[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6j6o: Crystal structure of diamondback moth ryanodine receptor phosphor... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6j6o | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of diamondback moth ryanodine receptor phosphorylation domain(2836-3050) | ||||||
Components | Ryanodine receptor | ||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / diamondback moth / ryanodine receptor / phosphorylation domain / TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / sarcoplasmic reticulum membrane / intracellular calcium ion homeostasis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plutella xylostella (diamondback moth) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.848 Å | ||||||
Authors | Xu, T. / Lin, L. / Yuchi, Z. | ||||||
Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Bmc Biol. / Year: 2019 Title: Crystal structure of diamondback moth ryanodine receptor Repeat34 domain reveals insect-specific phosphorylation sites. Authors: Xu, T. / Yuchi, Z. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6j6o.cif.gz | 61.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6j6o.ent.gz | 41.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6j6o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6j6o_validation.pdf.gz | 434.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6j6o_full_validation.pdf.gz | 435.5 KB | Display | |
Data in XML | 6j6o_validation.xml.gz | 11.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6j6o_validation.cif.gz | 16.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/6j6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/6j6o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6j6pC 4etvS 5c30S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 25205.070 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: phosphorylation domian / Mutation: D3023A, K3024A, K3027A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plutella xylostella (diamondback moth) / Gene: RyR / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: I3NWV8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.34 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 1.8M Ammonium citrate tribasic pH7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 29, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.848→50 Å / Num. obs: 21391 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.506 / Net I/σ(I): 4.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4ETV, 5C30 Resolution: 1.848→32.666 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.98
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.16 Å2 / Biso mean: 30.2591 Å2 / Biso min: 12.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.848→32.666 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
|