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- PDB-6j5k: Cryo-EM structure of the mammalian ATP synthase tetramer bound wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j5k
タイトルCryo-EM structure of the mammalian ATP synthase tetramer bound with inhibitory protein IF1
要素
  • (ATP synthase ...) x 15
  • ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial
  • ATPase inhibitor, mitochondrial
  • Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
  • subunit k analog
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / negative regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled proton transport / Mitochondrial protein import / angiostatin binding / ATPase inhibitor activity / Mitochondrial protein degradation / negative regulation of hydrolase activity / : / : ...Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / negative regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled proton transport / Mitochondrial protein import / angiostatin binding / ATPase inhibitor activity / Mitochondrial protein degradation / negative regulation of hydrolase activity / : / : / proton-transporting ATP synthase complex / heme biosynthetic process / : / : / : / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / negative regulation of endothelial cell proliferation / proton motive force-driven ATP synthesis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / erythrocyte differentiation / ADP binding / ATPase binding / mitochondrial inner membrane / calmodulin binding / lipid binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATP synthase membrane subunit K / ATP synthase regulation / ATP synthase protein 8, metazoa / Mitochondrial ATPase inhibitor / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F, predicted / ATP synthase protein 8, mammals / ATP synthase protein 8 / Mitochondrial ATPase inhibitor, IATP / Mitochondrial F1F0-ATP synthase, subunit f / ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial ...ATP synthase membrane subunit K / ATP synthase regulation / ATP synthase protein 8, metazoa / Mitochondrial ATPase inhibitor / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F, predicted / ATP synthase protein 8, mammals / ATP synthase protein 8 / Mitochondrial ATPase inhibitor, IATP / Mitochondrial F1F0-ATP synthase, subunit f / ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / ATP synthase-coupling factor 6 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase coupling factor 6 / : / Metazoan delta subunit of F1F0-ATP synthase, C-terminal domain / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit B/MI25 / ATP synthase, F0 complex, subunit B / Mitochondrial ATP synthase B chain precursor (ATP-synt_B) / ATP synthase, F0 complex, subunit D, mitochondrial / ATP synthase D chain, mitochondrial (ATP5H) / ATP synthase, F0 complex, subunit D superfamily, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATPase, OSCP/delta subunit, conserved site / ATP synthase delta (OSCP) subunit signature. / F1F0 ATP synthase OSCP/delta subunit, N-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / ATPase, OSCP/delta subunit / ATP synthase delta (OSCP) subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / : / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP synthase F1 subunit delta / ATP synthase subunit b / ATP synthase subunit gamma / ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial F1 complex, epsilon subunit / ATP synthase membrane subunit K, mitochondrial / ATP synthase subunit beta / ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP synthase F1 subunit delta / ATP synthase subunit b / ATP synthase subunit gamma / ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial F1 complex, epsilon subunit / ATP synthase membrane subunit K, mitochondrial / ATP synthase subunit beta / ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / ATPase inhibitor, mitochondrial / ATP synthase subunit O, mitochondrial / ATP synthase protein 8 / ATP synthase subunit a / ATP synthase lipid-binding protein / ATP synthase subunit f, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Gu, J. / Zhang, L. / Yi, J. / Yang, M.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFA0504600 and 2016YFA0501100 中国
National Natural Science Foundation of China31625008 中国
National Natural Science Foundation of China21532004, 31570733 and 31800620 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of the mammalian ATP synthase tetramer bound with inhibitory protein IF1.
著者: Jinke Gu / Laixing Zhang / Shuai Zong / Runyu Guo / Tianya Liu / Jingbo Yi / Peiyi Wang / Wei Zhuo / Maojun Yang /
要旨: The mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces most of the ATP required by mammalian cells. We isolated porcine tetrameric ATP synthase and solved its structure at 6.2-angstrom ...The mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces most of the ATP required by mammalian cells. We isolated porcine tetrameric ATP synthase and solved its structure at 6.2-angstrom resolution using a single-particle cryo-electron microscopy method. Two classical V-shaped ATP synthase dimers lie antiparallel to each other to form an H-shaped ATP synthase tetramer, as viewed from the matrix. ATP synthase inhibitory factor subunit 1 (IF1) is a well-known in vivo inhibitor of mammalian ATP synthase at low pH. Two IF1 dimers link two ATP synthase dimers, which is consistent with the ATP synthase tetramer adopting an inhibited state. Within the tetramer, we refined structures of intact ATP synthase in two different rotational conformations at 3.34- and 3.45-Å resolution.
