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万見
- PDB-6j56: Crystal structure of Myosin VI CBD in complex with Tom1 MBM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j56
タイトルCrystal structure of Myosin VI CBD in complex with Tom1 MBM
要素
  • Peptide from Target of Myb protein 1
  • Unconventional myosin-VI
キーワードPROTEIN BINDING / Myosin VI / Tom1 / complex / autophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin VI binding / substrate localization to autophagosome / regulation of endosome organization / regulation of secretion / minus-end directed microfilament motor activity / unconventional myosin complex / clathrin heavy chain binding / autophagosome-lysosome fusion / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / actin filament-based movement ...myosin VI binding / substrate localization to autophagosome / regulation of endosome organization / regulation of secretion / minus-end directed microfilament motor activity / unconventional myosin complex / clathrin heavy chain binding / autophagosome-lysosome fusion / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / actin filament-based movement / inner ear auditory receptor cell differentiation / clathrin-coated vesicle membrane / Gap junction degradation / vesicle transport along actin filament / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of autophagosome maturation / RHOBTB1 GTPase cycle / azurophil granule membrane / endosomal transport / inner ear morphogenesis / clathrin binding / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / filamentous actin / microvillus / RHOU GTPase cycle / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / endocytic vesicle / autophagosome / polyubiquitin modification-dependent protein binding / RHOBTB2 GTPase cycle / specific granule membrane / clathrin-coated pit / ruffle / ubiquitin binding / filopodium / actin filament / actin filament organization / sensory perception of sound / intracellular protein transport / protein localization / ADP binding / ruffle membrane / endocytosis / actin filament binding / protein transport / actin cytoskeleton / apical part of cell / actin binding / cell cortex / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / early endosome / endosome membrane / calmodulin binding / endosome / response to xenobiotic stimulus / lysosomal membrane / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Target of Myb protein 1 / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / : / Myosin VI, lever arm / Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / Myosin VI cargo binding domain ...Target of Myb protein 1 / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / : / Myosin VI, lever arm / Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / Myosin VI cargo binding domain / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / ENTH/VHS / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Target of Myb1 membrane trafficking protein / Unconventional myosin-VI
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.798 Å
データ登録者Hu, S. / Pan, L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31800646 中国
National Natural Science Foundation of China21822705 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of Myosin VI/Tom1 complex reveals a cargo recognition mode of Myosin VI for tethering.
著者: Hu, S. / Guo, Y. / Wang, Y. / Li, Y. / Fu, T. / Zhou, Z. / Wang, Y. / Liu, J. / Pan, L.
履歴
登録2019年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unconventional myosin-VI
C: Peptide from Target of Myb protein 1
B: Unconventional myosin-VI
D: Peptide from Target of Myb protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6844
ポリマ－36,6844
非ポリマー00
水4,486249
1
A: Unconventional myosin-VI
C: Peptide from Target of Myb protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3422
ポリマ－18,3422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8960 Å2
手法PISA
2
B: Unconventional myosin-VI
D: Peptide from Target of Myb protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3422
ポリマ－18,3422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.733, 74.875, 50.873
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Unconventional myosin-VI / Unconventional myosin-6


分子量: 15370.664 Da / 分子数: 2 / 断片: CBD domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYO6, KIAA0389
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UM54
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Target of Myb protein 1


分子量: 2971.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOM1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O60784
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.39 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 4000, sodium acetate trihydrate, TRIS hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.798→50 Å / Num. obs: 26915 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 28.14
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.2 % / Num. unique obs: 1342 / CC1/2: 0.976 / Rpim(I) all: 0.149 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H8D

