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- PDB-6j6p: Crystal structure of diamondback moth ryanodine receptor phosphor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j6p
タイトルCrystal structure of diamondback moth ryanodine receptor phosphorylation domain(2836-3050) mutant S2946D
要素Ryanodine receptor
キーワードMETAL TRANSPORT / diamondback moth / ryanodine receptor / phosphorylation domain / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / sarcoplasmic reticulum membrane / intracellular calcium ion homeostasis
類似検索 - 分子機能
Globin-like - #160 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain ...Globin-like - #160 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Globin-like / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Plutella xylostella (コナガ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Xu, T. / Lin, L. / Yuchi, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China) 中国
引用ジャーナル: Bmc Biol. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of diamondback moth ryanodine receptor Repeat34 domain reveals insect-specific phosphorylation sites.
著者: Xu, T. / Yuchi, Z.
履歴
登録2019年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ryanodine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,27912
ポリマ－25,2331
非ポリマー1,04611
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.828, 55.828, 131.552
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Ryanodine receptor


分子量: 25233.080 Da / 分子数: 1 / 断片: phosphorylation domain / 変異: S2946D, D3023A, K3024A, K3027A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Plutella xylostella (コナガ) / 遺伝子: RyR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3NWV8
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% v/v PEG 400, 0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 2.0M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 36640 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 0.722 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.53-1.564.60.50717340.80.2570.5710.49694.1
1.56-1.585.50.5217660.8350.2390.5750.52298.6
1.58-1.626.50.54617840.8740.230.5940.653100
1.62-1.6570.51218320.90.2060.5530.771100
1.65-1.687.30.51617840.8960.2030.5550.874100
1.68-1.727.50.54518250.9090.2110.5860.958100
1.72-1.777.60.55518010.90.2130.5961.09100
1.77-1.817.50.49918210.9420.1930.5361.089100
1.81-1.878.10.47618350.9510.1760.5091.045100
1.87-1.938.80.45117900.9670.160.4790.958100
1.93-29.20.38618470.9830.1330.4090.802100
2-2.089.30.30817990.9890.1050.3260.584100
2.08-2.1790.24918340.9910.0870.2640.5799.9
2.17-2.299.60.2218240.9950.0740.2320.578100
2.29-2.43100.17718690.9960.0580.1870.569100
2.43-2.629.80.14418290.9970.0480.1520.558100
2.62-2.889.20.10518580.9970.0370.1120.565100
2.88-3.310.10.08118860.9980.0270.0850.602100
3.3-4.159.30.05818840.9990.020.0610.671100
4.15-5090.04920380.9990.0170.0520.61199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3247精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ETV, 5C30

4etv

5c30


解像度: 1.53→32.481 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 2007 5.49 %
Rwork0.1906 --
obs0.1925 36583 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.94 Å2 / Biso mean: 26.7647 Å2 / Biso min: 11.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.53→32.481 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1546 0 65 214 1825
Biso mean--49 36.12 -
残基数----192
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5302-1.56850.24421370.24152322245995
1.5685-1.61090.27141380.229224402578100
1.6109-1.65830.261420.231824272569100
1.6583-1.71180.28791430.252524222565100
1.7118-1.7730.2691440.24524442588100
1.773-1.8440.23351440.221624512595100
1.844-1.92790.22711430.210124632606100
1.9279-2.02950.2631450.208724442589100
2.0295-2.15660.2441420.19624772619100
2.1566-2.32310.23171440.184624852629100
2.3231-2.55680.21041380.187424922630100
2.5568-2.92660.22811470.185725152662100
2.9266-3.68630.22041450.173625312676100
3.6863-32.48840.19711550.172826632818100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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