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- PDB-6jc0: Structural analysis of molybdopterin synthases from two mycobacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jc0
タイトルStructural analysis of molybdopterin synthases from two mycobacteria pathogens
要素
  • Putative molybdenum cofactor biosynthesis protein
  • Putative molybdenum cofactor biosynthesis protein D2 (MoaD2) / thiamine S
キーワードTRANSFERASE / molybdopterin synthases / molybdenum cofactor biosynthesis / sulfur transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Molybdopterin synthase sulfur carrier subunit / Molybdopterin biosynthesis MoaE subunit / Molybdopterin biosynthesis MoaE / Molybdopterin biosynthesis MoaE subunit superfamily / MoaE protein / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Beta-grasp domain superfamily ...Molybdopterin synthase sulfur carrier subunit / Molybdopterin biosynthesis MoaE subunit / Molybdopterin biosynthesis MoaE / Molybdopterin biosynthesis MoaE subunit superfamily / MoaE protein / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Beta-grasp domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Molybdenum cofactor biosynthesis protein / Molybdopterin synthase sulfur carrier subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liu, X. / Wang, H.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of ChinaGrant Nos. 813300237 and 81520108019 中国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of molybdopterin synthases from two mycobacterial pathogens.
著者: Wang, H. / Chen, X. / Zhang, W. / Zhou, W. / Liu, X. / Rao, Z.
履歴
登録2019年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Putative molybdenum cofactor biosynthesis protein
C: Putative molybdenum cofactor biosynthesis protein D2 (MoaD2) / thiamine S
D: Putative molybdenum cofactor biosynthesis protein
A: Putative molybdenum cofactor biosynthesis protein D2 (MoaD2) / thiamine S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1944
ポリマ－49,1944
非ポリマー00
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.763, 57.599, 66.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative molybdenum cofactor biosynthesis protein


分子量: 15308.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: moaE2, MSMEI_5550 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I7FL16
#2: タンパク質 Putative molybdenum cofactor biosynthesis protein D2 (MoaD2) / thiamine S


分子量: 9288.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: moaD2, MSMEI_5548 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I7FT00
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: Ammonium citrate dibasic, Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 27904 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 22.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.101 / Rsym value: 0.094 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 1342 / CC1/2: 0.964 / Rpim(I) all: 0.165 / Rrim(I) all: 0.427 / Rsym value: 0.313 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JBZ

