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万見
- PDB-6jlz: P-eIF2a - eIF2B complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jlz
タイトルP-eIF2a - eIF2B complex
要素
  • (Probable translation initiation factor eIF-2B subunit ...) x 4
  • Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
  • Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
キーワードTRANSLATION / Translation Initiation
機能・相同性
機能・相同性情報


Recycling of eIF2:GDP / Recycling of eIF2:GDP / Cellular response to mitochondrial stress / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / multi-eIF complex / cytoplasmic translational initiation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / formation of translation preinitiation complex ...Recycling of eIF2:GDP / Recycling of eIF2:GDP / Cellular response to mitochondrial stress / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / multi-eIF complex / cytoplasmic translational initiation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / negative regulation of TORC1 signaling / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / translational initiation / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / ribosome / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2 / Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : / Initiation factor 2B-related ...Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2 / Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / NagB/RpiA transferase-like / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding proteins / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Armadillo-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon / Translation initiation factor eIF2B subunit gamma / Translation initiation factor eIF2B subunit delta / Translation initiation factor eIF2B subunit alpha / Translation initiation factor eIF2B subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Kashiwagi, K. / Ito, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structural basis for eIF2B inhibition in integrated stress response.
著者: Kazuhiro Kashiwagi / Takeshi Yokoyama / Madoka Nishimoto / Mari Takahashi / Ayako Sakamoto / Mayumi Yonemochi / Mikako Shirouzu / Takuhiro Ito /
要旨: A core event in the integrated stress response, an adaptive pathway common to all eukaryotic cells in response to various stress stimuli, is the phosphorylation of eukaryotic translation initiation ...A core event in the integrated stress response, an adaptive pathway common to all eukaryotic cells in response to various stress stimuli, is the phosphorylation of eukaryotic translation initiation factor 2 (eIF2). Normally, unphosphorylated eIF2 transfers the methionylated initiator tRNA to the ribosome in a guanosine 5'-triphosphate-dependent manner. By contrast, phosphorylated eIF2 inhibits its specific guanine nucleotide exchange factor, eIF2B. To elucidate how the eIF2 phosphorylation status regulates the eIF2B activity, we determined cryo-electron microscopic and crystallographic structures of eIF2B in complex with unphosphorylated or phosphorylated eIF2. The unphosphorylated and phosphorylated forms of eIF2 bind to eIF2B in completely different manners: the nucleotide exchange-active and -inactive modes, respectively. These structures explain how phosphorylated eIF2 dominantly inhibits the nucleotide exchange activity of eIF2B.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
B: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
C: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit beta
D: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit beta
E: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
F: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
G: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit delta
H: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit delta
I: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
J: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
L: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
M: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)591,49224
ポリマ－590,35312
非ポリマー1,14012
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area46210 Å2
ΔGint-289 kcal/mol
Surface area163590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.578, 207.712, 155.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABLM

#1: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / eIF2Ba / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit alpha


分子量: 37817.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tif221, SPCC11E10.07c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9USP0
#6: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / eIF2a / eIF-2-alpha


分子量: 34843.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SUI2, TIF211, YJR007W, J1429 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20459

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Probable translation initiation factor eIF-2B subunit ... , 4種, 8分子 CDEFGHIJ

#2: タンパク質 Probable translation initiation factor eIF-2B subunit beta / eIF2Bb / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit beta


分子量: 43897.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tif222, SPAC343.14c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UT76
#3: タンパク質 Probable translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / eIF2Bg / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit gamma


分子量: 50551.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tif223, SPAC4D7.09 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56288
#4: タンパク質 Probable translation initiation factor eIF-2B subunit delta / eIF2Bd / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit delta


分子量: 51652.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tif224, SPAC21E11.06 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09924
#5: タンパク質 Probable translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon / eIF2Be / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit epsilon


分子量: 76413.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tif225, SPAC8C9.15c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56287

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非ポリマー , 1種, 12分子

#7: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium acetate, sodium citrate, PEG 4000, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→50 Å / Num. obs: 140658 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 3.35→3.55 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 3.35→49.313 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 28.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 3883 1.43 %
Rwork0.2206 --
obs0.2211 140590 97.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→49.313 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31766 0 60 0 31826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00632366
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63343812
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.29119722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0465094
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045591
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.348-3.38880.44891330.39538999X-RAY DIFFRACTION91
3.3888-3.43170.43041390.36659513X-RAY DIFFRACTION97
3.4317-3.47680.34451390.35839591X-RAY DIFFRACTION98
3.4768-3.52450.39861370.3349638X-RAY DIFFRACTION98
3.5245-3.57480.43961320.33199444X-RAY DIFFRACTION97
3.5748-3.62810.3291420.31779497X-RAY DIFFRACTION96
3.6281-3.68480.30951420.3079580X-RAY DIFFRACTION99
3.6848-3.74520.33051380.29299701X-RAY DIFFRACTION99
3.7452-3.80980.28351430.28029705X-RAY DIFFRACTION98
3.8098-3.8790.28221370.26489638X-RAY DIFFRACTION98
3.879-3.95360.35241370.25799634X-RAY DIFFRACTION98
3.9536-4.03430.28921310.25129562X-RAY DIFFRACTION98
4.0343-4.12190.29511410.24519611X-RAY DIFFRACTION97
4.1219-4.21780.28571270.22419509X-RAY DIFFRACTION97
4.2178-4.32320.25191430.21949678X-RAY DIFFRACTION98
4.3232-4.440.24111340.2129466X-RAY DIFFRACTION97
4.44-4.57060.23921420.19469533X-RAY DIFFRACTION97
4.5706-4.7180.18521400.17829746X-RAY DIFFRACTION99
4.718-4.88650.18741410.17519606X-RAY DIFFRACTION99
4.8865-5.08190.20081350.18349651X-RAY DIFFRACTION99
5.0819-5.3130.23721440.19789655X-RAY DIFFRACTION98
5.313-5.59270.3181400.20899597X-RAY DIFFRACTION98
5.5927-5.94250.27821430.22349583X-RAY DIFFRACTION98
5.9425-6.40050.27181370.22919665X-RAY DIFFRACTION99
6.4005-7.04290.28181410.23529739X-RAY DIFFRACTION99
7.0429-8.05820.27171390.20279536X-RAY DIFFRACTION98
8.0582-10.1380.1661410.16459600X-RAY DIFFRACTION98
10.138-49.31860.16541450.18219506X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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