PDB-6j4j: soybean seed H-2 ferritin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j4j

タイトル

soybean seed H-2 ferritin

要素

Ferritin

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / chloroplast / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Zhang, X. / Zang, J. / Chen, H. / Zhao, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2019
タイトル: Thermostability of protein nanocages: the effect of natural extra peptide on the exterior surface.
著者: Zhang, X. / Zang, J. / Chen, H. / Zhou, K. / Zhang, T. / Lv, C. / Zhao, G.

履歴

登録	2019年1月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j4j.cif.gz	229.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j4j.ent.gz	183.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6j4j_validation.pdf.gz	459.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6j4j_full_validation.pdf.gz	467.8 KB	表示
XML形式データ	6j4j_validation.xml.gz	39.5 KB	表示
CIF形式データ	6j4j_validation.cif.gz	56.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/6j4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/6j4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6j4mC 3a68S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5z8u-1 6ipq-1 6kh4-1 10205 6j7g-d 6ls3-1 2jd7-1 6kh3-1 6h6t-1 22349 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (9) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Ferritin

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

ヘテロ分子

143 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Ferritin

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

ヘテロ分子

H: Ferritin

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

ヘテロ分子

H: Ferritin

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

ヘテロ分子

H: Ferritin

A: Ferritin

B: Ferritin

C: Ferritin

D: Ferritin

E: Ferritin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
574 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.827, 130.827, 171.256
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Ferritin 分子量: 23865.697 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 49-257 / 変異: E155D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I1J7H3, UniProt: Q94IC4*PLUS, ferroxidase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: MPD, magnesium acetate tetrahydrate,sodium cacodylate trihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97914 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.101→40.7 Å / Num. obs: 83107 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.101→2.177 Å / CC_1/2: 0.992

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A68

3a68

解像度: 2.101→40.7 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1913	4203	5.06 %
R_work	0.16	-	-
obs	0.1615	83107	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→40.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8562	0	10	404	8976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8748
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.746	11814
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.034	5250
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1260
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1554

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1006-2.1245	0.2238	149	0.1606	2347	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1245-2.1495	0.2459	132	0.1713	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1495-2.1757	0.2244	157	0.1668	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1757-2.2032	0.2342	119	0.1724	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2032-2.2322	0.1948	152	0.1615	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2322-2.2628	0.1993	145	0.1505	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2628-2.2951	0.192	152	0.1589	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2951-2.3294	0.2038	125	0.1584	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3294-2.3658	0.2039	129	0.1601	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3658-2.4045	0.2116	131	0.1663	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4045-2.446	0.2056	132	0.1694	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.446-2.4905	0.2269	137	0.1795	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4905-2.5384	0.2006	168	0.1761	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5384-2.5902	0.2224	117	0.1798	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5902-2.6465	0.2228	128	0.1786	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6465-2.708	0.2221	154	0.1814	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.708-2.7758	0.2351	144	0.1757	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7758-2.8508	0.2024	117	0.1747	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8508-2.9347	0.1887	125	0.1698	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9347-3.0294	0.2072	177	0.1624	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0294-3.1376	0.1924	148	0.1684	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1376-3.2632	0.2121	162	0.1703	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2632-3.4117	0.1695	195	0.1598	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4117-3.5915	0.1644	137	0.144	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5915-3.8164	0.1612	150	0.1423	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8164-4.1109	0.1863	113	0.1416	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1109-4.5243	0.1649	157	0.1326	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5243-5.1782	0.1655	122	0.1468	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1782-6.5211	0.1988	151	0.1861	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5211-46.2655	0.1818	78	0.1607	2652	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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