履歴
登録2019年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0667
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP synthase F1 subunit alpha
B: ATP synthase F1 subunit alpha
C: ATP synthase F1 subunit alpha
D: ATP synthase subunit beta
E: ATP synthase subunit beta
F: ATP synthase subunit beta
J: ATPase inhibitor, mitochondrial
G: ATP synthase subunit gamma
H: ATP synthase subunit delta, mitochondrial
I: ATP synthase F1 subunit epsilon
S: ATP synthase subunit O, mitochondrial
b: ATP synthase peripheral stalk-membrane subunit b
c: ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial
d: ATP synthase subunit d, mitochondrial
e: ATP synthase subunit e
f: ATP synthase subunit f, mitochondrial
g: ATP synthase subunit g
i: ATP synthase membrane subunit DAPIT
k: subunit k analog
8: ATP synthase protein 8
a: ATP synthase subunit a
K: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
L: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
M: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
N: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
O: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
P: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
Q: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
R: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
u: ATP synthase membrane subunit 6.8PL
AA: ATP synthase F1 subunit alpha
AB: ATP synthase F1 subunit alpha
AC: ATP synthase F1 subunit alpha
AD: ATP synthase subunit beta
AE: ATP synthase subunit beta
AF: ATP synthase subunit beta
AJ: ATPase inhibitor, mitochondrial
AG: ATP synthase subunit gamma
AH: ATP synthase subunit delta, mitochondrial
AI: ATP synthase F1 subunit epsilon
AS: ATP synthase subunit O, mitochondrial
Ab: ATP synthase peripheral stalk-membrane subunit b
Ac: ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial
Ad: ATP synthase subunit d, mitochondrial
Ae: ATP synthase subunit e
Af: ATP synthase subunit f, mitochondrial
Ag: ATP synthase subunit g
Ai: ATP synthase membrane subunit DAPIT
Ak: subunit k analog
A8: ATP synthase protein 8
Aa: ATP synthase subunit a
AK: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
AL: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
AM: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
AN: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
AO: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
AP: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
AQ: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
AR: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
Au: ATP synthase membrane subunit 6.8PL
BA: ATP synthase F1 subunit alpha
BB: ATP synthase F1 subunit alpha
BC: ATP synthase F1 subunit alpha
BD: ATP synthase subunit beta
BE: ATP synthase subunit beta
BF: ATP synthase subunit beta
BJ: ATPase inhibitor, mitochondrial
BG: ATP synthase subunit gamma
BH: ATP synthase subunit delta, mitochondrial
BI: ATP synthase F1 subunit epsilon
BS: ATP synthase subunit O, mitochondrial
Bb: ATP synthase peripheral stalk-membrane subunit b
Bc: ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial
Bd: ATP synthase subunit d, mitochondrial
Be: ATP synthase subunit e
Bf: ATP synthase subunit f, mitochondrial
Bg: ATP synthase subunit g
Bi: ATP synthase membrane subunit DAPIT
Bk: subunit k analog
B8: ATP synthase protein 8
Ba: ATP synthase subunit a
BK: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
BL: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
BM: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
BN: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
BO: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
BP: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
BQ: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
BR: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
Bu: ATP synthase membrane subunit 6.8PL
CA: ATP synthase F1 subunit alpha
CB: ATP synthase F1 subunit alpha
CC: ATP synthase F1 subunit alpha
CD: ATP synthase subunit beta
CE: ATP synthase subunit beta
CF: ATP synthase subunit beta
CJ: ATPase inhibitor, mitochondrial
CG: ATP synthase subunit gamma
CH: ATP synthase subunit delta, mitochondrial
CI: ATP synthase F1 subunit epsilon
CS: ATP synthase subunit O, mitochondrial
Cb: ATP synthase peripheral stalk-membrane subunit b
Cc: ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial
Cd: ATP synthase subunit d, mitochondrial
Ce: ATP synthase subunit e
Cf: ATP synthase subunit f, mitochondrial
Cg: ATP synthase subunit g
Ci: ATP synthase membrane subunit DAPIT
Ck: subunit k analog
C8: ATP synthase protein 8
Ca: ATP synthase subunit a
CK: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
CL: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
CM: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
CN: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
CO: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
CP: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
CQ: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
CR: Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1
Cu: ATP synthase membrane subunit 6.8PL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,294,307160
ポリマ－2,284,317120
非ポリマー9,99040
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
ATP synthase ... , 15種, 76分子 ABCAAABACBABBBCCACBCCDEFADAEAFBDBEBFCDCECFGAGBGCGHAH...

