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- PDB-6j5t: Reconstitution and structure of a plant NLR resistosome conferrin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j5t
タイトルReconstitution and structure of a plant NLR resistosome conferring immunity
要素
  • Disease resistance RPP13-like protein 4
  • Probable serine/threonine-protein kinase PBL2
  • Protein kinase superfamily protein
キーワードPLANT PROTEIN / resistosome
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of defense response to bacterium / Tat protein binding / response to temperature stimulus / regulation of immune response / defense response / ADP binding / kinase activity / defense response to Gram-negative bacterium / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity ...positive regulation of defense response to bacterium / Tat protein binding / response to temperature stimulus / regulation of immune response / defense response / ADP binding / kinase activity / defense response to Gram-negative bacterium / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / defense response to bacterium / protein serine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Receptor-like kinase WAK-like / : / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain ...Receptor-like kinase WAK-like / : / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Probable serine/threonine-protein kinase PBL2 / Disease resistance RPP13-like protein 4 / Serine/threonine-protein kinase ZRK1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wang, J.Z. / Wang, J. / Hu, M.J. / Wang, H.W. / Zhou, J.M. / Chai, J.J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31421001 中国
National Natural Science Foundation of China31420103906 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Reconstitution and structure of a plant NLR resistosome conferring immunity.
著者: Jizong Wang / Meijuan Hu / Jia Wang / Jinfeng Qi / Zhifu Han / Guoxun Wang / Yijun Qi / Hong-Wei Wang / Jian-Min Zhou / Jijie Chai /
要旨: Nucleotide-binding, leucine-rich repeat receptors (NLRs) perceive pathogen effectors to trigger plant immunity. Biochemical mechanisms underlying plant NLR activation have until now remained poorly ...Nucleotide-binding, leucine-rich repeat receptors (NLRs) perceive pathogen effectors to trigger plant immunity. Biochemical mechanisms underlying plant NLR activation have until now remained poorly understood. We reconstituted an active complex containing the coiled-coil NLR ZAR1, the pseudokinase RKS1, uridylated protein kinase PBL2, and 2'-deoxyadenosine 5'-triphosphate (dATP), demonstrating the oligomerization of the complex during immune activation. The cryo-electron microscopy structure reveals a wheel-like pentameric ZAR1 resistosome. Besides the nucleotide-binding domain, the coiled-coil domain of ZAR1 also contributes to resistosome pentamerization by forming an α-helical barrel that interacts with the leucine-rich repeat and winged-helix domains. Structural remodeling and fold switching during activation release the very N-terminal amphipathic α helix of ZAR1 to form a funnel-shaped structure that is required for the plasma membrane association, cell death triggering, and disease resistance, offering clues to the biochemical function of a plant resistosome.
履歴
登録2019年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_volume ..._audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02023年4月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Data processing / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / em_3d_reconstruction / em_ctf_correction / em_entity_assembly / em_image_recording / em_software / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion / refine / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_reconstruction.resolution_method / _em_ctf_correction.em_image_processing_id / _em_entity_assembly.entity_id_list / _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0680
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2
H: Protein kinase superfamily protein
G: Disease resistance RPP13-like protein 4
A: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2
B: Protein kinase superfamily protein
C: Disease resistance RPP13-like protein 4
D: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2
E: Protein kinase superfamily protein
F: Disease resistance RPP13-like protein 4
J: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2
K: Protein kinase superfamily protein
L: Disease resistance RPP13-like protein 4
M: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2
N: Protein kinase superfamily protein
O: Disease resistance RPP13-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)924,01230
ポリマ－918,31415
非ポリマー5,69815
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area54140 Å2
ΔGint-221 kcal/mol
Surface area293690 Å2

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要素

#1: タンパク質
Probable serine/threonine-protein kinase PBL2


分子量: 46356.430 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PBL2, APK2A, KIN1, At1g14370, F14L17.14
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: O49839*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質
Protein kinase superfamily protein / Protein kinase-like protein / RKS1


分子量: 40142.375 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: F15B8.100, Resistance related KinaSe 1, RKS1, At3g57710
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q9SVY5
#3: タンパク質
Disease resistance RPP13-like protein 4 / Disease resistance protein ZAR1 / Protein HOPZ-ACTIVATED RESISTANCE 1


分子量: 97163.977 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: RPP13L4, ZAR1, At3g50950, F18B3.230
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q38834
#4: 化合物
ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


分子量: 324.181 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#5: 化合物
ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: resistosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.13 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Arabidopsis (植物)
由来(組換発現)生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称
1CTFFIND
2UCSF
3CHIMERA
4PHENIX
5RELION
6RELION
7RELION
8RELION
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2092456
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 粒子像の数: 196707 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 3TL8

3tl8


Accession code: 3TL8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 3.4 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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