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- PDB-6j8l: Phytophthora sojae effector PsAvh240 inhibits a host aspartic pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j8l
タイトルPhytophthora sojae effector PsAvh240 inhibits a host aspartic protease secretion to promote infection
要素Avh240
キーワードIMMUNE SYSTEM / apoplastic immunity / effector / aspartic protease
機能・相同性host cell plasma membrane / extracellular region / membrane / RxLR effector protein Avh240
機能・相同性情報
生物種Phytophthora sojae (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Guo, B.
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2019
タイトル: Phytophthora sojae Effector PsAvh240 Inhibits Host Aspartic Protease Secretion to Promote Infection.
著者: Guo, B. / Wang, H. / Yang, B. / Jiang, W. / Jing, M. / Li, H. / Xia, Y. / Xu, Y. / Hu, Q. / Wang, F. / Yu, F. / Wang, Y. / Ye, W. / Dong, S. / Xing, W. / Wang, Y.
履歴
登録2019年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Avh240
B: Avh240
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,58910
ポリマ－31,8212
非ポリマー7698
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area15990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.350, 65.679, 143.199
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Avh240


分子量: 15910.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phytophthora sojae (真核生物) / 遺伝子: Avh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0W4T1
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4
詳細: 20% PEG3350, 0.1 M sodium acetate (pH 4.0), and 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 15483 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 53.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 0.968 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.345.40.87820.7170.3760.8930.50699.7
2.34-2.386.30.8977290.8170.3850.9780.5199.7
2.38-2.436.60.8287520.8340.3480.90.52499.9
2.43-2.486.70.6757510.8270.2810.7320.54299.9
2.48-2.536.50.5517790.8810.2320.5990.55699.9
2.53-2.596.50.5287350.8870.2230.5740.56599.9
2.59-2.666.40.4417580.8970.1880.4810.64299.5
2.66-2.736.30.3647730.930.1570.3970.67499.6
2.73-2.815.90.2977320.9420.1310.3260.81399.6
2.81-2.96.20.2387820.9730.1030.260.8199.5
2.9-36.70.2147650.9720.0890.2320.88499.2
3-3.126.60.1787660.9780.0740.1931.08999.9
3.12-3.266.50.1577620.9870.0670.1711.08999.9
3.26-3.446.40.1257800.990.0540.1371.486100
3.44-3.655.90.1097750.9920.0480.121.55999.9
3.65-3.936.30.0927930.9940.040.11.5499.9
3.93-4.336.60.0837780.9920.0360.0911.564100
4.33-4.956.30.0728000.9950.0320.0791.314100
4.95-6.245.90.0668050.9940.030.0731.02799.5
6.24-105.70.0698810.9960.0310.0761.5599.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→34.32 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2516 791 5.11 %
Rwork0.2108 --
obs0.213 15483 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 146.42 Å2 / Biso mean: 64.2808 Å2 / Biso min: 34.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→34.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2168 0 40 61 2269
Biso mean--99.62 56.14 -
残基数----264
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3-2.44410.35061070.261124052512
2.4441-2.63270.33731500.276423812531
2.6327-2.89750.28421180.269424252543
2.8975-3.31650.36251420.262324122554
3.3165-4.17730.23381180.195524792597
4.1773-34.32360.19771560.175325902746
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3005-1.12691.10035.9305-3.04455.39930.01220.08850.26480.450.19660.1794-0.1581-0.2046-0.18620.4005-0.00010.14170.45490.01760.40365.08259.7499176.2937
22.92352.21731.53784.8065-1.59946.05480.49360.15360.0585-0.9062-0.0315-0.70540.11380.7555-0.44560.87310.01770.26320.6209-0.14650.576628.2378-2.3384145.7925
33.0021-1.3085-2.20862.14271.5073.74050.1174-0.26380.1664-0.25750.1424-0.3022-0.00820.4965-0.29670.47110.02240.10560.5303-0.04840.409317.00356.2733162.6326
44.1712.95082.29575.06251.89293.8548-0.0429-0.28850.0340.304-0.0754-0.1637-0.0544-0.1550.05030.58140.02840.14590.4460.05170.4484-7.5302-2.702201.5182
53.2327-0.0258-0.43054.9386-0.7311.12450.0580.11910.15540.2983-0.05490.08680.0204-0.2946-0.00650.45610.01130.12270.45980.01610.3032-7.2834.5978190.5501
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 59 through 133 )A59 - 133
2X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 59 through 133 )B59 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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