PDB-6j4o: Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enz...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j4o

タイトル

Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enzyme complex and functional implications

要素

Small vasohibin-binding protein
Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

キーワード

HYDROLASE / carboxypeptidase / tubulin / microtubule

機能・相同性

機能・相同性情報

cell-cell fusion / regulation of metallopeptidase activity / tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / tubulin-tyrosine carboxypeptidase / syncytium formation by plasma membrane fusion / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / peptidase activator activity / labyrinthine layer blood vessel development / negative regulation of endothelial cell migration / axon development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wang, N. / Huang, H.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (China)	2018YFC1004500	中国
National Natural Science Foundation of China	the Thousand Young Talents Program	中国
National Natural Science Foundation of China	K18221002	中国

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of tubulin detyrosination by the vasohibin-SVBP enzyme complex.
著者: Wang, N. / Bosc, C. / Ryul Choi, S. / Boulan, B. / Peris, L. / Olieric, N. / Bao, H. / Krichen, F. / Chen, L. / Andrieux, A. / Olieric, V. / Moutin, M.J. / Steinmetz, M.O. / Huang, H.

履歴

登録	2019年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j4o.cif.gz	140.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j4o.ent.gz	110.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j4o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/6j4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/6j4o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6j4pC 6j4qC 6j4sC 6j4uC 6j4vC 6qbyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6j8n-2 3mwg-2 5bvo-d 4l3o-3 6j91-d 6j4q-2 5vo6-d 6jze-d 1aq1-d 6j4s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

B: Small vasohibin-binding protein

ヘテロ分子

38.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.140, 123.248, 195.171
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-520- HOH
2	1	A-559- HOH
3	1	A-606- HOH

#1: タンパク質	Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2 / Vasohibin-2 / Vasohibin-like protein 分子量: 29932.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VASH2, VASHL / プラスミド: RSFduet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q86V25, tubulinyl-Tyr carboxypeptidase
#2: タンパク質	Small vasohibin-binding protein / Coiled coil domain-containing protein 23 分子量: 7962.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SVBP, CCDC23 / プラスミド: RSFduet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8N300
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.2 / 詳細: 1.6 M sodium/potassium phosphate, pH 8.2 / PH範囲: 8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 25255 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.134 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1254 / CC_1/2: 0.691 / R_pim(I) all: 0.459 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL2Map		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→47.31 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2239	1795	8.32 %
R_work	0.1842	-	-
obs	0.1874	21587	96.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2306	0	45	232	2583

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2400
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.047	3227
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.435	1444
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	338
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	405

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3622	0.3123	112	0.2574	1231	X-RAY DIFFRACTION	79
2.3622-2.4317	0.2998	123	0.2373	1373	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4317-2.5102	0.2387	126	0.2326	1437	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5102-2.5999	0.259	135	0.2193	1520	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5999-2.704	0.2943	140	0.2119	1531	X-RAY DIFFRACTION	98
2.704-2.8271	0.2766	142	0.207	1562	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8271-2.9761	0.2458	144	0.1957	1574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9761-3.1625	0.2439	143	0.1953	1567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1625-3.4066	0.2455	143	0.1749	1570	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4066-3.7493	0.1986	145	0.16	1588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7493-4.2916	0.1661	144	0.1426	1580	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2916-5.4057	0.1852	146	0.1468	1604	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4057-47.3203	0.2094	152	0.2043	1655	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3142	-3.6198	1.5909	3.9456	-0.3134	1.7001	0.0354	-0.0342	-0.2117	-0.0108	-0.1812	0.163	0.2434	-0.286	0.2391	0.2896	-0.0417	0.0679	0.5103	-0.0119	0.3054	42.2815	28.0885	90.1731
2	2.9949	3.0305	-1.2769	3.7797	-0.6163	2.7088	-0.0443	-0.6873	-0.2634	-0.0896	-0.0368	-0.8486	0.3631	0.3078	0.0325	0.2324	-0.0185	0.0036	0.6532	0.0075	0.297	56.8318	29.0196	91.168
3	3.3005	-0.7161	3.4956	0.5394	0.7206	8.5046	0.0089	0.1028	-0.2659	-0.1412	-0.0099	-0.0161	-0.3219	0.093	-0.0657	0.2458	-0.0327	0.0377	0.23	0.0046	0.1661	50.3177	31.6535	61.1911
4	4.4442	-2.251	3.2442	3.4895	-1.1398	6.0688	-0.0083	-0.3713	-0.307	0.0121	0.1005	0.572	0.1864	-0.615	-0.085	0.2236	-0.0932	0.0337	0.2797	0.0078	0.2568	38.4309	26.6069	77.6449
5	4.1747	2.5816	4.8935	2.3945	2.7287	6.2931	0.384	0.2942	-0.0285	0.3101	-0.3631	0.2289	0.3708	-0.1926	0.0351	0.3739	0.0082	0.05	0.3084	0.0017	0.4198	37.8251	35.9064	71.554
6	2.701	0.4371	0.678	0.8971	1.1127	1.4224	0.1601	-0.1389	-0.2108	0.1601	-0.0939	0.0319	0.23	-0.123	-0.0491	0.2028	-0.0309	-0.0111	0.098	-0.0069	0.174	39.2849	20.9273	67.412
7	3.3338	0.3711	1.0468	5.7725	-2.287	4.3063	0.1494	-0.0845	-0.2711	-0.0824	0.0361	-0.2269	0.4578	0.3767	-0.1709	0.2124	0.0272	0.0231	0.1693	-0.0202	0.2769	45.1302	13.1617	62.0735
8	2.6705	-0.0606	0.0997	4.2855	-0.6786	2.2281	0.0142	0.0418	-0.1445	-0.0312	0.0344	0.4875	0.1817	-0.3481	-0.0351	0.1824	-0.0356	-0.0152	0.2028	-0.0085	0.2951	30.5673	16.47	64.3635
9	6.1142	-1.7505	0.1356	5.8519	-1.219	7.3511	-0.0189	0.6677	-0.0603	-1.1767	-0.1316	1.0466	-0.0468	-0.6261	-0.0417	0.4153	-0.0494	-0.1099	0.4076	-0.0456	0.4065	30.7915	10.3535	53.1687
10	7.0421	-2.5564	0.4341	8.0728	0.9489	6.0346	0.0236	-0.3014	-0.3016	0.4193	-0.0841	-0.0406	0.1426	0.6251	0.0818	0.1745	-0.0682	0.0066	0.3621	0.0253	0.1434	52.436	26.8703	83.8956

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 49 through 73 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 74 through 94 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 95 through 121 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 122 through 138 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 139 through 152 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 153 through 200 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 201 through 239 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 240 through 275 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 276 through 294 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 24 through 59 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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