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万見
- PDB-6jbw: Structure of Tps1/UDP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jbw
タイトルStructure of Tps1/UDP complex
要素Trehalose-6-phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / Trehalose-6-phosphate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase complex (UDP-forming) / trehalose-phosphatase activity / ascospore formation / trehalose biosynthetic process / trehalose metabolism in response to stress / cellular response to heat / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase / Glycosyl transferase, family 20 / Glycosyltransferase family 20 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Trehalose-6-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyricularia oryzae 70-15 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Wang, S. / Zhao, Y. / Wang, D. / Liu, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of Magnaporthe oryzae trehalose-6-phosphate synthase (MoTps1) suggest a model for catalytic process of Tps1.
著者: Wang, S. / Zhao, Y. / Yi, L. / Shen, M. / Wang, C. / Zhang, X. / Yang, J. / Peng, Y.L. / Wang, D. / Liu, J.
履歴
登録2019年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trehalose-6-phosphate synthase
B: Trehalose-6-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8344
ポリマ－105,0252
非ポリマー8082
水90150
1
A: Trehalose-6-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9172
ポリマ－52,5131
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area590 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
2
B: Trehalose-6-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9172
ポリマ－52,5131
非ポリマー4041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area590 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.751, 99.295, 121.708
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Trehalose-6-phosphate synthase / UDP-glucose-glucosephosphate glucosyltransferase


分子量: 52512.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyricularia oryzae 70-15 (菌類) / 株: 70-15 / ATCC MYA-4617 / FGSC 8958 / 遺伝子: MGG_03860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G4NHF4, alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.9, 20% PEG 3350 (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→45.97 Å / Num. obs: 33303 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 36.55
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / Num. unique obs: 3263 / CC1/2: 0.959

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UQU

1uqu


解像度: 2.65→30 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 1535 4.6 %
Rwork0.21 --
obs0.212 33280 99.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7292 0 50 50 7392
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.745 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.554 --
Rwork0.506 3261 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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