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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jf5 | ||||||
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タイトル | K2U bound crystal structure of class I type b peptide deformylase from Acinetobacter baumannii | ||||||
![]() | Peptide deformylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / peptide deformylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, I.H. / Ho, T.H. / Kang, L.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: K2U bound crystal structure of class I type b peptide deformylase from Acinetobacter baumannii 著者: Lee, I.H. / Ho, T.H. / Kang, L.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6jesS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17567.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: def_1, def, def2, def_2, ABUW_2937, APD06_18825, BWP00_08140, C2U32_01090, CBI29_01007, DCD77_14985, DGS69_13130, DOL94_15075, SAMEA104305268_00677, SAMEA104305292_01437, SAMEA104305351_01290 プラスミド: pET11a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.77 % / Mosaicity: 0.955 ° |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Calcium acetate hydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 18% (w/v) polyethylene glycol 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 20674 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.152 / Χ2: 7.122 / Net I/σ(I): 15.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6JES 解像度: 2→29.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.494 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.157 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.664 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→29.69 Å
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拘束条件 |
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