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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j61 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Thymidylate Synthase, Thy1, from Thermus thermophilus having an Extra C Terminal Domain | ||||||
![]() | Flavin-dependent thymidylate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Thymidylate synthase / pyrimidine nucleotide biosynthetic pathway / C-terminal domain / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / flavin adenine dinucleotide binding / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ogawa, A. / Sampei, G. / Kawai, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the flavin-dependent thymidylate synthase Thy1 from Thermus thermophilus with an extra C-terminal domain. 著者: Ogawa, A. / Sampei, G. / Kawai, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 210.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 170 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1o2bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31052.869 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: thyX, TTHA1096 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50% 2-Ethoxyethanol, 0.1 M Na/K Phosphate (pH6.2) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 79925 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 16.97 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 7835 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1O2B 解像度: 2.5→49.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 367087.33 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | Bsol: 56.61 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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