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- PDB-6jmn: Crystal structure of Ostrinia furnacalis Chitinase h complexed wi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6jmn | ||||||
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Title | Crystal structure of Ostrinia furnacalis Chitinase h complexed with compound 2-8-s2 | ||||||
![]() | Chitinase | ||||||
![]() | HYDROLASE / chitianse / complex / Ostrinia furnacalis / inhibitor | ||||||
Function / homology | ![]() chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jiang, X. / Yang, Q. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A Series of Compounds Bearing a Dipyrido-Pyrimidine Scaffold Acting as Novel Human and Insect Pest Chitinase Inhibitors. Authors: Jiang, X. / Kumar, A. / Motomura, Y. / Liu, T. / Zhou, Y. / Moro, K. / Zhang, K.Y.J. / Yang, Q. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 147 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 91.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 740 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 744.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6jjrC ![]() 6jk6C ![]() 6jk9C ![]() 6jkfC ![]() 5gprS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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-
Components
#1: Protein | Mass: 61069.656 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-BV0 / | ||||
#3: Sugar | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 100 mM HEPES pH 7.0, 30% (w/v) Jeffamine ED-2001 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 2, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 23127 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 62.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.685 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 296941 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5GPR Resolution: 2.5→27.17 Å / SU ML: 0.3515 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.1475 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 64.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→27.17 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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