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万見
- PDB-6j61: Crystal Structure of Thymidylate Synthase, Thy1, from Thermus the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j61
タイトルCrystal Structure of Thymidylate Synthase, Thy1, from Thermus thermophilus having an Extra C Terminal Domain
要素Flavin-dependent thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / Thymidylate synthase / pyrimidine nucleotide biosynthetic pathway / C-terminal domain / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能
Thymidylate synthase ThyX / Thymidylate synthase ThyX superfamily / Thymidylate synthase complementing protein / Flavin-dependent thymidylate synthase (thyX) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Flavin-dependent thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ogawa, A. / Sampei, G. / Kawai, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the flavin-dependent thymidylate synthase Thy1 from Thermus thermophilus with an extra C-terminal domain.
著者: Ogawa, A. / Sampei, G. / Kawai, G.
履歴
登録2019年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin-dependent thymidylate synthase
B: Flavin-dependent thymidylate synthase
C: Flavin-dependent thymidylate synthase
D: Flavin-dependent thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,11316
ポリマ－124,2114
非ポリマー3,90212
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28060 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area35630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.027, 68.362, 134.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Flavin-dependent thymidylate synthase / FDTS / FAD-dependent thymidylate synthase / Thymidylate synthase ThyX / TSase


分子量: 31052.869 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: thyX, TTHA1096 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SJB8, thymidylate synthase (FAD)
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50% 2-Ethoxyethanol, 0.1 M Na/K Phosphate (pH6.2)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 79925 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 16.97
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 7835 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
HKL-20001.97.9データ削減
HKL-20001.97.7データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O2B

1o2b


解像度: 2.5→49.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 367087.33 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 7335 9.8 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 74813 93.3 %-
溶媒の処理Bsol: 56.61 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.29 Å20 Å2-2.75 Å2
2--17.56 Å20 Å2
3----9.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7920 0 252 72 8244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.892.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 1012 9 %
Rwork0.309 10240 -
obs--84.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR/PROTEIN_REP.PARAMCNS_TOPPAR/PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR/WATER_REP.PARAMCNS_TOPPAR/WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR/ION.PARAMCNS_TOPPAR/ION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR/FAD.PARAMFAD.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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