PDB-6jif: Crystal Structures of Branched-Chain Aminotransferase from Pseudo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jif

タイトル

Crystal Structures of Branched-Chain Aminotransferase from Pseudomonas sp. UW4

要素

Branched-chain-amino-acid aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Branched Chain Amino Acid Biosynthetic Process

機能・相同性

機能・相同性情報

L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / : / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas sp. UW4 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zheng, X. / Guo, L. / Li, D.F. / Wu, B.

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2019
タイトル: Biochemical and structural characterization of a highly active branched-chain amino acid aminotransferase from Pseudomonas sp. for efficient biosynthesis of chiral amino acids.
著者: Zheng, X. / Cui, Y. / Li, T. / Li, R. / Guo, L. / Li, D. / Wu, B.

履歴

登録	2019年2月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jif.cif.gz	286 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jif.ent.gz	229.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jif_validation.pdf.gz	465.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jif_full_validation.pdf.gz	469.6 KB	表示
XML形式データ	6jif_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	6jif_validation.cif.gz	52.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/6jif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/6jif	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uyyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ht5-1 4dqn-1 3uzb-2 6snl-3 3akl-2 3kiz-d 6p3h-1 5rgf-d 6xu3-1 3wwj-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase

ヘテロ分子

79.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.825, 95.717, 109.824
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Branched-chain-amino-acid aminotransferase 分子量: 39376.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas sp. UW4 (バクテリア) 遺伝子: ilvE2, PputUW4_02966 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: K9NJ94, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.25M Ammonium citrate dibasic, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 97 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→47.86 Å / Num. obs: 83772 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 20.87 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1078 / R_pim(I) all: 0.03134 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 16.57
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.982 / Mean I/σ(I) obs: 2.86 / Num. unique obs: 6091 / CC_1/2: 0.839 / R_pim(I) all: 0.2858 / R_rim(I) all: 1.066 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UYY

3uyy

解像度: 1.7→47.858 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2225	2000	2.39 %
R_work	0.182	-	-
obs	0.1829	83754	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.858 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5158	0	30	799	5987

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	5314
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.325	7203
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.733	3117
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	776
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	937

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7426	0.3556	140	0.2782	5734	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7426-1.7897	0.2919	141	0.2591	5756	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7897-1.8423	0.2643	142	0.2365	5811	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8423-1.9018	0.2626	141	0.223	5751	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9018-1.9698	0.3116	141	0.2153	5788	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9698-2.0487	0.2445	142	0.21	5782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0487-2.1419	0.2562	142	0.2042	5806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1419-2.2548	0.2476	143	0.2018	5824	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2548-2.3961	0.251	142	0.2058	5846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3961-2.5811	0.2522	143	0.2004	5820	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5811-2.8408	0.2113	143	0.1918	5844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8408-3.2518	0.2176	145	0.1786	5907	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2518-4.0966	0.1746	145	0.1454	5925	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0966-47.8775	0.1795	150	0.1387	6160	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4954	0.0085	0.2548	1.1497	0.4605	0.2362	-0.159	-0.118	-0.329	-0.1211	-0.026	0.0122	0.648	0.0756	0.1596	0.5313	0.0528	0.1002	0.1628	0.0176	0.2842	63.3442	24.9636	68.7383
2	1.1558	0.3274	-0.1108	1.0779	-0.287	0.5697	-0.1334	-0.0662	-0.2416	-0.0604	0.0441	0.0114	0.4026	-0.0529	0.0728	0.4048	-0.0134	0.0481	0.1419	0.0023	0.1911	52.4528	28.0131	67.6432
3	1.4675	0.7729	-1.0277	0.7169	-0.7793	2.0743	-0.1954	-0.0955	-0.0433	-0.015	0.0845	-0.0667	0.3184	0.0386	0.1114	0.2974	0.028	0.0325	0.1569	0.0021	0.2218	61.7459	32.9782	66.2443
4	1.4111	0.2483	-0.5647	0.8052	-0.1259	1.2413	0.0029	-0.0245	0.0825	-0.0286	-0.0044	0.044	0.0677	-0.0444	-0.0074	0.1643	0.0091	0.0002	0.1598	0.006	0.155	44.3987	48.5386	73.914
5	1.2575	0.253	-0.1761	2.7924	0.9918	2.3432	0.0113	-0.0731	-0.0302	-0.1124	-0.0418	0.0464	0.1317	-0.2156	0.0003	0.1837	0.0074	0.0006	0.1783	0.0335	0.1277	39.0371	39.5708	80.7463
6	2.071	0.445	-0.6991	1.0765	-0.0347	0.9229	-0.0931	-0.063	-0.156	-0.04	0.0237	-0.1208	0.1386	0.1405	0.0842	0.1572	0.0194	-0.0016	0.1726	0.0228	0.1596	81.2824	44.2892	65.1613
7	0.8063	0.6823	0.1668	0.9949	-0.6444	2.1127	-0.0317	0.0205	-0.0373	-0.0362	0.0294	-0.0425	0.202	0.0844	-0.0172	0.1211	0.0071	0.0058	0.1595	0.0086	0.1504	63.6394	54.0207	52.0468
8	1.8677	-0.1155	0.2797	0.5862	-0.1134	1.1314	0.0228	0.0731	0.0668	0.0096	-0.0173	-0.032	-0.107	0.0165	-0.0046	0.1186	-0.0106	0.0112	0.1505	0.0147	0.1394	74.4306	65.5547	50.9315

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 134 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 135 through 160 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 161 through 285 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 286 through 340 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 7 through 155 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 156 through 218 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 219 through 340 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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