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- PDB-6jd5: ATPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jd5
タイトルATPase
要素ESX conserved component EccC2. ESX-2 type VII secretion system protein. Possible membrane protein
キーワードMOTOR PROTEIN / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EccCa-like, Actinobacteria / EccCb-like, Actinobacteria / : / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ESX conserved component EccC2. ESX-2 type VII secretion system protein. Possible membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wang, S.H. / Li, J. / Rao, Z.H.
資金援助 中国, 7件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFC0840300 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020200 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CB542800 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CBA02003 中国
National Natural Science Foundation of China813300237 中国
National Natural Science Foundation of China31500607 中国
National Natural Science Foundation of China81520108019 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020
タイトル: Structural insights into substrate recognition by the type VII secretion system.
著者: Wang, S. / Zhou, K. / Yang, X. / Zhang, B. / Zhao, Y. / Xiao, Y. / Yang, X. / Yang, H. / Guddat, L.W. / Li, J. / Rao, Z.
履歴
登録2019年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX conserved component EccC2. ESX-2 type VII secretion system protein. Possible membrane protein
B: ESX conserved component EccC2. ESX-2 type VII secretion system protein. Possible membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1956
ポリマ－60,1322
非ポリマー1,0634
水3,891216
1
A: ESX conserved component EccC2. ESX-2 type VII secretion system protein. Possible membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5983
ポリマ－30,0661
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13260 Å2
手法PISA
2
B: ESX conserved component EccC2. ESX-2 type VII secretion system protein. Possible membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5983
ポリマ－30,0661
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.449, 69.691, 75.963
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ESX conserved component EccC2. ESX-2 type VII secretion system protein. Possible membrane protein


分子量: 30066.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: eccC2, Rv3894c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O05450
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.75 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 45% (v/v) PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→74.674 Å / Num. all: 26929 / Num. obs: 26929 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.099 / Rsym value: 0.091 / Net I/av σ(I): 7.3 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 184657
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.3270.6421.22744539330.2610.6940.6422.8100
2.32-2.4670.4361.82576137020.1780.4710.4364100
2.46-2.636.60.3192.42294634570.1330.3460.3195.299.7
2.63-2.847.10.2173.52301832510.0870.2340.2177.8100
2.84-3.116.70.1455.12016329950.060.1570.1451199.8
3.11-3.486.90.0927.81864726990.0380.0990.09217.599.7
3.48-4.026.80.05712.21634323890.0230.0620.05726.699.9
4.02-4.926.90.042151391420310.0170.0450.04233.999.9
4.92-6.966.70.04315.11055015850.0180.0470.0433099.8
6.96-40.9336.60.0316.758708870.0130.0320.0338.499.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NH0

4nh0


解像度: 2.2→38.707 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2251 1322 4.92 %
Rwork0.1757 25558 -
obs0.1781 26880 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.55 Å2 / Biso mean: 40.4184 Å2 / Biso min: 22.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→38.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4037 0 64 216 4317
Biso mean--34.7 40.35 -
残基数----519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9765719
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055631
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006749
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.762567
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.28810.33021630.239328242987100
2.2881-2.39220.24461680.214727902958100
2.3922-2.51830.26391330.204528402973100
2.5183-2.67610.29161450.199328082953100
2.6761-2.88260.26941520.197328623014100
2.8826-3.17260.26971230.18822824294799
3.1726-3.63140.23071470.170228643011100
3.6314-4.5740.17681510.145428372988100
4.574-38.71330.1821400.16082909304999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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