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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jcc | ||||||
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タイトル | structure of a de novo protein D_1CY5_M1 | ||||||
要素 | Computational designed protein based on evolution | ||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / designed protein evolution crystal structure helix | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Meng, W. / Feng, T. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: structure of a computationally designed mutant protein D_1CY5_M1 著者: Meng, W. / Haiyan, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jcc.cif.gz | 67.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jcc.ent.gz | 50.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jcc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/6jcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/6jcc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11085.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.92 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0 M Sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 15784 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/av σ(I): 4.588 / Net I/σ(I): 29.37 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.422 / Num. unique obs: 1523 / Rpim(I) all: 0.159 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→32.8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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溶媒の処理 | Bsol: 47.2 Å2 / ksol: 0.46 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→32.8 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.451→1.489 Å
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