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- PDB-6j2s: Structure of HitA bound to gallium from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j2s
タイトルStructure of HitA bound to gallium from Pseudomonas aeruginosa
要素Ferric iron-binding periplasmic protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / HitA / Gallium / metal-drug / ferric iron binding protein / transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferric binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GALLIUM (III) ION / PHOSPHATE ION / Extracellular solute-binding protein / Ferric iron-binding periplasmic protein HitA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73005117666 Å
データ登録者Guo, Y. / Li, H.Y. / Sun, H.Z. / Xia, W.
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2019
タイトル: Identification and Characterization of a Metalloprotein Involved in Gallium Internalization in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Guo, Y. / Li, W. / Li, H. / Xia, W.
履歴
登録2019年1月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferric iron-binding periplasmic protein
B: Ferric iron-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7466
ポリマ－66,4172
非ポリマー3294
水3,603200
1
A: Ferric iron-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3733
ポリマ－33,2091
非ポリマー1652
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferric iron-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3733
ポリマ－33,2091
非ポリマー1652
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.930, 100.460, 58.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.550, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Ferric iron-binding periplasmic protein / Iron ABC transporter substrate-binding protein / Iron-utilization periplasmic protein / Major ...Iron ABC transporter substrate-binding protein / Iron-utilization periplasmic protein / Major ferric iron-binding protein


分子量: 33208.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: fbpA, C8257_29030, CAZ10_24620, CGU42_22375, DZ940_19785, DZ962_30390, NCTC13719_05161, PAERUG_E15_London_28_01_14_01851, RW109_RW109_06267
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZDH2, UniProt: Q9HVA8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GA / GALLIUM (III) ION


分子量: 69.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ga / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, Sodium-cacodylate, Magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→48.4 Å / Num. obs: 51047 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 20.061810712 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Rpim(I) all: 0.423 / Rrim(I) all: 0.616

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IVY

6ivy


解像度: 1.73005117666→48.3544326644 Å / SU ML: 0.208585883619 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4188773503 / 位相誤差: 24.112282637
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208927913513 2453 4.80848394558 %
Rwork0.176099720572 --
obs0.177681264117 51014 88.1862812889 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.1618825616 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73005117666→48.3544326644 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4669 0 12 200 4881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006841824498924771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8438428020736464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0513152890631718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059701020545843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.422079320292894
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7301-1.76330.337102196566720.2692771414251532X-RAY DIFFRACTION49.2326580724
1.7633-1.79930.308733072521770.2651221739981767X-RAY DIFFRACTION58.5396825397
1.7993-1.83840.3184309843941000.2643950687512005X-RAY DIFFRACTION65.5763239875
1.8384-1.88120.2809385108681090.2650682189252319X-RAY DIFFRACTION74.8228043143
1.8812-1.92830.3377314826511220.2618360884182473X-RAY DIFFRACTION82.5644288896
1.9283-1.98040.2642365535741600.2234094739352862X-RAY DIFFRACTION93.7635743096
1.9804-2.03870.2522168507121780.1916855640842991X-RAY DIFFRACTION98.3550589696
2.0387-2.10450.2739780593111590.1846973444762924X-RAY DIFFRACTION97.1329552615
2.1045-2.17970.2243075985161410.1745345456323028X-RAY DIFFRACTION98.5692068429
2.1797-2.2670.2185293298451670.1794372457842905X-RAY DIFFRACTION96.2104603821
2.267-2.37010.2175797718941570.1679094642092979X-RAY DIFFRACTION97.7251480212
2.3701-2.49510.2030322955051360.1846201711532957X-RAY DIFFRACTION96.6864645202
2.4951-2.65140.2182236446681360.1779035135853056X-RAY DIFFRACTION98.4881209503
2.6514-2.85610.2057900913731410.1801779846323003X-RAY DIFFRACTION98.4037558685
2.8561-3.14350.1936615799191730.176132391182978X-RAY DIFFRACTION97.463656047
3.1435-3.59820.1978628454971340.1655218902542898X-RAY DIFFRACTION94.396014944
3.5982-4.53280.1689857539531490.1442544263982911X-RAY DIFFRACTION94.3861813695
4.5328-48.37330.1583652060561420.1499884744962973X-RAY DIFFRACTION95.1726245035

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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