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- PDB-6j2e: Crystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j2e
タイトルCrystal structure of bat (Pteropus Alecto) MHC class I Ptal-N*01:01 in complex with Ebola virus-derived peptide EBOV-NP1
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • EBOV-NP1
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome packaging / helical viral capsid / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent ...viral RNA genome packaging / helical viral capsid / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / viral nucleocapsid / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / host cell cytoplasm / learning or memory / ribonucleoprotein complex / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like ...Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Pteropus alecto (クロオオコウモリ)
Homo sapiens (ヒト)
Ebola virus sp. (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lu, D. / Liu, K.F. / Yue, C. / Lu, Q. / Cheng, H. / Chai, Y. / Qi, J.X. / Gao, G.F. / Liu, W.J.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2019
タイトル: Peptide presentation by bat MHC class I provides new insight into the antiviral immunity of bats.
著者: Lu, D. / Liu, K. / Zhang, D. / Yue, C. / Lu, Q. / Cheng, H. / Wang, L. / Chai, Y. / Qi, J. / Wang, L.F. / Gao, G.F. / Liu, W.J.
履歴
登録2019年1月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / struct / Item: _entity.pdbx_description / _struct.title
改定 1.22019年12月4日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: EBOV-NP1
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: EBOV-NP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0516
ポリマ－90,0516
非ポリマー00
水6,666370
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: EBOV-NP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0263
ポリマ－45,0263
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: EBOV-NP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0263
ポリマ－45,0263
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.740, 102.596, 177.625
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 32119.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pteropus alecto (クロオオコウモリ)
遺伝子: Ptal-N / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A0A125R585
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド EBOV-NP1


分子量: 1158.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Ebola virus sp. (エボラウイルス) / 参照: UniProt: O72142*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M succinic acid pH 7.0, 15%(w/v) polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: SDMS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 54243 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Net I/σ(I): 2.365
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→49.284 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2572 2702 5.1 %
Rwork0.2057 --
obs0.2084 52961 97.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.284 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6356 0 0 370 6726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086542
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9098894
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9033844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051184
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0946-2.13270.3183990.25761770X-RAY DIFFRACTION66
2.1327-2.17370.32591140.25422382X-RAY DIFFRACTION89
2.1737-2.21810.30611480.24072594X-RAY DIFFRACTION98
2.2181-2.26630.31051640.23512660X-RAY DIFFRACTION100
2.2663-2.3190.30741300.23892737X-RAY DIFFRACTION100
2.319-2.3770.29251580.23292645X-RAY DIFFRACTION100
2.377-2.44130.32411340.23092693X-RAY DIFFRACTION100
2.4413-2.51310.26731570.23112693X-RAY DIFFRACTION100
2.5131-2.59420.26051420.22642694X-RAY DIFFRACTION100
2.5942-2.68690.34821480.23312717X-RAY DIFFRACTION100
2.6869-2.79450.26451240.22532721X-RAY DIFFRACTION100
2.7945-2.92170.33911350.23522711X-RAY DIFFRACTION100
2.9217-3.07570.28481500.22112693X-RAY DIFFRACTION100
3.0757-3.26840.24121490.21442737X-RAY DIFFRACTION100
3.2684-3.52060.25321430.19552712X-RAY DIFFRACTION100
3.5206-3.87480.21831510.18372720X-RAY DIFFRACTION100
3.8748-4.43520.20961570.16872742X-RAY DIFFRACTION100
4.4352-5.58660.20861540.1682765X-RAY DIFFRACTION100
5.5866-49.29750.22541450.18492873X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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