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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j8v | ||||||
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タイトル | Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with ligand 2 | ||||||
![]() | MoeN5,DNA-binding protein 7d | ||||||
![]() | TRANSFERASE / MOENOMYCIN / ANTIBIOTICS / BIOSYNTHESIS / PRENYL TRANSFERASE / ALPHA | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ko, T.P. / Zhang, L.L. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Complex structures of MoeN5 with substrate analogues suggest sequential catalytic mechanism. 著者: Zhang, L.L. / Ko, T.P. / Malwal, S.R. / Liu, W.D. / Zhou, S.Y. / Yu, X.J. / Oldfield, E. / Guo, R.T. / Chen, C.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 240 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 190.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 481.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 497 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37581.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MOEN5-SSO7D fusion protein 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: moeN5, sso7d, sso7d-1, SSO10610 / プラスミド: pET32Xa/LIC / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FAR / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 % / Mosaicity: 0.979 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: 0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月23日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.23→25 Å / Num. obs: 75822 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.254 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 413417 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5B02 解像度: 2.23→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 5.64 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.971 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.23→25 Å
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拘束条件 |
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