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万見
- PDB-6jlh: Structure of SCGN in complex with a Snap25 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jlh
タイトルStructure of SCGN in complex with a Snap25 peptide
要素
  • Secretagogin
  • Synaptosomal-associated protein 25
キーワードPROTEIN TRANSPORT / vesicle transport / endosomal sorting / membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / neurotransmitter uptake / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / presynaptic dense core vesicle exocytosis / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / extrinsic component of presynaptic membrane / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) ...Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / neurotransmitter uptake / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / presynaptic dense core vesicle exocytosis / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / extrinsic component of presynaptic membrane / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / synaptic vesicle docking / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / spinal cord motor neuron differentiation / ribbon synapse / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / SNAP receptor activity / SNARE complex / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / syntaxin-1 binding / Other interleukin signaling / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / endosomal transport / SNARE complex assembly / synaptic vesicle priming / regulation of synapse assembly / myosin binding / regulation of neuron projection development / exocytosis / associative learning / synaptic vesicle exocytosis / tertiary granule membrane / voltage-gated potassium channel activity / long-term memory / axonal growth cone / specific granule membrane / voltage-gated potassium channel complex / photoreceptor inner segment / regulation of insulin secretion / axonogenesis / filopodium / locomotory behavior / Regulation of insulin secretion / trans-Golgi network / terminal bouton / brain development / positive regulation of insulin secretion / long-term synaptic potentiation / calcium-dependent protein binding / synaptic vesicle / lamellipodium / actin cytoskeleton / presynaptic membrane / growth cone / cell cortex / chemical synaptic transmission / transmembrane transporter binding / cytoskeleton / neuron projection / endosome / protein domain specific binding / neuronal cell body / synapse / lipid binding / dendrite / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Secretagogin, EF-hand domain / : / Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / EF hand / EF-hand ...Secretagogin, EF-hand domain / : / Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25 domain / SNAP-25 family / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptosomal-associated protein 25 / Secretagogin
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Qin, J. / Sun, Q. / Jia, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural and mechanistic insights into secretagogin-mediated exocytosis.
著者: Qin, J. / Liu, Q. / Liu, Z. / Pan, Y.Z. / Sifuentes-Dominguez, L. / Stepien, K.P. / Wang, Y. / Tu, Y. / Tan, S. / Wang, Y. / Sun, Q. / Mo, X. / Rizo, J. / Burstein, E. / Jia, D.
履歴
登録2019年3月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secretagogin
B: Synaptosomal-associated protein 25
C: Secretagogin
D: Synaptosomal-associated protein 25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,90617
ポリマ－65,3904
非ポリマー51613
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7580 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area27410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.524, 107.049, 54.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Secretagogin / SCGN


分子量: 30864.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: scgn, zgc:100843 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5XJX1
#2: タンパク質・ペプチド Synaptosomal-associated protein 25 / SNAP-25


分子量: 1830.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNAP25, SNAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60880
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M glycocine, 0.1 M Tris Bicine pH 8.5, 12.5% MPD, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→50 Å / Num. obs: 25808 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 37.4 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.197 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 964927
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.37-2.4120.911670.6390.3420.93391.8
2.41-2.4533.412620.8140.2670.937100
2.45-2.536.712880.8720.2340.956100
2.5-2.5538.512450.8910.2110.952100
2.55-2.613912930.9230.1790.973100
2.61-2.6739.212430.9350.1610.982100
2.67-2.7438.712960.9420.1381.0091000.8480.859
2.74-2.8136.712710.9560.1171.0161000.70.709
2.81-2.8938.213050.9660.1031.0491000.6290.637
2.89-2.9940.612590.9760.0831.0711000.5190.525
2.99-3.0940.213070.9820.0671.0741000.420.426
3.09-3.2239.712610.9850.0571.0951000.3530.358
3.22-3.3638.312940.9850.051.1151000.3030.307
3.36-3.5436.512870.9920.0431.1081000.2540.257
3.54-3.7640.113010.9920.0351.0931000.2180.221
3.76-4.0539.713120.9910.0321.0161000.1940.197
4.05-4.4638.113090.9910.0290.9791000.1720.175
4.46-5.138.613230.9950.0240.8621000.150.152
5.1-6.4338.413410.9970.0230.7451000.1410.142
6.43-5034.914440.9910.0290.9421000.1670.17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
AutoSol位相決定
精密化解像度: 2.37→46.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 16.856 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.552 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2372 1950 8 %RANDOM
Rwork0.2003 ---
obs0.2034 22304 94.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.96 Å2 / Biso mean: 38.087 Å2 / Biso min: 16.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.37→46.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4482 0 13 142 4637
Biso mean--41.21 34.06 -
残基数----551
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0134562
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174283
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.6466107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2481.5939973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4085547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.09123.433268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.07115834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2861528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02949
LS精密化 シェル解像度: 2.367→2.429 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 89 -
Rwork0.261 955 -
all-1044 -
obs--56.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9624-0.4389-0.03280.73290.23630.21730.07740.0945-0.14570.088-0.02680.099-0.0123-0.0296-0.05060.07710.03390.02830.0783-0.00030.060452.858625.19138.6264
21.77762.7516-2.46879.9459-5.73524.5638-0.0296-0.01120.03060.14110.0663-0.24440.01160.0128-0.03670.04410.0371-0.03710.0667-0.04670.054874.755414.853810.2054
31.15990.4937-0.23820.8443-0.64120.511-0.0291-0.10480.085-0.0298-0.0106-0.0140.02180.01150.03970.10730.00320.0370.05870.00990.032263.502531.914123.143
48.2331-5.7079-0.46799.61750.99060.1051-0.16120.17030.0401-0.40330.14860.0183-0.05070.02290.01270.089-0.027-0.00770.13250.07360.043567.797644.2993-0.2492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 307
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 17
3X-RAY DIFFRACTION3C12 - 306
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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