PDB-6jgh: Crystal structure of the F99S/M153T/V163A/T203I variant of GFP at...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jgh

タイトル

Crystal structure of the F99S/M153T/V163A/T203I variant of GFP at 0.94 A

要素

Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Green Fluorescent Protein / hydrogen

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.94 Å

データ登録者

Eki, H. / Tai, Y. / Takaba, K. / Hanazono, Y. / Miki, K. / Takeda, K.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Subatomic resolution X-ray structures of green fluorescent protein.
著者: Takaba, K. / Tai, Y. / Eki, H. / Dao, H.A. / Hanazono, Y. / Hasegawa, K. / Miki, K. / Takeda, K.

履歴

登録	2019年2月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.2	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jgh.cif.gz	212.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jgh.ent.gz	174.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jgh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jgh_validation.pdf.gz	427.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jgh_full_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示
XML形式データ	6jgh_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	6jgh_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/6jgh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/6jgh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jgiC 6jgjC 2wurS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5btt-2 6jgj-d 7a80-2 4xov-d 7a80-4 5du0-2 3svb-d 6jgi-d 6ofl-2 6fww-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/m36jgh / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

ヘテロ分子

25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.641, 62.506, 68.179
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 25856.012 Da / 分子数: 1 / 変異: T203I, F99S, M153T, V163A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	(1) The mutated chromophore, CRO, was used an initial model for refinement. Its hydroxyethyl group ...(1) The mutated chromophore, CRO, was used an initial model for refinement. Its hydroxyethyl group inserted to the model by S65T mutation was replaced with original hydoxymethyl in the refinement step, and finally its name was changed to GYS. (2) Q80R was caused by a PCR error in the early study (Chalfie, M. et al., Science, 1994).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.02 %
結晶化	温度: 308 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000, MgCl2, Tris-HCl buffer

-
データ収集

回折

平均測定温度: 56 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.75 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.75 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 0.94→50 Å / Num. obs: 141942 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.147 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.154 / Χ²: 1.048 / Net I/σ(I): 5.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
0.94-0.96	7.1	1.26	6969	0.542	0.503	1.358	0.913	99.3
0.96-0.97	7.1	1.125	6985	0.604	0.448	1.213	0.954	99.3
0.97-0.99	7.1	0.963	6896	0.66	0.384	1.038	0.997	99.4
0.99-1.01	7.2	0.844	7017	0.736	0.336	0.91	1	99.4
1.01-1.03	7.2	0.743	7018	0.785	0.295	0.8	1.031	99.5
1.03-1.06	7.2	0.633	6999	0.827	0.252	0.682	1.091	99.5
1.06-1.09	7.2	0.511	7042	0.903	0.203	0.551	1.043	99.8
1.09-1.11	7.2	0.417	7029	0.912	0.166	0.449	1.111	99.9
1.11-1.15	7.2	0.365	7077	0.937	0.145	0.393	1.172	99.9
1.15-1.18	7.2	0.311	7072	0.959	0.123	0.335	1.112	99.9
1.18-1.23	7.2	0.287	7047	0.963	0.114	0.309	1.085	100
1.23-1.28	7.2	0.264	7107	0.966	0.105	0.285	1.129	100
1.28-1.33	7.3	0.24	7074	0.972	0.095	0.259	1.114	100
1.33-1.4	7.3	0.224	7125	0.975	0.089	0.241	1.143	100
1.4-1.49	7.3	0.182	7108	0.983	0.072	0.196	1.041	100
1.49-1.61	13.8	0.3	7120	0.989	0.082	0.312	1.044	100
1.61-1.77	14.7	0.234	7160	0.992	0.063	0.243	1.012	100
1.77-2.03	14.5	0.15	7226	0.996	0.041	0.155	1.021	100
2.03-2.55	14.5	0.104	7252	0.998	0.028	0.107	1.017	100
2.55-50	11.9	0.064	7529	0.998	0.019	0.067	1.037	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
SHELXL	精密化
HKL-2000	データ収集
SDMS	データスケーリング
PDB_EXTRACT	データ抽出
PHASER	位相決定
DENZO	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WUR

2wur

解像度: 0.94→29.928 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.25

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.129	13451	4.95 %	random selection
R_work	0.1069	-	-	-
obs	0.108	140511	99.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.94→29.928 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1823	0	1	542	2366

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.94-0.9507	0.2735	500	0.2519	8552	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9507-0.9619	0.2459	425	0.2382	8536	X-RAY DIFFRACTION	99
0.9619-0.9736	0.2184	476	0.2287	8540	X-RAY DIFFRACTION	99
0.9736-0.9859	0.2134	393	0.2239	8651	X-RAY DIFFRACTION	100
0.9859-0.9989	0.2386	418	0.2141	8575	X-RAY DIFFRACTION	99
0.9989-1.0126	0.2054	414	0.1971	8585	X-RAY DIFFRACTION	99
1.0126-1.0271	0.2091	474	0.191	8597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0271-1.0424	0.1831	418	0.1796	8595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0424-1.0587	0.2016	435	0.173	8639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0587-1.076	0.1681	452	0.156	8620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.076-1.0946	0.1513	483	0.1453	8522	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0946-1.1145	0.1395	444	0.1332	8681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1145-1.1359	0.146	397	0.1249	8643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1359-1.1591	0.1427	434	0.1178	8596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1591-1.1843	0.1347	502	0.1118	8604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1843-1.2119	0.1405	437	0.1092	8604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2119-1.2422	0.1313	441	0.1069	8582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2422-1.2758	0.122	476	0.1036	8620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2758-1.3133	0.118	449	0.1013	8618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3133-1.3557	0.1137	457	0.0971	8609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3557-1.4041	0.115	436	0.0961	8638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4041-1.4604	0.1159	461	0.0883	8610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4604-1.5268	0.1151	485	0.0847	8597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5268-1.6073	0.1002	455	0.0771	8614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6073-1.708	0.115	484	0.0745	8558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.708-1.8399	0.1052	476	0.0731	8610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8399-2.025	0.1005	426	0.0696	8665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.025-2.3179	0.0886	419	0.0712	8642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3179-2.9199	0.0952	429	0.0752	8634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9199-29.9431	0.1203	455	0.0937	8603	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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