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Yorodumi- PDB-6jif: Crystal Structures of Branched-Chain Aminotransferase from Pseudo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6jif | ||||||
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Title | Crystal Structures of Branched-Chain Aminotransferase from Pseudomonas sp. UW4 | ||||||
Components | Branched-chain-amino-acid aminotransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Branched Chain Amino Acid Biosynthetic Process | ||||||
Function / homology | Function and homology information L-leucine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine transaminase activity / L-valine transaminase activity / L-isoleucine transaminase activity / L-leucine biosynthetic process / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas sp. UW4 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Zheng, X. / Guo, L. / Li, D.F. / Wu, B. | ||||||
Citation | Journal: Appl.Microbiol.Biotechnol. / Year: 2019 Title: Biochemical and structural characterization of a highly active branched-chain amino acid aminotransferase from Pseudomonas sp. for efficient biosynthesis of chiral amino acids. Authors: Zheng, X. / Cui, Y. / Li, T. / Li, R. / Guo, L. / Li, D. / Wu, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6jif.cif.gz | 286 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6jif.ent.gz | 229.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6jif.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6jif_validation.pdf.gz | 465.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6jif_full_validation.pdf.gz | 469.6 KB | Display | |
Data in XML | 6jif_validation.xml.gz | 33.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6jif_validation.cif.gz | 52.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/6jif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/6jif | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3uyyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39376.531 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas sp. UW4 (bacteria) / Gene: ilvE2, PputUW4_02966 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: K9NJ94, branched-chain-amino-acid transaminase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.25M Ammonium citrate dibasic, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 97 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 2, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→47.86 Å / Num. obs: 83772 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 20.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1078 / Rpim(I) all: 0.03134 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 16.57 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / Redundancy: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.982 / Mean I/σ(I) obs: 2.86 / Num. unique obs: 6091 / CC1/2: 0.839 / Rpim(I) all: 0.2858 / Rrim(I) all: 1.066 / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3UYY Resolution: 1.7→47.858 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.9 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→47.858 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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