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- PDB-6jl2: Crystal structure of VvPlpA G389N from Vibrio vulnificus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jl2
タイトルCrystal structure of VvPlpA G389N from Vibrio vulnificus
要素Thermolabile hemolysin
キーワードHYDROLASE / Vibrio / phospholipase / SGNH hydrolase
機能・相同性Lipase, GDSL, active site / Lipolytic enzymes "G-D-S-L" family, serine active site. / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / lipase activity / SGNH hydrolase superfamily / lipid metabolic process / 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / Thermolabile hemolysin
機能・相同性情報
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ma, Q. / Wan, Y. / Liu, C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Other government1000 talent program 中国
Chinese Academy of Sciences100 talent program 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of aVibriophospholipase reveals an unusual Ser-His-chloride catalytic triad.
著者: Wan, Y. / Liu, C. / Ma, Q.
履歴
登録2019年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermolabile hemolysin
B: Thermolabile hemolysin
C: Thermolabile hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,81613
ポリマ－144,5603
非ポリマー2,25610
水8,431468
1
A: Thermolabile hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0735
ポリマ－48,1871
非ポリマー8864
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thermolabile hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8714
ポリマ－48,1871
非ポリマー6853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Thermolabile hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8714
ポリマ－48,1871
非ポリマー6853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.946, 64.551, 160.649
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Thermolabile hemolysin


分子量: 48186.605 Da / 分子数: 3 / 変異: G389N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: CRN61_10355 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S3SYP4
#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-1PS / 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / 1-(3-SULFOPROPYL) PYRIDINIUM / PPS


分子量: 201.243 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 4 mg/ml in 10 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.5 was mixed with the reservoir solution (200 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 180 mM NDSB-201, 14% polyethylene glycol 1500, and 5% glycerol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.298→83.68 Å / Num. obs: 63445 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 42.41 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.059 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.298→2.337 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 2593 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.229 / Rsym value: 0.208 / % possible all: 76.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JKZ

6jkz


解像度: 2.3→46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.274 / SU Rfree Blow DPI: 0.193 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.195
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 3159 4.99 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.175 63327 92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5195 Å20 Å2-8.4921 Å2
2--10.2175 Å20 Å2
3----7.698 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9505 0 148 468 10121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019945HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9913528HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3286SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes267HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1463HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9945HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.55
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1285SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11650SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 239 5.92 %
Rwork0.179 3799 -
all0.181 4038 -
obs--80.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45240.16430.1340.69040.04170.8014-0.0179-0.01540.02980.02620.04020.0368-0.0762-0.0869-0.0223-0.0810.02290.0377-0.05570.0136-0.0139160.792725.741317.6513
22.2426-0.1617-0.65760.7651-0.02020.8633-0.1615-0.1712-0.21280.05690.0313-0.08780.14440.14840.1302-0.12890.0437-0.0052-0.09660.014-0.0686207.633322.777324.7969
30.6749-0.4566-0.07081.97470.39191.041-0.1025-0.13180.03370.38150.1491-0.12240.00530.1536-0.0465-0.04290.0158-0.013-0.0773-0.018-0.1568183.035454.502351.0711
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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