6jmp_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	6jmp_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jmp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cr6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5aod-d 4qqa-d 1m3i-1 5dim-d 1m3i-3 3g8t-2 4hsc-d 3g8s-3 1pfo-d 3g8s-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thiol-activated cytolysin

ヘテロ分子

53.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	24.480, 84.730, 214.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thiol-activated cytolysin 分子量: 52760.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: ply / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2XU25
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.69 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 6 MM PHOSPHOCHOLINE, 0.2 M MGCL2, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→38.29 Å / Num. obs: 23881 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / B_iso Wilson estimate: 33.98 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 10.56
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 1.318 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 7414 / CC_1/2: 0.843 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0158	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CR6

5cr6

解像度: 2.2→38.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 14.403 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.41 / ESU R Free: 0.254 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	1195	5 %	RANDOM
R_work	0.224	-	-	-
obs	0.226	22691	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3712	0	24	317	4053

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	3897
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	3564
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.354	1.954	5314
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.752	3	8306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.863	5	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.532	25.054	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.57	15	671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.964	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	610
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	764
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.361	2.938	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.357	2.935	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.708	4.382	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.709	4.386	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.59	3.327	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.585	3.327	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.046	4.794	2910
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.012	34.573	4209
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.011	34.571	4209
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	85	-
R_work	0.294	1618	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0322	0.0626	0.1207	0.6177	0.66	1.1469	0.0425	0.0246	0.005	0.079	-0.0152	-0.0358	-0.0153	-0.0629	-0.0273	0.2057	-0.0211	0.0253	0.1821	-0.0047	0.0079	50.642	181.059	239.068
2	0.1193	0.3414	0.3723	1.2622	0.8292	2.0889	0.0617	0.0423	-0.0138	0.2876	-0.0395	-0.0413	-0.0716	0.1012	-0.0222	0.2144	-0.0493	0.0091	0.1626	-0.0125	0.0203	54.062	183.593	247.692
3	0.3186	0.5724	0.2997	1.0806	0.7571	3.2653	0.1564	-0.0036	0.1075	0.2278	-0.0633	0.1929	-0.4333	0.2435	-0.0932	0.2938	-0.0759	0.0636	0.1987	-0.0328	0.0591	53.43	188.133	244.135
4	0.0741	-0.2313	-0.2672	0.8705	0.4441	3.2192	0.0382	-0.0156	-0.0206	-0.2106	-0.0601	0.0745	0.2955	0.0119	0.0219	0.2246	0.0134	-0.0139	0.1706	0.0041	0.0073	56.771	182.939	301.004

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 156
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	157 - 290
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	291 - 350
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	351 - 469

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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