6jbz


解像度: 2.1→49.208 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2368 1362 5.04 %
Rwork0.19 --
obs0.1925 27039 95.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.208 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3354 0 0 225 3579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043405
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7354634
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0711220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003606
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.15640.29241030.21191903X-RAY DIFFRACTION72
2.1564-2.24280.28071200.21352399X-RAY DIFFRACTION90
2.2428-2.34480.28781410.19982583X-RAY DIFFRACTION97
2.3448-2.46850.27351420.21152649X-RAY DIFFRACTION99
2.4685-2.62310.28991380.21512671X-RAY DIFFRACTION99
2.6231-2.82560.24541480.20692659X-RAY DIFFRACTION100
2.8256-3.10990.25421410.20422669X-RAY DIFFRACTION100
3.1099-3.55980.23511230.18762717X-RAY DIFFRACTION100
3.5598-4.48460.20191390.16812711X-RAY DIFFRACTION100
4.4846-49.2080.19611670.1692716X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03580.02470.0380.0176-0.04160.30870.030.03780.4384-0.0969-0.0582-0.00480.0396-0.2490.01310.15230.0260.0460.1385-0.0020.289718.735521.051-10.6315
20.01290.00430.00250.0020.002-0.00070.0616-0.04950.1801-0.0380.196-0.1428-0.12580.1227-0.00020.28480.01510.11490.1663-0.03720.408614.098122.8819-3.199
30.0349-0.016-0.00110.0126-0.01190.04-0.0143-0.05790.033-0.07250.0301-0.0776-0.0313-0.08730.03760.1508-0.03840.03090.2324-0.08580.142717.721917.46492.1424
40.009-0.00850.00670.0064-0.00120.00710.1176-0.16050.0020.094-0.01170.03760.03740.094600.1769-0.0424-0.00390.23110.00210.142740.80922.12594.4157
50.3484-0.1612-0.20770.20630.18480.19540.27180.08010.3034-0.2288-0.1062-0.1239-0.1096-0.00240.10170.1607-0.00730.00480.1029-0.00320.137236.157522.3615-10.2513
60.01710.01570.00540.0045-0.001-0.0020.10240.0734-0.1221-0.0666-0.12660.22330.1668-0.07650.00010.14640.0109-0.0280.1801-0.04190.162120.33529.3629-13.4837
70.00860.00310.01780.0073-0.00280.02220.189-0.0062-0.0771-0.0233-0.12050.1831-0.1001-0.12590.00210.1119-0.02160.01070.1822-0.04080.244614.232812.2946-5.5491
80.106-0.085-0.0710.1107-0.09750.5359-0.0158-0.05330.1932-0.0741-0.02790.0020.0341-0.31930.00350.1096-0.03880.03760.1165-0.02710.163823.658921.3356-3.0617
90.0934-0.08960.09890.5182-0.63120.7633-0.1043-0.0470.00860.1138-0.2545-0.03720.2296-0.1054-0.30860.1157-0.06880.04610.1393-0.08270.149720.98138.4486-0.9575
100.0136-0.0142-0.01010.04140.0320.05670.1636-0.1364-0.14020.0198-0.0666-0.2457-0.04030.1498-0.00070.1616-0.0353-0.00290.1477-0.00310.14642.16719.9729-6.8582
110.11460.0488-0.03050.1554-0.15540.26680.1224-0.01120.04450.1352-0.05490.166-0.2662-0.10450.00760.1421-0.00050.00860.1702-0.02850.1632-8.301815.597639.2437
120.1625-0.0722-0.09020.05710.02280.06460.06180.2728-0.1381-0.1273-0.0575-0.13650.2197-0.38590.00250.1883-0.07070.01250.2262-0.01890.1517-11.16836.856333.4987
130.1019-0.13430.00230.36220.13490.44780.232-0.0218-0.2349-0.1642-0.0114-0.1523-0.05930.35670.09570.1083-0.0376-0.01760.19940.00790.15871.238410.948236.5129
140.02810.05610.02280.11260.05260.0251-0.01280.02370.11790.0805-0.00080.1477-0.17290.00230.00550.11310.0028-0.02230.11040.0160.098721.361124.21719.631
150.00770.0032-0.0008-0.0038-0.0039-0.00250.0060.0254-0.0198-0.33090.1340.0652-0.1821-0.0840.00010.2809-0.0017-0.00430.16620.01040.284713.495527.719511.2994
160.1846-0.106-0.03240.18430.1780.2358-0.0128-0.05870.20130.00230.2119-0.0504-0.07550.24110.01430.174-0.05590.03460.2418-0.02730.163221.8921.42417.8018
170.32680.1740.12670.6880.02810.05580.10490.25580.10340.10830.04550.37930.0434-0.06880.2726-0.0158-0.0374-0.21080.4352-0.06440.0628-3.116716.91312.1688
180.38040.33860.41531.08880.68090.5784-0.06-0.1420.03770.3777-0.1253-0.05640.1177-0.0241-0.18320.1694-0.0172-0.03040.14220.05480.093117.051618.218925.0128
190.560.28370.27361.06970.5590.7861-0.110.2035-0.0742-0.34540.4638-0.4355-0.21360.17680.6040.09770.0121-0.0250.06820.1537-0.015615.393519.992712.8262
200.60570.24750.50740.58170.3521.2720.00050.115-0.25980.15320.1302-0.07620.10720.15770.26510.10370.00710.00650.0721-0.00830.122518.573111.210213.7293
210.0714-0.05610.05340.0628-0.06420.06550.11790.1334-0.2161-0.01780.03710.07380.2748-0.10220.00220.15780.0029-0.02260.25220.01230.1394-6.126814.383216.1499
220.2133-0.2684-0.11850.35830.18270.13220.07770.31520.0935-0.5079-0.0381-0.14620.05740.03520.00970.3766-0.05490.1079-0.11830.15390.088144.323113.3499-27.0401
230.1305-0.034-0.0690.0957-0.03920.0689-0.14830.0972-0.0637-0.0899-0.0447-0.1230.02350.0722-0.16540.7421-0.05870.33750.15440.11060.266147.100614.2382-30.0174
240.3505-0.19660.39330.1161-0.22750.44830.28520.1354-0.0273-0.30640.3192-0.13360.20330.21120.04180.2175-0.02070.02670.2155-0.03430.201748.48293.0518-27.9242
250.02410.0012-0.00510.0072-0.01540.088-0.0204-0.00040.11090.09260.082-0.1693-0.2510.2571-0.00030.1323-0.01350.02610.1261-0.01660.157752.103210.5421-16.9392
260.61860.1467-0.23350.38640.09560.50730.29150.07360.1223-0.3354-0.16220.233-0.2483-0.17040.33080.14030.089-0.09980.06150.02040.046638.01176.1159-23.567
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 2 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 17 through 25 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 29 through 38 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 39 through 47 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 48 through 58 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 59 through 73 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 74 through 84 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 85 through 104 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 105 through 122 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 123 through 141 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 5 through 35 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 36 through 56 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 57 through 88 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1 through 10 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 11 through 24 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 25 through 38 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 39 through 58 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 59 through 72 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 73 through 104 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 105 through 122 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 123 through 141 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'A' and (resid 5 through 21 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'A' and (resid 22 through 31 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'A' and (resid 32 through 43 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 44 through 56 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'A' and (resid 57 through 88 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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