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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jbp | ||||||
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タイトル | Structure of MP-4 from Mucuna pruriens at 2.22 Angstroms | ||||||
要素 | Kunitz-type trypsin inhibitor-like 2 protein | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN (植物) / Protease Inhibitor (プロテアーゼ阻害剤) / Mucuna pruriens (ハッショウマメ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mucuna pruriens (ハッショウマメ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.217 Å | ||||||
データ登録者 | Jain, A. / Shikhi, M. / Kumar, A. / Kumar, A. / Nair, D.T. / Salunke, D.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020 タイトル: The structure of MP-4 from Mucuna pruriens at 2.22 angstrom resolution. 著者: Jain, A. / Kumar, A. / Shikhi, M. / Kumar, A. / Nair, D.T. / Salunke, D.M. #1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016 タイトル: MP-4 Contributes to Snake Venom Neutralization by Mucuna pruriens Seeds through an Indirect Antibody-mediated Mechanism. 著者: Kumar, A. / Gupta, C. / Nair, D.T. / Salunke, D.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jbp.cif.gz | 51.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jbp.ent.gz | 34.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jbp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/6jbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/6jbp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5dssS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20110.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mucuna pruriens (ハッショウマメ) / 参照: UniProt: A0A371E4L6 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.05 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 50mM Tris-HCl pH 9.5, 1.5M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: Xenocs GeniX 3D Cu HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.21→53.7 Å / Num. obs: 15843 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.21→2.33 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 2151 / Rpim(I) all: 0.129 / Rrim(I) all: 0.348 / % possible all: 94.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5DSS 解像度: 2.217→38.218 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 19.87
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.217→38.218 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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