3h8d


解像度: 1.798→37.438 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2335 1252 4.97 %
Rwork0.1766 --
obs0.1794 25194 92.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.798→37.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2281 0 0 249 2530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1633126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.418910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7984-1.87040.26251080.1922064X-RAY DIFFRACTION72
1.8704-1.95550.29121350.22092255X-RAY DIFFRACTION79
1.9555-2.05860.21761380.17762603X-RAY DIFFRACTION90
2.0586-2.18760.21971390.17912847X-RAY DIFFRACTION99
2.1876-2.35650.28171380.19872837X-RAY DIFFRACTION99
2.3565-2.59350.22211600.17932822X-RAY DIFFRACTION98
2.5935-2.96870.23831340.18512873X-RAY DIFFRACTION99
2.9687-3.73970.22441450.16822857X-RAY DIFFRACTION98
3.7397-37.44560.2211550.15932784X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00074.6382-7.04155.8664-4.57537.3959-0.00260.55642.56730.08711.1237-0.9143-2.57850.2121-0.77181.6923-0.2841-0.00430.6943-0.01541.020765.398521.720671.8482
26.0937-3.3459-4.19453.90944.7376.88180.1512-0.12510.2390.2618-0.1249-0.1204-0.0072-0.1216-0.07740.1557-0.023-0.01030.06250.01160.086171.97429.333762.4413
33.3214-0.3951-0.88495.92830.56650.26940.05091.274-1.1343-0.5581-0.0382-0.20251.57830.83560.09280.51820.11040.04740.3826-0.180.381171.6482-7.938650.3053
43.45130.84191.06112.10431.44323.81010.0521-0.2429-0.26420.037-0.0345-0.01840.1789-0.07290.00440.1305-0.0043-0.00660.07020.02180.084964.90521.090363.4476
53.6988-0.0379-2.03974.4059-1.19082.9211-0.0309-0.18330.02320.0001-0.1098-0.398-0.06681.13940.15610.1085-0.01690.00010.26340.00450.137178.58996.048362.261
63.940.5753-0.8573.34410.19294.7255-0.0124-0.13770.22280.02530.05480.2129-0.226-0.5053-0.07630.10750.0369-0.01890.14050.00590.112656.97968.593162.7226
75.6525-0.01272.28086.8858-1.46094.14540.18660.15291.4613-0.1583-0.5320.091-1.2433-0.5908-0.19920.34380.09320.00450.1899-0.03760.278157.782316.269967.6016
82.51.0946-0.9247.01460.4445.72670.5569-0.0194-1.2650.3280.0615-1.03631.40281.2137-0.16980.51250.1964-0.07350.26210.01150.397672.1689-7.955263.7499
94.8177-1.8045-1.71762.4925-0.20013.97980.18530.4787-0.5532-0.6480.3736-0.22580.9106-0.0148-0.35170.4186-0.0704-0.05510.1019-0.04010.280655.4546-9.476648.676
104.8354-0.2291-0.38813.09123.09325.86820.0468-0.16580.3517-0.367-0.1232-0.1271-0.6019-0.1071-0.13970.16910.0414-0.02680.11340.00540.154777.86667.576295.1634
114.0315-0.6418-0.24911.66210.19142.7255-0.02280.3860.27410.0406-0.0208-0.0318-0.04930.02020.00460.10780.0134-0.00130.12630.01370.093973.34288.361288.5816
126.4289-0.50760.95391.4565-0.35783.43450.0139-0.1913-0.30910.14450.10230.05790.178-0.2075-0.16420.1437-0.0030.01670.06620.0020.089968.05261.048293.8432
135.2397-1.56530.61795.94941.46555.18520.24750.4824-0.3644-0.43740.09150.37990.3032-0.0942-0.31590.0996-0.069-0.04910.2396-0.01890.161462.779-1.821782.4014
142.8933-2.0916-0.6864.73960.19552.88520.49810.81231.2246-0.1305-0.1251-0.5653-0.3781-0.0387-0.40350.2395-0.01850.04760.19590.05690.340778.365817.78188.5528
157.9994-1.51852.11049.196-0.9866.1839-0.1361-0.78390.4230.98120.75110.2873-0.0759-0.17790.47770.47560.03910.10840.1842-0.0780.381961.763519.6612104.1423
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1158 through 1165 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1166 through 1174 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1175 through 1191 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1192 through 1230 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1231 through 1245 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1246 through 1274 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1275 through 1282 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 437 through 457 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 458 through 463 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1166 through 1191 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1192 through 1238 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1239 through 1267 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1268 through 1282 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 437 through 457 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 458 through 463 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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