PDB-6jmn: Crystal structure of Ostrinia furnacalis Chitinase h complexed wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jmn

タイトル

Crystal structure of Ostrinia furnacalis Chitinase h complexed with compound 2-8-s2

要素

Chitinase

キーワード

HYDROLASE / chitianse / complex / Ostrinia furnacalis / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Ostrinia furnacalis (アワノメイガ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Jiang, X. / Yang, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: A Series of Compounds Bearing a Dipyrido-Pyrimidine Scaffold Acting as Novel Human and Insect Pest Chitinase Inhibitors.
著者: Jiang, X. / Kumar, A. / Motomura, Y. / Liu, T. / Zhou, Y. / Moro, K. / Zhang, K.Y.J. / Yang, Q.

履歴

登録	2019年3月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jmn.cif.gz	147 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jmn.ent.gz	91.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jmn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jmn_validation.pdf.gz	740 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jmn_full_validation.pdf.gz	744.5 KB	表示
XML形式データ	6jmn_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	6jmn_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jmn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jjrC 6jk6C 6jk9C 6jkfC 5gprS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wlz-d 1eib-d 3b8s-2 1ffq-d 3arz-d 1nh6-d 1rd6-d 2wk2-d 2yl8-d 3arr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitinase

ヘテロ分子

62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.496, 108.684, 122.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)

#1: タンパク質

Chitinase

分子量: 61069.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ostrinia furnacalis (アワノメイガ)
遺伝子: OfChi-h / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q4AE59

#2: 化合物

ChemComp-BV0 / 6-azanyl-11-methyl-2-oxidanylidene-7-[[(2R)-oxolan-2-yl]methyl]-N-(pyridin-3-ylmethyl)-1,9-diaza-7-azoniatricyclo[8.4.0.0^{3,8}]tetradeca-3(8),4,6,9,11,13-hexaene-5-carboxamide

分子量: 445.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₅N₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.44 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 30% (w/v) Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: NFPSS

/ ビームライン: BL18U / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 23127 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 62.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 0.685 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 296941

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	12.7	0.735	1163	0.889	0.213	0.766	0.433	99.9
2.54-2.59	13	0.65	1110	0.92	0.186	0.676	0.447	99.9
2.59-2.64	13.1	0.577	1128	0.938	0.164	0.6	0.448	100
2.64-2.69	13.1	0.472	1152	0.959	0.135	0.491	0.456	100
2.69-2.75	12.8	0.434	1115	0.963	0.126	0.452	0.463	100
2.75-2.82	12.3	0.358	1123	0.971	0.106	0.374	0.493	100
2.82-2.89	12.8	0.311	1145	0.979	0.09	0.324	0.526	100
2.89-2.96	13.6	0.247	1138	0.987	0.069	0.257	0.571	100
2.96-3.05	13.4	0.193	1156	0.991	0.054	0.2	0.549	100
3.05-3.15	13.4	0.158	1116	0.994	0.045	0.164	0.558	100
3.15-3.26	13.1	0.129	1156	0.996	0.037	0.134	0.597	100
3.26-3.39	12.4	0.108	1159	0.996	0.032	0.112	0.657	100
3.39-3.55	12.4	0.089	1142	0.998	0.026	0.092	0.764	100
3.55-3.73	13.4	0.075	1168	0.998	0.021	0.078	0.817	100
3.73-3.97	13.3	0.067	1150	0.998	0.019	0.069	0.89	100
3.97-4.27	13	0.061	1149	0.998	0.017	0.064	1.041	100
4.27-4.7	12.2	0.055	1183	0.998	0.016	0.058	1.076	100
4.7-5.38	13.3	0.052	1188	0.999	0.015	0.054	1.016	99.9
5.38-6.78	12.2	0.049	1199	0.998	0.015	0.051	0.817	100
6.78-50	11.4	0.05	1287	0.999	0.015	0.052	1.059	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GPR

5gpr

解像度: 2.5→27.17 Å / SU ML: 0.3515 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.1475 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2496	2000	8.68 %
R_work	0.2033	21032	-
obs	0.2072	23032	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4197	0	61	18	4276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	4382
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5376	5951
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0431	613
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	770
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.8127	2528

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.56	0.3477	141	0.2878	1491	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.56-2.63	0.414	140	0.2735	1462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.71	0.3515	140	0.2675	1486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.8	0.3109	141	0.2631	1471	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.9	0.3326	140	0.2693	1470	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.9-3.01	0.3126	142	0.2575	1496	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.15	0.3059	139	0.2627	1469	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.32	0.3194	143	0.2591	1511	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.32-3.53	0.2624	143	0.2401	1488	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.8	0.2546	143	0.2074	1507	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.8-4.18	0.1906	142	0.1747	1496	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.78	0.2128	145	0.1549	1534	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-6.01	0.2183	147	0.1749	1546	X-RAY DIFFRACTION	99.88
6.01-27.17	0.22	154	0.1778	1605	X-RAY DIFFRACTION	98.54

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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