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- PDB-6jjl: Crystal structure of the DegP dodecamer with a modulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jjl
タイトルCrystal structure of the DegP dodecamer with a modulator
要素
  • CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
  • Periplasmic serine endoprotease DegP
キーワードHYDROLASE / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase Do / response to temperature stimulus / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / chaperone-mediated protein folding / serine-type peptidase activity / protein folding / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to heat / response to oxidative stress ...peptidase Do / response to temperature stimulus / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / chaperone-mediated protein folding / serine-type peptidase activity / protein folding / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to heat / response to oxidative stress / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1C, Do / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Periplasmic serine endoprotease DegP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Cho, H. / Choi, Y. / Lee, H.H. / Kim, S.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Over-activation of a nonessential bacterial protease DegP as an antibiotic strategy.
著者: Cho, H. / Choi, Y. / Min, K. / Son, J.B. / Park, H. / Lee, H.H. / Kim, S.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic serine endoprotease DegP
B: Periplasmic serine endoprotease DegP
C: Periplasmic serine endoprotease DegP
D: Periplasmic serine endoprotease DegP
E: Periplasmic serine endoprotease DegP
F: Periplasmic serine endoprotease DegP
G: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
M: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
H: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
N: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
I: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
Q: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
J: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
O: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
K: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
R: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
L: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
P: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,83118
ポリマ－284,83118
非ポリマー00
水00
1
A: Periplasmic serine endoprotease DegP
B: Periplasmic serine endoprotease DegP
C: Periplasmic serine endoprotease DegP
D: Periplasmic serine endoprotease DegP
E: Periplasmic serine endoprotease DegP
F: Periplasmic serine endoprotease DegP
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H: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
N: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
I: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
Q: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
J: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
O: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
K: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
R: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
L: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
P: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU

A: Periplasmic serine endoprotease DegP
B: Periplasmic serine endoprotease DegP
C: Periplasmic serine endoprotease DegP
D: Periplasmic serine endoprotease DegP
E: Periplasmic serine endoprotease DegP
F: Periplasmic serine endoprotease DegP
G: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
M: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
H: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
N: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
I: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
Q: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
J: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
O: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
K: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
R: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
L: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU
P: CYS-TYR-ARG-LYS-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)569,66336
ポリマ－569,66336
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)217.152, 123.519, 140.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Periplasmic serine endoprotease DegP / Heat shock protein DegP / Protease Do


分子量: 46104.184 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: degP, htrA, ptd, b0161, JW0157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C0V0, peptidase Do
#2: タンパク質・ペプチド
CYS-TYR-ARG-LYS-LEU


分子量: 683.863 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 11% PEG3350, 0.1 M tacsimate pH 3.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→50 Å / Num. obs: 24531 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 1.944 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 176600
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
4.2-4.277.10.66512270.9210.2690.7181.776100
4.27-4.357.10.48412140.9530.1940.5221.908100
4.35-4.4370.4412070.920.180.4762.014100
4.43-4.527.20.4112290.9450.1640.4421.9100
4.52-4.627.20.39812210.9590.1590.4291.868100
4.62-4.737.20.36112040.9560.1450.391.77299.9
4.73-4.857.20.31312590.9760.1250.3371.742100
4.85-4.987.20.3112030.9730.1240.3341.725100
4.98-5.137.20.29212110.9820.1170.3151.662100
5.13-5.297.10.28412280.980.1140.3061.733100
5.29-5.4870.28212420.9780.1150.3041.691100
5.48-5.76.70.28312170.9690.1190.3081.771100
5.7-5.967.40.24812270.9870.0980.2671.771100
5.96-6.277.60.18412310.990.0720.1981.813100
6.27-6.667.60.14312270.9950.0560.1531.878100
6.66-7.187.50.10712280.9960.0420.1151.943100
7.18-7.97.50.08312340.9970.0330.0891.979100
7.9-9.037.50.05512430.9980.0210.0592.083100
9.03-11.367.30.04812490.9980.0190.0512.471100
11.36-506.40.05612300.9950.0240.0613.55396.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OTP

3otp


解像度: 4.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.852 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.753 / SU B: 71.699 / SU ML: 0.946 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.191
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3255 1262 5.1 %RANDOM
Rwork0.2477 ---
obs0.2516 23246 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 219.4 Å2 / Biso mean: 51.451 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å2-0 Å20.06 Å2
2--0.83 Å2-0 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17212 0 0 0 17212
残基数----2370
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01917346
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0217535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0961.97623401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.943340245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.03652341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.43226.692656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.983153103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4271566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0430.22815
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0220045
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023525
LS精密化 シェル解像度: 4.157→4.265 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 81 -
Rwork0.27 1470 -
all-1551 -
obs--84.48 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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