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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jk7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SpaE basal pilin from Lactobacillus rhamnosus GG - Trigonal form | ||||||
要素 | Pilus assembly protein | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / basal pilins / SpaFED pilus / isopeptide bonds / pilus anchoring / surface proteins / probiotic / sortase | ||||||
機能・相同性 | Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Immunoglobulin-like fold / : / Pilus assembly protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lactobacillus rhamnosus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.204 Å | ||||||
データ登録者 | Megta, A.K. / Mishra, A.K. / Palva, A. / von Ossowski, I. / Krishnan, V. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019 タイトル: Crystal structure of basal pilin SpaE reveals the molecular basis of its incorporation in the lactobacillar SpaFED pilus. 著者: Megta, A.K. / Mishra, A.K. / Palva, A. / von Ossowski, I. / Krishnan, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jk7.cif.gz | 137.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jk7.ent.gz | 105.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jk7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6jk7_validation.pdf.gz | 427.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6jk7_full_validation.pdf.gz | 428.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6jk7_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6jk7_validation.cif.gz | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/6jk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/6jk7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44833.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus rhamnosus (strain ATCC 53103 / GG) (バクテリア) 株: ATCC 53103 / GG / 遺伝子: DU507_12320 / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A345U425, UniProt: A0A5H1ZR38*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: Three dimensional trigonal crystals |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M bis-tris propane pH 8.5, 0.3 M sodium formate, 22% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97887 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97887 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.204→65.023 Å / Num. obs: 9728 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.204→3.26 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.715 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 495 / CC1/2: 0.76 / Rpim(I) all: 0.321 / Rrim(I) all: 0.785 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6JBV 解像度: 3.204→52.495 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.41
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.204→52.495 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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