#1: タンパク質
ATP synthase F1 subunit alpha / ATP synthase subunit alpha / mitochondrial


分子量: 55171.105 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P80021
#2: タンパク質
ATP synthase subunit beta


分子量: 50606.652 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K7GLT8, H+-transporting two-sector ATPase
#4: タンパク質
ATP synthase subunit gamma


分子量: 30121.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287A9I8
#5: タンパク質
ATP synthase subunit delta, mitochondrial


分子量: 13852.506 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZYL7
#6: タンパク質・ペプチド
ATP synthase F1 subunit epsilon / ATP synthase / H+ transporting / mitochondrial F1 complex / epsilon subunit


分子量: 5371.264 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A5GFX4
#7: タンパク質
ATP synthase subunit O, mitochondrial / ATP synthase peripheral stalk subunit OSCP


分子量: 20561.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2EN81
#8: タンパク質
ATP synthase peripheral stalk-membrane subunit b


分子量: 24002.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZYM6
#10: タンパク質
ATP synthase subunit d, mitochondrial


分子量: 16904.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287B4I0
#11: タンパク質
ATP synthase subunit e


分子量: 5379.623 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#12: タンパク質
ATP synthase subunit f, mitochondrial / ATP synthase membrane subunit f


分子量: 10197.959 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q95339
#13: タンパク質
ATP synthase subunit g


分子量: 7166.825 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#14: タンパク質・ペプチド
ATP synthase membrane subunit DAPIT


分子量: 4861.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RFD4
#16: タンパク質
ATP synthase protein 8 / A6L / F-ATPase subunit 8


分子量: 7954.407 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q35914
#17: タンパク質
ATP synthase subunit a / F-ATPase protein 6


分子量: 25054.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q35915
#19: タンパク質・ペプチド
ATP synthase membrane subunit 6.8PL


分子量: 3592.419 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)

-
タンパク質 , 3種, 40分子 JAJBJCJcAcBcCcKLMNOPQRAKALAMANAOAPAQARBKBLBMBNBOBP...

#3: タンパク質
ATPase inhibitor, mitochondrial / ATP synthase F1 subunit epsilon / Inhibitor of F(1)F(o)-ATPase / IF1


分子量: 9500.476 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q29307
#9: タンパク質
ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / ATPase subunit F6 / ATP synthase peripheral stalk subunit F6


分子量: 8245.269 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P13618
#18: タンパク質 ...
Mitochondrial H+ transporting ATP synthase subunit c isoform 1


分子量: 7311.631 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q4VT52

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 kAkBkCk

#15: タンパク質・ペプチド
subunit k analog


分子量: 2486.056 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)

-
非ポリマー , 3種, 40分子

#20: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#21: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細The sequence of the chain e corresponds to Q03654 in the UniProt database. The sequence of the ...The sequence of the chain e corresponds to Q03654 in the UniProt database. The sequence of the chain g corresponds to A0A480XS10 in the UniProt database. The sequence of the chain u corresponds to F1S9V7 in the UniProt database. However, there are UNK (unknown residues) in these chains, as the authors do not know how the coordinates align with the sequences. Therefore the residues numbers are meaningless. As for k chain, the authors don't know the reference sequence in the UniProt database.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of the mammalian ATP synthase tetramer bound with inhibitory protein IF1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#19 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.56 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 170000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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