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- PDB-2wza: Two intramolecular isopeptide bonds are identified in the crystal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wza
タイトルTwo intramolecular isopeptide bonds are identified in the crystal structure of the Streptococcus gordonii SspB C-terminal domain
要素AGGLUTININ RECEPTOR
キーワードCELL ADHESION / CELL WALL / ANTIGEN I/II / PEPTIDOGLYCAN-ANCHOR
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Antigen I/II, N-terminal / Adhesin P1 N-terminal domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Cross-wall-targeting lipoprotein motif / Adhesin isopeptide-forming adherence domain ...Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Antigen I/II, N-terminal / Adhesin P1 N-terminal domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Cross-wall-targeting lipoprotein motif / Adhesin isopeptide-forming adherence domain / Cell surface antigen, C-terminal / Cell surface antigen C-terminus / Cell surface antigen I/II C2 terminal domain / Immunoglobulin-like - #740 / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Agglutinin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS GORDONII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.082 Å
データ登録者Forsgren, N. / Lamont, R.J. / Persson, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Two Intramolecular Isopeptide Bonds are Identified in the Crystal Structure of the Streptococcus Gordonii Sspb C-Terminal Domain.
著者: Forsgren, N. / Lamont, R.J. / Persson, K.
履歴
登録2009年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年6月5日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGGLUTININ RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8664
ポリマ－41,7461
非ポリマー1203
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.750, 80.150, 87.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AGGLUTININ RECEPTOR / SSP-5


分子量: 41745.961 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1061-1413 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS GORDONII (バクテリア)
株: M5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16952
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.2 M CACL2, 0.1 M HEPES, PH 7.5, 20% (W/V) PEG4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月12日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→42.56 Å / Num. obs: 21137 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.09 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.77
反射 シェル解像度: 2.08→2.19 Å / 冗長度: 6.86 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WOY

2woy


解像度: 2.082→42.578 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 24.26 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE LINKER RESIDUES AND RESIDUES 1061-1075 ARE DISORDERED AND NOT INCLUDED IN THE MODEL ONE ISOPEPTIDE BOND IS FORMED BETWEEN ASN1393 AND LYS1259 AND ONE ISOPEPTIDE BOND BETWEEN ASN1232 AND LYS1082
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 1073 5.2 %
Rwork0.1923 --
obs0.1956 20786 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.965 Å2 / ksol: 0.398 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5025 Å2-0 Å20 Å2
2---7.4428 Å2-0 Å2
3---5.6657 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.082→42.578 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2659 0 3 138 2800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122711
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4083677
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.463977
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098417
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006478
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.082-2.17680.29761390.21412405X-RAY DIFFRACTION97
2.1768-2.29160.30621250.20442363X-RAY DIFFRACTION96
2.2916-2.43510.24591320.2062422X-RAY DIFFRACTION98
2.4351-2.62310.31111200.19472418X-RAY DIFFRACTION98
2.6231-2.8870.2471430.19992452X-RAY DIFFRACTION98
2.887-3.30470.24511360.1882487X-RAY DIFFRACTION99
3.3047-4.1630.22321370.17322533X-RAY DIFFRACTION100
4.163-42.58730.24191410.1872633X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.170.2542-0.12050.3551-0.06510.41810.0032-0.02230.0827-0.0082-0.05940.2022-0.0042-0.0778-00.08650.0021-0.02330.0892-0.04730.13379.194331.500213.6252
20.54590.24470.39550.4743-0.00240.608-0.00930.02930.0156-0.00310.01450.00480.04510.02530.02760.02120.00180.01120.0367-0.00790.02187.24-8.7782-0.361
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1RESID 1076:1253
2X-RAY DIFFRACTION2RESID 1254:1413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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