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- PDB-6j5d: Complex structure of MAb 4.2-scFv with louping ill virus envelope... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j5d
タイトルComplex structure of MAb 4.2-scFv with louping ill virus envelope protein Domain III
要素
  • Envelope
  • antibody heavy chain
  • antibody light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / protective and neutralizing antibody / flavivirus envelope protein / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily ...Immunoglobulin-like - #350 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope protein E
類似検索 - 構成要素
生物種Louping ill virus (跳躍病ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yang, X. / Qi, J. / Peng, R. / Dai, L. / Gould, E.A. / Tien, P. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis of a Protective/Neutralizing Monoclonal Antibody Targeting Envelope Proteins of both Tick-Borne Encephalitis Virus and Louping Ill Virus.
著者: Yang, X. / Qi, J. / Peng, R. / Dai, L. / Gould, E.A. / Gao, G.F. / Tien, P.
履歴
登録2019年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope
H: antibody heavy chain
L: antibody light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1243
ポリマ－36,1243
非ポリマー00
水7,350408
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.598, 95.320, 100.922
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-569-

HOH

21L-275-

HOH

31L-302-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Envelope


分子量: 10977.397 Da / 分子数: 1 / 断片: Domain III / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Louping ill virus (跳躍病ウイルス)
遺伝子: envelope
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O40970
#2: 抗体 antibody heavy chain


分子量: 13169.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: 抗体 antibody light chain


分子量: 11977.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Na HEPES pH 7.5, 1.6M K/Na phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 42003 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 25.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.677 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 4127 / CC1/2: 0.949 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SVB

1svb


解像度: 1.8→40.261 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1889 1836 4.44 %
Rwork0.1699 --
obs0.1707 41382 98.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.261 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2480 0 0 408 2888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0283488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.713919
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7994-1.8480.2191170.20482664X-RAY DIFFRACTION87
1.848-1.90240.22711270.20912833X-RAY DIFFRACTION92
1.9024-1.96380.23821320.19573026X-RAY DIFFRACTION99
1.9638-2.0340.20991140.18993128X-RAY DIFFRACTION100
2.034-2.11540.22761360.18653048X-RAY DIFFRACTION100
2.1154-2.21170.19491310.1733073X-RAY DIFFRACTION100
2.2117-2.32830.20891450.17473100X-RAY DIFFRACTION100
2.3283-2.47420.20841550.18713019X-RAY DIFFRACTION99
2.4742-2.66520.20691900.1853041X-RAY DIFFRACTION100
2.6652-2.93330.18591480.17663091X-RAY DIFFRACTION100
2.9333-3.35760.18571350.16633148X-RAY DIFFRACTION100
3.3576-4.22940.18251280.14843151X-RAY DIFFRACTION100
4.2294-40.27070.14671780.14783224X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.8781 Å / Origin y: 15.6949 Å / Origin z: 31.6553 Å
111213212223313233
T0.0996 Å2-0.0422 Å2-0.0027 Å2-0.1205 Å20.0126 Å2--0.1029 Å2
L0.0584 °2-0.0041 °20.0429 °2-0.5042 °20.0343 °2--0.4414 °2
S-0.0079 Å °0.0088 Å °0.0091 Å °0.0163 Å °0.0134 Å °0.0102 Å °-0.0741 Å °0.0589 Å °0.0305 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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