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- PDB-6j4b: Crystal structure of MarH, an epimerase for biosynthesis of Marem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j4b
タイトルCrystal structure of MarH, an epimerase for biosynthesis of Maremycins in Streptomyces, under 400 mM Zinc acetate
要素Cupin superfamily protein
キーワードISOMERASE / epimerase / Maremycins / biosynthesis
機能・相同性RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / ACETIC ACID / Cupin superfamily protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. B9173 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Hou, Y. / Liu, B. / Hu, K. / Zhang, R.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFA0505800 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFA0504300 中国
National Natural Science Foundation of China31570720 中国
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of the mechanism of beta-methyl epimerization by enzyme MarH.
著者: Liu, B. / Hou, Y. / Wang, X. / Ma, X. / Fang, S. / Huang, T. / Chen, Y. / Bai, Z. / Lin, S. / Zhang, R. / Hu, K.
履歴
登録2019年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cupin superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,01511
ポリマ－13,3231
非ポリマー69110
水1,33374
1
A: Cupin superfamily protein
ヘテロ分子

A: Cupin superfamily protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,02922
ポリマ－26,6472
非ポリマー1,38320
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+2/31
Buried area4770 Å2
ΔGint-344 kcal/mol
Surface area10700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.627, 43.627, 99.973
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Cupin superfamily protein


分子量: 13323.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. B9173 (バクテリア)
遺伝子: marH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X2D812
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.4M Zinc acetate, 100 mM HEPES, pH 7.5, 4% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.97853, 1.2824, 1.2850
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月4日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978531
21.28241
31.2851
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 15724 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.1 % / Net I/σ(I): 49
反射 シェル解像度: 1.58→1.61 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CRANK位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.58→37.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.121 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.075
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1772 781 5 %RANDOM
Rwork0.1459 ---
obs0.1475 14901 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.71 Å2 / Biso mean: 14.668 Å2 / Biso min: 7.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→37.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数917 0 29 74 1020
Biso mean--15.66 21.13 -
残基数----123
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.019961
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1582.0171306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00732152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3175122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3723.61136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.05215139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.395155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1820.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02194
LS精密化 シェル解像度: 1.582→1.623 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.174 54 -
Rwork0.128 1074 -
all-1128 -
obs--98.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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