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- PDB-6jfk: GDP bound Mitofusin2 (MFN2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jfk
タイトルGDP bound Mitofusin2 (MFN2)
要素Mitofusin-2,cDNA FLJ57997, highly similar to Transmembrane GTPase MFN2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / mitochondriral fusion / GTPase activity / CMT2A
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOT2 GTPase cycle / parkin-mediated stimulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / mitochondrion localization / protein localization to phagophore assembly site / camera-type eye morphogenesis / protein targeting to mitochondrion / blastocyst formation / negative regulation of Ras protein signal transduction / mitochondrial membrane organization / mitochondrial fusion ...RHOT2 GTPase cycle / parkin-mediated stimulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / mitochondrion localization / protein localization to phagophore assembly site / camera-type eye morphogenesis / protein targeting to mitochondrion / blastocyst formation / negative regulation of Ras protein signal transduction / mitochondrial membrane organization / mitochondrial fusion / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / response to unfolded protein / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / aerobic respiration / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule cytoskeleton / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / mitochondrial outer membrane / GTPase activity / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitofusin-2 / Fzo/mitofusin HR2 domain / fzo-like conserved region / Mitofusin family / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / cDNA FLJ57997, highly similar to Transmembrane GTPase MFN2 / Mitofusin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Li, Y.J. / Cao, Y.L. / Feng, J.X. / Qi, Y.B. / Meng, S.X. / Yang, J.F. / Zhong, Y.T. / Kang, S.S. / Chen, X.X. / Lan, L. ...Li, Y.J. / Cao, Y.L. / Feng, J.X. / Qi, Y.B. / Meng, S.X. / Yang, J.F. / Zhong, Y.T. / Kang, S.S. / Chen, X.X. / Lan, L. / Luo, L. / Yu, B. / Chen, S.D. / Chan, D.C. / Hu, J.J. / Gao, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural insights of human mitofusin-2 into mitochondrial fusion and CMT2A onset.
著者: Li, Y.J. / Cao, Y.L. / Feng, J.X. / Qi, Y. / Meng, S. / Yang, J.F. / Zhong, Y.T. / Kang, S. / Chen, X. / Lan, L. / Luo, L. / Yu, B. / Chen, S. / Chan, D.C. / Hu, J. / Gao, S.
履歴
登録2019年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年3月20日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitofusin-2,cDNA FLJ57997, highly similar to Transmembrane GTPase MFN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8347
ポリマ－49,8311
非ポリマー1,0046
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area21110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.624, 49.624, 388.065
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1061-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mitofusin-2,cDNA FLJ57997, highly similar to Transmembrane GTPase MFN2 / Transmembrane GTPase MFN2


分子量: 49830.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MFN2, CPRP1, KIAA0214 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O95140, UniProt: B7Z3H8, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.69 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium citrate tribasic tetrahydrate, 35% (V/V) Glycerol ethoxylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→49.6 Å / Num. obs: 34454 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rrim(I) all: 0.064 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 18.31
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / Num. unique obs: 5321 / Rpim(I) all: 0.52 / Rsym value: 0.475

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GOM

5gom


解像度: 1.997→49.223 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2121 1744 5.06 %
Rwork0.1763 --
obs0.1782 34453 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→49.223 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3421 0 65 171 3657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9034771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0852151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005617
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9967-2.05550.26391320.22242591X-RAY DIFFRACTION97
2.0555-2.12180.28371330.21082642X-RAY DIFFRACTION100
2.1218-2.19770.24211270.19782688X-RAY DIFFRACTION100
2.1977-2.28570.23731350.19192685X-RAY DIFFRACTION100
2.2857-2.38970.23341610.19742671X-RAY DIFFRACTION100
2.3897-2.51570.23321610.19142675X-RAY DIFFRACTION99
2.5157-2.67330.23671560.19852671X-RAY DIFFRACTION100
2.6733-2.87970.24591510.19512708X-RAY DIFFRACTION100
2.8797-3.16940.24211390.18972751X-RAY DIFFRACTION99
3.1694-3.62790.2051500.17062754X-RAY DIFFRACTION99
3.6279-4.57030.17631550.14232832X-RAY DIFFRACTION100
4.5703-49.23810.18431440.17083041X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.92781.78625.40332.53721.73326.22120.1777-0.1406-0.00510.2592-0.0347-0.20820.106-0.006-0.06530.23130.0079-0.01590.27210.01320.23273.08334.535140.5338
21.6651-0.64720.12362.4291-1.75394.5811-0.0043-0.11880.32540.25010.15930.0414-0.4168-0.0536-0.1440.2194-0.0207-0.04670.24140.00230.2525-27.272413.488919.3639
32.90660.80630.01795.5782-1.96055.9507-0.096-0.15660.53440.44620.22080.4829-0.7322-0.4065-0.10570.27110.0311-0.05360.3542-0.02370.3496-26.002517.540320.3418
43.44971.12620.33282.0537-0.22142.6654-0.01830.1734-0.0322-0.24620.0144-0.02390.08420.07890.0240.24530.0156-0.04940.22060.04910.2202-23.6345.80412.3834
57.705-0.5446.92720.2005-0.68456.38530.18490.5798-0.03270.0402-0.1341-0.07780.21920.6168-0.05720.29380.0348-0.04730.36690.01250.27123.9955-1.337930.4043
68.1972-1.90487.14820.9239-2.02867.79980.30640.2606-0.06710.0293-0.1902-0.13110.47010.4262-0.24880.28070.0189-0.06050.21680.00720.327317.2444-6.128946.447
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 94 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 95 through 153 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 154 through 216 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 217 through 330 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 331 through 399 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 400 through 755 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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